 Ministerstvo kultury je podle tzv. kompetenčního zákona ústředním orgánem státní správy pro.... věci církví a náboženských společností...".  Hlavní předmět činnosti Ministerstva kultury v této oblasti je dán zákonem č. 3/2002 Sb., o církvích a náboženských společnostech a zákonem č. 218/1949 Sb., o hospodářském zabezpečení církví a náboženských společností státem  Podle Organizačního řádu Ministerstva kultury plní úkoly Ministerstva kultury dané výše uvedenými zákony odbor církví Ministerstva kultury.

 zajišťuje přehled o stavu věcí v okruhu své působnosti, analyzuje dosahované výsledky a vyhodnocuje je, činí v rámci své pravomoci samostatně opatření k řešení aktuálních problémů  zpracovává koncepci činnosti v oboru své působnosti, zejména předkládá návrhy na novou nebo doplňující právní úpravu k zařazení do legislativního plánu ministerstva,  zabezpečuje plnění úkolů ministra vyplývající z jeho ústavního postavení, a to včetně jeho kontrolní a řídící činnosti, zabezpečuje plnění úkolů, které pro Ministerstvo kultury vyplývají z programového prohlášení a z usnesení vlády, jakož i úkolů vyplývajících z mezinárodních smluv,  vypracovává programy, jimiž sám nebo ve spolupráci s jinými subjekty přispívá k ochraně náboženských svobod,  v oboru své působnosti a v rámci stanoveného rozpočtu poskytuje dotace občanským sdružením a církvím a náboženským společnostem; dotace poskytuje na základě výběrových řízení a doporučení příslušné výběrové komise, jejíž činnost zabezpečuje,

 zpracovává dlouhodobé koncepce uspořádání vztahu mezi státem a církvemi náboženskými společnostmi a koncepce realizace náboženské svobody v České republice,  zpracovává návrhy majetkového vyrovnání mezi státem a církvemi a náboženskými společnostmi,  registruje církve a náboženské společnosti, svazy církví a náboženských společností, změny základních dokumentů a ruší jejich registraci, eviduje právnické osoby založené registrovanou církví a náboženskou společností  spravuje finanční prostředky poskytované podle příslušných předpisů církvím a náboženským společnostem ze státního rozpočtu k úhradě osobních požitků duchovních, církevní administrativy, věcných nákladů církví a náboženských společností, údržby církevních nemovitostí - projednává a odsouhlasuje návrhy rozpočtů církví a náboženských společností,  přiděluje identifikační čísla registrovaným církvím a náboženským společnostem, svazům církví a náboženských společností, provádí jejich kontrolu a jedná ve věci jejich zrušení,  vede Rejstřík registrovaných církví a náboženských společností, Rejstřík svazů církví a náboženských společností a Rejstřík evidovaných právnických osob