Prezentace se nahrává, počkejte prosím

Prezentace se nahrává, počkejte prosím

Bioinformatika Jan Pačes Ústav molekulární genetiky AVČR (pro LF, 2008)

Podobné prezentace


Prezentace na téma: "Bioinformatika Jan Pačes Ústav molekulární genetiky AVČR (pro LF, 2008)"— Transkript prezentace:

1

2 Bioinformatika Jan Pačes Ústav molekulární genetiky AVČR (pro LF, 2008)

3 DNARNAprotein transkripce reverzní transkripce translace replikace informacefunkce centrální dogma molekulární genetiky

4 post-genomická éra nové paradigma současné molekulární biologie:  tradiční výzkum byl založen na hypotézách  moderní výzkum je založen na datech (bottom up approach)

5 Genomika: stanovení kompletní sekvence DNA a její interpretace (co genom obsahuje) teoretické možnosti organizmu Transkriptomika: kompletní set mRNA v buňce, co a kdy je z genomu aktivováno řízení organizmu Proteomika: kompletní set proteinů aktuálně v buňce, jakou mají funkci a jak spolupracují práce (život) organizmu Metabolomika: kompletní set metabolitů aktuální stav organizmu obory a metody

6 počet genů  úroveň mRNA  úroveň genové exprese  množství a efektivní účinnost proteinu genomická sekvence mRNA protein funkční proteinový produkt transkripční kontrola translační kontrola post-translační kontrola úrovně kontroly

7 problémy bioinformatiky data: heterogení rozprostřená přístupná (nebo ne) veřejná vs komerční vs vlastní nekompletní redundantní znečištěná

8 problémy bioinformatiky slovník: např autoři: John B. Smith J. B. Smith JB Smith Smith, John B Smith, JB Smith JB

9 Zdroje dat na internetu Jan Pačes Ústav molekulární genetiky AVČR (pro LF, 2008)

10 Social bookmarking

11 ncbi

12

13

14 entrez search syntax General syntax: search_term [tag] boolean_operator search_term [tag] [AD]Affiliation [ALL]All fields [AU]Author name [RN]Enzyme Commission or Chemical Abstract Service numbers [EDAT]Entrez date [IP]Issue of joumal [TA]Jornal ISSN number [LA]Language

15 entrez search syntax [MAJR]MeSH major topic [MH]MeSH terms (Controlled vocabulary of biomedical terms. MeSH stands for medical subject heading.) [SH]Subheading(Used to modify MeSH Terms) [PS]Personal name as subject [DP]Publication date [PT]Publication type [NM]Substance name [TW]Text words [UID]Unique identifiers (PMID/MEDLINE numbers) [VI]Volume of journal

16 ncbi books

17 ncbi

18

19

20 Biobar – toolbar for firefox

21 genome browser

22

23

24

25

26

27 Priony Jan Pačes Ústav molekulární genetiky AVČR (pro LF, 2008)

28 prion infekční proteinová částice (analogie virionu) všechny nemoci způsobují poškození mozku nebo jiné nervové tkáně jsou neléčitelné a smrtelné Pruisner, SB (1982), "Novel proteinaceous infectious particles cause scrapie", Science, vol. 216, no. 4542, p (pronounciation is explicitly defined as "pree-on" on page 141, third column)

29 nemoci u člověka  různé Creutzfeldt-Jakobovy choroby (CJD) Variant CJD Iatrogenic CJD Familial CJD Sporadic CJD  Alpers Syndrome  Kuru (Laughling death disease)  Fatal Familial Insomnia (FFI)  Gerstmann-Sträussler-Scheinker syndrom (GSS)

30 nemoci u zvířat  Bovine Spongiform Encephalopathy (BSE, nemoc šílených krav)  scrapie (svědivka - ovce)  Transmissible mink encephalopathy (TME, norek)  Chronic Wasting Disease (CWD) (vysoká)  Feline spongiform encephalopathy (kočky)  Exotic ungulate encephalopathy (EUE) (antilopy)

31 mechanismus PrP (protease resistent protein) PrP c (cellular) PrP Sc (scrapie) gen PRNP obsahuje Q/N (glutamin/asparagin) bohatou oblast amyloidní agregace

32 struktura C-konce PrP

33 mechanismus propagace

34 testování BSE v ČR více než milion analýz, počet pozitivních výsledků: 24 rokanalýz *

35 kontakt Jan Pačes www: icq: # irc: efnet #hpaces tel: P A C E S

36


Stáhnout ppt "Bioinformatika Jan Pačes Ústav molekulární genetiky AVČR (pro LF, 2008)"

Podobné prezentace


Reklamy Google