Prezentace se nahrává, počkejte prosím

Prezentace se nahrává, počkejte prosím

LABORATOŘ POTRAVINÁŘSKÉ MIKROBIOLOGIE (ROKOSKA) ÚSTAV 320 LUCIE VONDRÁKOVÁ PROF. ING. KATEŘINA DEMNEROVÁ, CSC. DOC. RNDR. JARMILA PAZLAROVÁ, CSC.

Podobné prezentace


Prezentace na téma: "LABORATOŘ POTRAVINÁŘSKÉ MIKROBIOLOGIE (ROKOSKA) ÚSTAV 320 LUCIE VONDRÁKOVÁ PROF. ING. KATEŘINA DEMNEROVÁ, CSC. DOC. RNDR. JARMILA PAZLAROVÁ, CSC."— Transkript prezentace:

1 LABORATOŘ POTRAVINÁŘSKÉ MIKROBIOLOGIE (ROKOSKA) ÚSTAV 320 LUCIE VONDRÁKOVÁ PROF. ING. KATEŘINA DEMNEROVÁ, CSC. DOC. RNDR. JARMILA PAZLAROVÁ, CSC.

2 ÚVODEM … TERMOTOLERANTNÍ CAMPYLOBACTER SPP.  G- TYČINKY  MIKROAEROFILNÍ ATMOSFÉRA  OPTIMÁLNÍ TEPLOTA 42 °C ONEMOCNĚNÍ  AKUTNÍ STŘEVNÍ INFEKCE TZV. KAMPYLOBAKTERIÓZA  C. jejuni (80-85 %)  C. coli  C. lari  INFEKČNÍ DÁVKA VELMI NÍZKÁ  ZÁVAŽNÉ POSTINFEKČNÍ KOMPLIKACE

3 DETEKCE, IDENTIFIKACE A KVANTIFIKACE TERMOTOLERANTNÍCH CAMPYLOBACTER SPP. ČSN EN ISO 10272–1  MIKROBIOLOGIE POTRAVIN A KRMIV - HORIZONTÁLNÍ METODA PRŮKAZU A STANOVENÍ POČTU CAMPYLOBACTER SPP.  SELEKTIVNÍ POMNOŽENÍ  PROBLÉM ROZLIŠENÍ MEZI JEDNOTLIVÝMI DRUHY  NÍZKÁ BIOCHEMICKÁ AKTIVITA KAMPYLOBAKTERŮ  ROSTOUCÍ POČTY REZISTENTNÍCH KMENŮ  ČASOVÁ NÁROČNOST

4 MULTIPLEX qPCR DETEKCE, DRUHOVÁ IDENTIFIKACE  PRIMERY CÍLENÉ NA DRUHOVĚ SPECIFICKÉ GENY  C. jejuni – hipO (HIPURIKASA)  C. coli – glyA (SERIN HYDROXYMETHYLTRANSFERASA)  C. lari – pepT (PEPTIDASA T) ABSOLUTNÍ KVANTIFIKACE A MOŽNOST PROVEDENÍ V MULTIPLEXU  VYNECHÁNÍ POMNOŽOVACÍHO KROKU  ZJIŠTĚNÍ POČTU POROVNÁNÍM SE STANDARDNÍMI KŘIVKAMI  TRIPLEX – DUÁLNĚ ZNAČENÉ HYDROLYZAČNÍ SONDY

5 NÁVRH PROTOKOLU qPCR A VÝSLEDKY IN SILICO ANALÝZA  FastPCR  nBLAST  VÝBĚR, CHEMICKÉ MODIFIKACE, NASTAVENÍ EXPERIMENTU EXPERIMENTÁLNÍ POSTUP  KLASICKÁ PCR S ELEKTROFORETICKÝM VYHODNOCENÍM SINGLEPLEX/MULTIPLEX  REAL-TIME PCR SE SYBR GREEN KŘIVKA TÁNÍ S CÍLOVÝMI I DALŠÍMI DRUHY KAMPYLOBAKTERŮ

6 ANALÝZA KŘIVKY TÁNÍ C. lari C. coli C. jejuni

7 NÁVRH PROTOKOLU qPCR A VÝSLEDKY  SINGLEPLEX qPCR  MULTIPLEX qPCR DNA VZOREK JEDNOHO DRUHU/SMĚSNÝ VZOREK DNA  VALIDACE PROTOKOLU NA REÁLNÝCH VZORCÍCH - OPLACHY KUŘECÍCH KŘÍDEL - UMĚLÁ KONTAMINACE V ROZSAHU CFU/ML - POROVNÁNÍ S KLASICKOU METODOU POČÍTÁNÍ CFU NA MISKÁCH - KVANTIFIKACE POMOCÍ qPCR MOŽNÁ I U NEJVYŠŠÍHO ŘEDĚNÍ - MISKY – C. jejuni PŘI NEJVYŠŠÍM ŘEDĚNÍ 100 % NEGATIVNÍ, C. coli 33 % A C. lari 67 %

8 ZÁVĚREM DruhEfektivita (%)LOD (CFU/rce)R2R2 Slope C. jejuni < LOD < C. coli < LOD < C. lari < LOD <  Analýza dat a satistika 7500 Software (Applied Biosystems, USA, verze 2.0.5) GenEx software (MultiD Analyses AB, Sweden, verze GenEx 5 Enterprise)  MIQE guidelines

9 DĚKUJI ZA POZORNOST


Stáhnout ppt "LABORATOŘ POTRAVINÁŘSKÉ MIKROBIOLOGIE (ROKOSKA) ÚSTAV 320 LUCIE VONDRÁKOVÁ PROF. ING. KATEŘINA DEMNEROVÁ, CSC. DOC. RNDR. JARMILA PAZLAROVÁ, CSC."

Podobné prezentace


Reklamy Google