Prezentace se nahrává, počkejte prosím

Prezentace se nahrává, počkejte prosím

Bioinformatika Jan Pačes Ústav molekulární genetiky AVČR (pro LF, 2008)

Podobné prezentace


Prezentace na téma: "Bioinformatika Jan Pačes Ústav molekulární genetiky AVČR (pro LF, 2008)"— Transkript prezentace:

1

2 Bioinformatika Jan Pačes hpaces@img.cas.cz Ústav molekulární genetiky AVČR http://www.img.cas.cz (pro LF, 2008)

3 DNARNAprotein transkripce reverzní transkripce translace replikace informacefunkce centrální dogma molekulární genetiky

4 post-genomická éra nové paradigma současné molekulární biologie:  tradiční výzkum byl založen na hypotézách  moderní výzkum je založen na datech (bottom up approach)

5 Genomika: stanovení kompletní sekvence DNA a její interpretace (co genom obsahuje) teoretické možnosti organizmu Transkriptomika: kompletní set mRNA v buňce, co a kdy je z genomu aktivováno řízení organizmu Proteomika: kompletní set proteinů aktuálně v buňce, jakou mají funkci a jak spolupracují práce (život) organizmu Metabolomika: kompletní set metabolitů aktuální stav organizmu obory a metody

6 počet genů  úroveň mRNA  úroveň genové exprese  množství a efektivní účinnost proteinu genomická sekvence mRNA protein funkční proteinový produkt transkripční kontrola translační kontrola post-translační kontrola úrovně kontroly

7 problémy bioinformatiky data: heterogení rozprostřená přístupná (nebo ne) veřejná vs komerční vs vlastní nekompletní redundantní znečištěná

8 problémy bioinformatiky slovník: např autoři: John B. Smith J. B. Smith JB Smith Smith, John B Smith, JB Smith JB

9 Zdroje dat na internetu Jan Pačes hpaces@img.cas.cz Ústav molekulární genetiky AVČR http://www.img.cas.cz (pro LF, 2008)

10 Social bookmarking

11 ncbi

12

13

14 entrez search syntax General syntax: search_term [tag] boolean_operator search_term [tag] [AD]Affiliation [ALL]All fields [AU]Author name [RN]Enzyme Commission or Chemical Abstract Service numbers [EDAT]Entrez date [IP]Issue of joumal [TA]Jornal ISSN number [LA]Language

15 entrez search syntax [MAJR]MeSH major topic [MH]MeSH terms (Controlled vocabulary of biomedical terms. MeSH stands for medical subject heading.) [SH]Subheading(Used to modify MeSH Terms) [PS]Personal name as subject [DP]Publication date [PT]Publication type [NM]Substance name [TW]Text words [UID]Unique identifiers (PMID/MEDLINE numbers) [VI]Volume of journal

16 ncbi books

17 books @ ncbi

18

19

20 Biobar – toolbar for firefox

21 genome browser

22

23

24

25

26

27 Priony Jan Pačes hpaces@img.cas.cz Ústav molekulární genetiky AVČR http://www.img.cas.cz (pro LF, 2008)

28 prion infekční proteinová částice (analogie virionu) všechny nemoci způsobují poškození mozku nebo jiné nervové tkáně jsou neléčitelné a smrtelné Pruisner, SB (1982), "Novel proteinaceous infectious particles cause scrapie", Science, vol. 216, no. 4542, p. 136-44 (pronounciation is explicitly defined as "pree-on" on page 141, third column)

29 nemoci u člověka  různé Creutzfeldt-Jakobovy choroby (CJD) Variant CJD Iatrogenic CJD Familial CJD Sporadic CJD  Alpers Syndrome  Kuru (Laughling death disease)  Fatal Familial Insomnia (FFI)  Gerstmann-Sträussler-Scheinker syndrom (GSS)

30 nemoci u zvířat  Bovine Spongiform Encephalopathy (BSE, nemoc šílených krav)  scrapie (svědivka - ovce)  Transmissible mink encephalopathy (TME, norek)  Chronic Wasting Disease (CWD) (vysoká)  Feline spongiform encephalopathy (kočky)  Exotic ungulate encephalopathy (EUE) (antilopy)

31 mechanismus PrP (protease resistent protein) PrP c (cellular) PrP Sc (scrapie) gen PRNP obsahuje Q/N (glutamin/asparagin) bohatou oblast amyloidní agregace

32 struktura C-konce PrP

33 mechanismus propagace

34 testování BSE v ČR více než milion analýz, počet pozitivních výsledků: 24 rokanalýz 2001114 446 2002175 435 2003210 456 2004200 873 2005170 857 2006 *101 044

35 kontakt Jan Pačes www: http://bio.img.cas.cz email: hpaces@img.cas.cz icq: #110872370 irc: efnet #hpaces tel: +420 220183446 P A C E S

36


Stáhnout ppt "Bioinformatika Jan Pačes Ústav molekulární genetiky AVČR (pro LF, 2008)"

Podobné prezentace


Reklamy Google