Úvod do diatomologie - Metodiky

Slides:



Advertisements
Podobné prezentace
Období vzniku: duben _inovace_FG.9.48 Autor : Vladimír TesaříkČlověk a svět práce, finanční gramotnost, nové auto.
Advertisements

Název školy ZÁKLADNÍ ŠKOLA, JIČÍN, HUSOVA 170 Číslo projektu CZ.1.07/1.4.00/ Číslo a název klíčové aktivity 3.2 Inovace a zkvalitnění výuky prostřednictvím.
Programové období 2014 – 2020 a proces SEA Mgr. Zuzana Plešková Ministerstvo životního prostředí 14. února 2014.
F YZIKÁLNÍ VELIČINY - TEPLOTA Ing. Jan Havel. Gymnázium a Jazyková škola s právem státní jazykové zkoušky Svitavy Materiál je určen pro bezplatné používání.
Praktická výuka metod sekvenování DNA, AFLP a mikrosatelitů v botanice 1187 /2006 F4 / a Tomáš Fér.
Inf Tabulkový procesor - funkce. Výukový materiál Číslo projektu: CZ.1.07/1.5.00/ Šablona: III/2 Inovace a zkvalitnění výuky prostřednictvím ICT.
Systém správy dokumentace akreditované zkušební laboratoře Bc. Jan Randl, 4912.
Název školy Střední škola hotelová a služeb Kroměříž Číslo projektuCZ.1.07/1.5.00/ Autor Mgr. Eva Drlíková, Mgr. Jana Vašinová Název šablony VY_32_INOVACE.
ZÁKLADNÍ PROJEVY ŽIVÝCH ORGANISMŮ Zpracovala : Mgr. Jana Richterová ICT Financováno z prostředků ESF a státního rozpočtu ČR 1 Přírodopis 6. třída.
Trávení. -Trávení, někdy také zažívání, je metabolický biochemický proces, jehož cílem je získání živin z potravy. -V rámci trávení se potrava rozkládá.
Odborný výcvik ve 3. tisíciletí Tato prezentace byla vytvořena v rámci projektu.
Autor práce: Denisa Vydrová Vedoucí práce: Ing. Petra Solarová, Ph.D. Oponent práce: Ing. František Martíšek České Budějovice, červen 2016.
Energetická hodnota potravin (EH)
Uhlík C Carboneum Chemický prvek, který je základním stavebním kamenem
Číslo projektu CZ.1.07/1.5.00/ Číslo materiálu
Výukový materiál zpracován v rámci projektu
Organizace výroby Organizace a řízení výroby
1854/2004 F4 / a Karol Marhold & Tomáš Fér
Stroje a zařízení – části a mechanismy strojů
Vnitropodniková komunikace ve vybraném subjektu
Vysoká škola technická a ekonomická v Českých Budějovicích
DUM:VY_32_INOVACE_IX_1_17 Výkon Šablona číslo: IX Sada číslo: I
Číslo projektu CZ.1.07/1.5.00/ Číslo materiálu
Vzdělávání pro konkurenceschopnost
Přírodopis – 6.ročník Rostlinná buňka VY_32_INOVACE_
NÁZEV ŠKOLY: ČÍSLO PROJEKTU: NÁZEV MATERIÁLU: TÉMA SADY: ROČNÍK:
Marketingový výzkum. Marketingový výzkum Organizace marketingového výzkumu Cíl výzkumu Typ výzkumu Příprava výzkumného projektu Sběr dat Analýza výsledků.
Číslo materiálu: VY 32 INOVACE 11/04 Název materiálu: Duchovní a světská hudba Zpracoval: Mgr. Bc. BcA. Michal Jančík.
Téma 11: Finanční plánování
Výukový materiál zpracován v rámci projektu
Algoritmizace - opakování
Operační program Vzdělávání pro konkurenceschopnost
Algoritmizace - opakování
„Svět se skládá z atomů“
Zlepšování podmínek pro výuku technických oborů a řemesel Švehlovy střední školy polytechnické Prostějov registrační číslo CZ.1.07/1.1.26/
Číslo projektu CZ.1.07/1.5.00/ Číslo materiálu
Digitální učební materiál zpracovaný v rámci projektu
Translace Proteosyntéza.
NÁZEV ŠKOLY: ZŠ J. E. Purkyně Libochovice
RT – PCR: návrh primerů.
Název školy : Základní škola a mateřská škola,
Inf Tabulkový procesor - formátování
Financováno z ESF a státního rozpočtu ČR.
Škola Katolické gymnázium Třebíč, Otmarova 22, Třebíč Název projektu
F. A. Fernandéz, F. M. Lutzoni et S. M. Huhndorf (1999):
Metagenomika Úvod Petra Vídeňská, Ph.D..
Obchodní akademie, Střední odborná škola a Jazyková škola s právem státní jazykové zkoušky, Hradec Králové Autor: Mgr. Lubomíra Moravcová Název materiálu:
Název školy Gymnázium, střední odborná škola, střední odborné učiliště a vyšší odborná škola, Hořice Číslo projektu CZ.1.07/1.5.00/ Název materiálu.
Střední odborná škola a Střední odborné učiliště, Hradec Králové, Vocelova 1338, příspěvková organizace Registrační číslo projektu: CZ.1.07/1.5.00/
SÁRA ŠPAČKOVÁ MARKÉTA KOČÍBOVÁ MARCELA CHROMČÁKOVÁ LUKÁŠ BARTOŠ B3E1
Katastr nemovitostí (KNEM)
Gymnázium, Třeboň, Na Sadech 308
NÁZEV ŠKOLY: ČÍSLO PROJEKTU: NÁZEV MATERIÁLU: TÉMA SADY: ROČNÍK:
Sekvencování DNA.
Polymerase chain reaction Polymerázová řetězová rekce
Mikrobiologický ústav LF MU a FN u sv. Anny v Brně
Název školy: Základní škola Městec Králové Autor: Ing. Hana Zmrhalová
6. Využívání a znečišťování vody Základy ekologie pro střední školy 1.
Přídavná zařízení.
Výsledky měření ozonu pasivními dosimetry Ogawa
GENETICKÝ KÓD, GENY, GENOM
Hydraulika podzemních vod Environmentální modelování
Základní statistické pojmy
Univerzita Palackého V Olomouci Průtoková cytometrie
Sada číslo 15 STŘEDNÍ ODBORNÁ ŠKOLA A STŘEDNÍ ODBORNÉ UČILIŠTĚ
Výběrové kempy v Policii ČR
ZKOUŠKY CEMENTU teorie
ELEKTROTECHNICKÉ MATERIÁLY
Neživá příroda - vzduch
Transkript prezentace:

