Prezentace se nahrává, počkejte prosím

Prezentace se nahrává, počkejte prosím

Eduard Kejnovský a Roman Hobza. 1891 Německý biolog Henking studoval spermatogenezi u ruměnice pospolné (Pyrrhocoris apterus) polovina dceřiných buněk.

Podobné prezentace


Prezentace na téma: "Eduard Kejnovský a Roman Hobza. 1891 Německý biolog Henking studoval spermatogenezi u ruměnice pospolné (Pyrrhocoris apterus) polovina dceřiných buněk."— Transkript prezentace:

1 Eduard Kejnovský a Roman Hobza

2 1891 Německý biolog Henking studoval spermatogenezi u ruměnice pospolné (Pyrrhocoris apterus) polovina dceřiných buněk měla jeden element (chromosom) navíc X bylo označení neurčitosti pozorovaného Objev pohlavních chromosomů

3 Tenebrio molitor, Coleoptera ( F = AAXX, M = AAXY ) ( F = AAXX, M = AAXY ) mealworm mealworm Chromosomální determinace pohlaví (1905) Nettie Stevens Edmund Wilson

4 Fred Griffith: experimenty na Streptococcus pneumonia Dva kmeny: Smooth (S) - virulentní Rough (R) - nevirulentní Přeměna neškodných bakterií ve virulentní Injeckce R a teplotně inaktivovaných S bakterií - myši zemřely a obsahovaly S bakterie

5 Avery, MacLeod, and McCarty Smíchali R kmen s DNA z S kmene a izolovali S bakterieSmíchali R kmen s DNA z S kmene a izolovali S bakterie Přidali DNase - inhibice transformacePřidali DNase - inhibice transformace Přidali proteasy - transformace proběhlaPřidali proteasy - transformace proběhla DNA určena jako “transformační princip”DNA určena jako “transformační princip”

6 Objev dvojité šroubovice DNA

7

8 Sekvenování genomů 1988 americký kongres stál u zrodu Genbank

9 Proč sekvenovat dál? Komparativní genomika Biomedicínský výzkum Osobní genom

10 Frederick Sanger Dideoxy sekvenační metoda 1977 – osekvenoval Φ-X174 (5,368 bp) 1980 – dostal druhou Nobelovu cenu za chemii Později (polovina 80-tých let) osekvenoval bakteriofága λ pomocí shotgun metody (48,502 bp)

11 Sekvenování genomů 1986 Leroy Hood: první automatický sekvenátor 1986 Human Genome Initiative 1990 započat projekt sekvenování lidského genomu (předpokládaná doba 15 let) Leroy Hood

12 Sekvenování genomů 1995 John Craig Venter sekvenoval první bakteriální genom 1996 první eukaryotický genom (kvasinka) sekvenován John Craig Venter

13 1997 sekvence E. coli 1998 Caenorhabditis elegans genom (první multicelulární genom) 1999 lidský chromozom 22 sekvenován Sekvenování genomů

14 2000 Drosophila melanogaster genom 2001 Human Genome Sequencing: předběžná sekvence lidského genomu

15 Sekvenování genomů duben 2003 Lidský genom. Sekvence myšího genomu. duben 2004 Sekvence krysího genomu

16 The Race for the $1000 Genome. Science 311: 1544 – 1546, 2006 Honba za sekvencemi Ø Human genome (first draft) – $300 million (2001) Ø Rhesus macaque – $22 million (2006) Ø Mammalian genome – $100,000 (by the end of 2006)

17 Honba za sekvencemi X prize foundation 10,000,000$ tomu, kdo osekvenuje během 10 dnů sto lidských genomů (Hawking…..)

18 Redukce kopmlexity Hi-Cot selection

19 Redukce kopmlexity Methylation filtration (MF) E. coli McrBC (5mC restriction)

20 Sheath fluid Deflection plates Excitation light Waste Right collector Left collector Laser Scattered light Fluorescence emission Relative fluorescence intensity Chromosomes in suspension Flow sorted chromosomes Flow karyotype Flow chamber Number of events Flow sorted chromosomes Redukce kopmlexity – třídění chromosomů

21 Laserová mikrodisekce Výhody: vysoká čistota Nevýhody: malý počet chromozomů, pracnost

22 Aplikace Separované chromosomy 10 2 copies 10 4 copies copies 10 3 copies Cytogenetic mapping BAC libraries 454-sequencing Physical mapping using PCR Linear amplification

23 Chromosomálně specifické genomové knihovny

24 Malování chromosomů – chromosome painting

25

26 Metody sekvenování

27

28

29 Porous GEL + _ LASER DETECTOR aggctcctctcccacc a ag agg aggc aggct aggctc ……..

30 Genome Sequencer 20 System 454 pyrosequencing (2005)

31 DNA library preparation

32 Fragmentace DNA

33 Ligace adaptoru

34 Vychytání DNA molekul

35 denaturace

36

37 emPCR

38 Vznik emulze (olej)

39 emPCR

40

41 Vychytání kuliček

42

43 denaturace

44 Sekvenační primer

45 Disperze na sklíčko

46

47 Parametry mikroreaktorů

48

49 sekvenace

50

51

52

53

54

55

56

57 SOLID (Sequencing by Oligonucleotide Ligation and Detection) 2-base encoding sequencing (2007)

58

59

60

61

62

63

64

65

66

67

68

69

70

71

72

73

74

75

76

77

78

79

80

81

82

83

84

85

86 Solexa (2007)

87

88

89

90 HELICOS (2008) True Single Molecule Sequencing (tSMS)

91 Další technologie Nanopore sekvenování Mikroelektroforéza Sekvenování na bázi microarray


Stáhnout ppt "Eduard Kejnovský a Roman Hobza. 1891 Německý biolog Henking studoval spermatogenezi u ruměnice pospolné (Pyrrhocoris apterus) polovina dceřiných buněk."

Podobné prezentace


Reklamy Google