T-exkurze podzim 2011
… Moje nejoblíbenější předměty ve škole (navštěvuji gymnázium) jsou chemie, informatika a matematika. Byla jsem nadšená, když jsem zjistila, že existuje relativně nový obor – chemoinformatika, protože kloubí moje dva velmi oblíbené předměty.
Co mě vedlo k přihlášení se do t-exkurze, téma Počítačová chemie? Chtěla jsem se dozvědět, co vůbec znamená spojení chemie a počítačů v praxi, poněvadž moje dosavadní poznatky nebyly dostačující. Věděla jsem, že je to nějaké,,tvoření molekul proteinů za účelem objevování léků“, ale nic víc ne.
Co jsem se v t-exkurzi naučila? Že základním stavebním kamenem proteinů jsou AMINOKYSELINY (vyskytuje se jich 20). Že proteiny jsou BIOMOLEKULY spolu s nukleovými kyselinami, lipidy a sacharidy. Že z BIOMOLEKUL jsou vystaveny VŠECHNY ŽIVÉ ORGANISMY.
Jaká je struktura biomolekul?
Aminokyseliny jsou navzájem propojeny PEPTIDOVÝMI VAZBAMI - tímto spojením vznikají POLYMERY.
Primární struktura aminokyselin je držena pohromadě pouze KOVALENTNÍMI VAZBAMI.
Sekundární struktura aminokyselin = primární struktury uspořádané do pravidelně se opakujícího motivu tvořícího buď ŠROUBOVICI (alfa-helix) a nebo STRUKTURU TZV. BETA SKLÁDANÉHO LISTU (beta-sheet). Interakce je VODÍKOVÁ.
Terciální struktura = libovolné opakování alfa-helixů nebo beta-listů. Hlavní interakce je VODÍKOVÝ MŮSTEK a orientace hydrofilních a hydrofobních postranních řetězců aminokyselin.
Existuje i kvartérní struktura, která je tvořena vzájemnou interakcí proteinových řetězců. Tvoří OLIGOMERNÍ STRUKTURY.
A co dál? Dozvěděla jsem se, kde a jak stáhnout program na prohlížení různých proteinů. Program se jmenuje VDM. Funguje tak, že si na stránce s databází proteinů ( stáhnete strukturu vámi vybraného proteinu (na dalším sledu je alanin) a,,hrajete si s ním“.
Jak vypadá VDM?
Další prožitky a poznatky už říct nemůžu, protože jsem se kvůli nemoci nemohla zúčastnit praktické části. I přes to jsem se však o tomto tématu dozvěděla zase o něco více a jsem za to velice ráda.
Na závěr… T-exkurze mi přijde jako výborný nápad, protože dovoluje studentům, kteří,,chtějí něco víc“, se opravdu něco víc dozvědět. Anna Popková, Gymnázium Boskovice