Úvod do diatomologie - Metodiky 10. přednáška

Odběr fytobentosu http://www.mzp.cz/cz/prehled_akceptovanych_metodik_tekoucich_vod V souladu s WFD je termín fytobentos používán pro označení souboru fototrofních mikrofyt osidlujících dno. Výběr vhodného podkladu Oškrab epilitonu Transport v chladu a temnu Mikroskopický rozbor Zhotovení trvalých preparátů rozsivek Fixace formaldehydem

Odběr fytobentosu Terénní pomůcky: rybářské holinky zubní kartáček, nůž, zabroušená lžíce nebo skalpel, pinzeta plastová miska plastová lahvička (optimálně 100 ml) se šroubovacím uzávěrem nesmazatelný fix chladicí box fotoaparát GPS přístroj terénní přístroje pro analýzu vody (pH, obsah kyslíku, teplota, vodivost) gumové rukavice

Odběr fytobentosu Vzorkování Vzorkovací období: Odběr vzorku je optimálně prováděn čtvrtletně, zimní odběr je možné vynechat. Odběry vzorku se provádějí: v jarním období (březen – polovina května) v letním období (konec června – polovina srpna) v podzimním období (říjen – polovina listopadu)

Odběr fytobentosu Výběr reprezentativního- charakteristického úseku toku (s větším množstvím vyjmutelných kamenů) Označení odběrového úseku (slovní, GPS souřadnice, fotografie) Výběr podkladu- odebírá se přednostně epiliton (nárost na kamenech; vedle fototrofních organismů (sinic a řas) obsahuje i heterotrofní složku Preferovány kameny o velikosti 10-20 cm (stabilní, umožňují rozvoj společenstva) Odběr z cca 5 kamenů Odběr z hlavního proudu řeky + Základní měření: (teplota vody, koncentrace rozpuštěného kyslíku, pH a elektrická vodivost)

