F. A. Fernandéz, F. M. Lutzoni et S. M. Huhndorf (1999):

Prezentace na téma: "F. A. Fernandéz, F. M. Lutzoni et S. M. Huhndorf (1999):"— Transkript prezentace:

1 F. A. Fernandéz, F. M. Lutzoni et S. M. Huhndorf (1999):
Teleomorph-anamorph connections: the new pyrenomycetous genus Carpoligna and its Pleurothecium anamorph. Mycologia 91(2):

2 Úvod pro nemykology Systém hub → jeden velký nepořádek:
– dvojí názvosloví: pro teleomorfy (pohlavní stadia) a pro anamorfy (nepohlavní stadia) – k morfologicky definovanému teleomorfnímu rodu/druhu může příslušet více morfologicky odlišných anamorf a naopak → Jde stále o různá stadia téže houby, nebo jde o různé rody/druhy? → využití molekulárních znaků – předpokládá se větší konzervatismus pohlavního rozmnožování → systém založen na morfologicko-vývojových znacích teleomorf → ne vždy udržitelný → studium fylogeneze skrze molekulární znaky

3 Počáteční problém Neznámá vřeckovýtrusá houba (teleomorfa)
Neznámá houba Počáteční problém Neznámá vřeckovýtrusá houba (teleomorfa) – nalezena na odkorněném dřevě v pevninské části USA, Kostarice, Panamě a na Portoriku – morfologicky zařazena do rodu Chaetosphaeria → teleomorfy morfologicky málo variabilní, anamorfy variabilní, fialidické Dopěstovaná anamorfa – není fialidická! (konidiogeneze holoblastická) – morfoligicky odpovídá druhu Pleurothecium recurvatum, jehož teleomorfu neznáme Chaetosphaeria cubensis Dopěstovaná anamorfa

4 Cíl Určit fylogenetické vztahy nalezené houby k rodu Chaetosphaeria a k dalším taxonům, reprezentujícím rozličné řády vřeckovýtrusých hub (Co jsme to vlastně v terénu sebrali?) Řešení Sekvenace jaderné DNA: Jde o jeden druh? → ITS Čemu je to příbuzné? → LSU

5 Metodika Studované druhy – ITS: 3 kultury neznámé houby
– LSU: 2 kultury neznámé houby + 4 domněle příbuzné druhy (vlastní sekvence z kultur) + sekvence 16 dalších druhů z GenBanku Získání jaderné DNA (úseky ITS a LSU) – mono- a polysporické izolace kultur z plodnic – izolace celkové DNA (podle Graham et al. 1994) – PCR amplifikace ITS a LSU – přečištění kitem Geneclean III

6 Metodika II Sekvenování
– cyklická reakce (primery: ITS1 a ITS4; LR0R, LR3, LR3R, LR5, LR6, LR21) – přečištění – sekvenátor: ABI Prism 377 DNA Sequencer – napojení sekvencí a alignement: Seqencher 3.0

7 Metodika III Fylogenetické analýzy (22 sekvencí LSU)
– program PAUP* 4.0.0d61 – Maximum parsimony I – vyloučeny oblasti s nejednoznačným alignementem, gaps = chybějící data – Maximum parsimony II – nejednoznačné oblasti zahrnuty, ale s odlišnou vahou, gaps = 5. stav, váženy tranzice/transverze/vznik mezery – Maximum likelihood – model Hasegawa-Kishino-Yano 1985 (váží tranzici/transverzi a frekvenci obou párů bazí)

8 Výsledky I ITS – 541 bp, 98% shoda sekvencí ze tří populací (Kostarika, Portoriko, kontinentální USA) → jeden druh LSU – 22 sekvencí (21 druhů) – 898 bp, z toho157 vyloučeno pro nejednoznačný alignement, 506 konstantních, 64 neinformativních → 171 parsimonicky informativních znaků

9 Výsledky II MP I (bez vážení, bez nejednozn. oblastí) → 21 „nejparsimonějších“ stromů → konsenzus MP II (vážení, nejedn. oblasti zahrnuty) → 1 „nej-“ strom → největší bootstrap, autoři mu nejvíce věří ML (bez nejedn. oblastí) → 1 nejpravděp. strom Souhrn: – zkoumaná houba není blízce příbuzná rodu Chaetosphaeria → nový rod! – je příbuzná řádům Microascales a Hypocreales – ve srovnání se zkoumanými příbuznými druhy má v oblasti LSU rychlejší mutační rychlost

10 Výsledky III Byl popsán nový rod Carpoligna F. A. Fernandez et S. M. Huhndorf, s jediným známým druhem C. pleurothecii F. A. Fernandez et S. M. Huhndorf a s anamorfou Pleurothecium recurvatum (Morgan) von Hohnel.

11 Diskuse Rod Carpoligna se od rodu Chaetosphaeria liší několika málo výraznými znaky teleomorfy a především odlišnou konidiogenezí anamorfy Diskutována možnost příbuznosti s morfologicky podobnými rody a čeleďmi Srovnání fylogenetických vztahů se studií SSU – vpodstatě shoda