Odběr fytobentosu Vlastní odběr Odstranění nečistot, detritu Dále možné dva způsoby: přímý seškrab do vzorkovnice, či oškrábání nárostu do misky + v misce kamen opláchnout K odběru lze použít: kartáček, skalpel, nůž, lžíci- nutno vždy opláchnout v říční vodě Odběrová lahvička se neplní až po okraj (ideálně do ¾), aby se nevyčerpal kyslík Popis Transport Zpracování do 48 hodin od odběru, jinak nutná konzervace formaldehydem

Odběr fytobentosu Zpracování vzorku Analýza v čerstvém stavu Determinace Kvantifikace Registruje se stav organismů Fotodokumentace

Odběr fytobentosu Kvantifikace: Kvantitativní zastoupení jednotlivých druhu se provádí při slabším zvětšení, pomocí odhadní stupnice, která druhy zařazuje do určitých intervalů na základe odhadu jejich abundance v mikroskopickém preparátu analyzovaného vzorku (Sládečková & Marvan 1978). Nejčastěji je používána stupnice: 6 - druh masově zastoupený, s pokryvností 90 - 100% 5 - druh velmi hojný, s pokryvností 50 - 90% 4 - druh hojný, s pokryvností 20 - 50% 3 - druh dost hojný, s pokryvností 5 - 20% 2 - druh zřídkavý, s pokryvností 1 - 5% 1 - druh velmi zřídkavý, s pokryvností 0,1 - 1% + - druh ojediněle zastoupený, s pokryvností do 0,1%

Odběr fytobentosu Zpracování vzorku rozsivek Odstranění buněčného obsahu oxidačními činidly Poté připravení preparátu pomocí uzavíratelných médii

Molekulární metody Izolace DNA (extrakční kity) Amplifikace DNA (vybraného úseku) – PCR Naklonování DNA (produktů PCR) Sekvenace Analýza (srovnání na www.algaterra.org) Příklad- výběr 18S SSU rRNA (ideální marker pro rozsivky, z ní výběr např 480 pb pro amplifikaci)

Molekulární metody Extrakce probíhá podle návodu výrobce vybraného extrakčního kitu (pro rozsivky se používají např. Dneasy Mini Plant kit a Dynabeads DNA Direct Universal Kit) Amplifikace pomocí primerů (denaturace vlákna, navázání primerů) Klonování pomocí klonovacích kitů (TOPO TA CloningTM Kit, klonování často v buňkách E-coli) Sekvenování (rekombinantních plazmidů E-coli)

Molekulární metody Důležité nalézt vhodný marker (měla by to být krátká sekvence DNA, která půjde lehce naamplifikovat) Část DNA pro analýzu by však měla být dostatečně variabilní aby odlišila jednotlivé druhy

Znaky používané (nejen) pro rozlišení druhů Molekulární analýzy Využívání vedlo k odhalení nečekané kryptické diverzity u rozsivek V současné době jsou osekvenovány 2 kompletní genomy rozsivek: centrickáThalassiosira pseudonana penátní Phaeodactylum tricornutum Využívání molekulárních dat: ITS SSU rDNA a LSU rDNA plastidové geny rbcL mitochondriální gen cox1

Molekulární analýzy SSU neboli 18S rDNA (malá ribozómová podjednotka) - využítí pro rekonstrukci fylogeneze celé třídy rozsivek (zařazení druhu v rámci třídy), méně variabilní LSU neboli 28S rDNA (velká ribozomální podjednotka) ITS1 a ITS2 (mezerníkové oblasti oddělující ribozomální podjednotku), velmi variabilní ITS2 má schopnost rozlišit reprodukčně izolované druhy (Fce ribozomu: tvorba proteinů, probíhá na nich translace, při níž je z řetězce RNA syntetizován polypeptid)

Molekulární analýzy Mitochondriální genom Využívá se oblast kódující proteinovou podjednotku cytochrom oxidasy (cox1) Plastidový genom Využívá se oblast kódující proteinovou velkou podjednotku enzymu RUBISCO Výhody oproti rDNA: jsou obsaženy v genomu pouze v jedné kopii+ minimalizuje možnost amplifikace DNA z případné kontaminace houbami, která je poměrně běžná. Nevýhodou je nedostatečná znalost dědičnosti a dalších vlastností organelové DNA