Metagenomika - Metatranskriptomika

Slides:



Advertisements
Podobné prezentace
Rozvojové programy pro VVŠ 8. února Rozvojové programy VVŠ Rozvojové programy 2012 Požadavky vysokých škol v centralizovaných projektech → finanční.
Advertisements

Číslo projektu školy CZ.1.07/1.5.00/ Číslo a název šablony klíčové aktivity III/2 Inovace a zkvalitnění výuky prostřednictvím ICT Číslo materiáluVY_32_INOVACE_OdP_S3_07.
Číslo projektu:CZ.1.07/1.5.00/ Název školy:SOU a ZŠ Planá, Kostelní 129, Planá Vzdělávací oblast: Ekonomie Předmět:Inovace výuky prostřednictvím.
SŠHS Kroměříž Číslo projektuCZ.1.07/1.5.00/ Autor Ing. Libuše Hajná Název šablonyVY_32_INOVACE CHE Název DUMuCHE E Stupeň a typ vzděláváníOdborné.
NÁZEV ŠKOLY: Základní škola Hnátnice, okres Ústí nad Orlicí DATUM: AUTOR: Petra Koutná NÁZEV: VY_32_INOVACE_16_Vodní nádrže TÉMA SADY: Vlastivěda.
Experimentální metody oboru – Pokročilá tenzometrie – Měření vnitřního pnutí Další využití tenzometrie Měření vnitřního pnutí © doc. Ing. Zdeněk Folta,
BIBLE Proč a jak číst Bibli. Biblická NEJ Nejrozšířenější kniha Nejdražší tištěná kniha vůbec Vůbec první tištěná kniha Přeložena do …. jazyků či nářečí.
2.3 ROZKLAD VÝRAZŮ NA SOUČIN Mgr. Petra Toboříková.
Autorem materiálu a všech jeho částí, není-li uvedeno jinak, je Mgr. Zuzana Šimotová Anotace : Výuka předmětu Člověk a příroda Autor : Mgr. Zuzana Šimotová.
Projekt MŠMTEU peníze středním školám Název projektu školyICT do života školy Registrační číslo projektuCZ.1.07/1.5.00/ ŠablonaIII/2 Sada 37 AnotaceRegulátory.
Název školy ZÁKLADNÍ ŠKOLA, JIČÍN, HUSOVA 170 Číslo projektu CZ.1.07/1.4.00/ Číslo a název klíčové aktivity 3.2 Inovace a zkvalitnění výuky prostřednictvím.
VYSOKÁ ŠKOLA TECHNICKÁ A EKONOMICKÁ ČESKÉ BUDĚJOVICE ÚSTAV PODNIKOVÉ STRATEGIE Autor bakalářské práce: Jitka Macháčková Vedoucí bakalářské práce: Ing.
Molekulární biotechnologie č.10e
Krokový motor.
Vysoká škola technická a ekonomická v Českých Budějovicích Ústav podnikové strategie Analýza marketingového mixu vybrané banky Autor bakalářské práce:
Didaktické testy z biochemie 5
Výukový materiál zpracován v rámci projektu
Financováno z ESF a státního rozpočtu ČR.
Technika obsluhy – Pěstování kávy
Procesní management v oddělení logistiky
Digitální učební materiál zpracovaný v rámci projektu
DUM:VY_32_INOVACE_IX_1_17 Výkon Šablona číslo: IX Sada číslo: I
Rozhodování 1.
Stanovení kapacity úseku Chomutovky v km 17,2-18
Název vzdělávacího materiálu
NÁZEV ŠKOLY: ČÍSLO PROJEKTU: NÁZEV MATERIÁLU: TÉMA SADY: ROČNÍK:
KOMÍNY, KOMINÍK A DALŠÍ PROFESE
DUM:VY_32_INOVACE_IX_1_18 Energie Šablona číslo: IX Sada číslo: I
NÁZEV ŠKOLY: ZŠ Dolní Benešov, příspěvková organizace
Počasí VY_52_INOVACE_21 Číslo projektu: CZ.1.07/1.4.00/
Algoritmizace - opakování
Algoritmizace - opakování
AUTOR: Mgr. Václava Horniková NÁZEV: VY_32_INOVACE_ 114_Bakterie
Mgr. Kateřina Korcová, Ph.D. UZB003 – jaro 2016
Financováno z ESF a státního rozpočtu ČR.
Molekulární genetika Tok genetické informace:
Transformátory Název školy Základní škola a mateřská škola Libchavy
Regulace genové exprese u prokaryot a jejich virů
Pohyb tělesa Název školy: ZŠ Štětí, Ostrovní 300 Autor: Francová Alena
Procvičení vzorců a funkcí v rámci jednoho i více listů
VELIKONOCE KRASLICE.
Tření-souhrnná cvičení
Zpracování dat Lenka Radová
Příprava vzorků – odběr vzorků, uchování vzorků a izolace
Krokový motor.
Metagenomika Úvod Petra Vídeňská, Ph.D..
Sekvenování třetí generace
ZÁKLADNÍ ŠKOLA, JIČÍN, HUSOVA 170 Číslo projektu
Novinky v Záznamníku učitele
Ivana Francová, SOU Liběchov
HODINY - poznej stejný čas, velikost
Setkání členů Rady LK se starosty měst a obcí Financování a
Společné informace o studiu
Metagenomika – virom a eukaryota
Základy sociální politiky - vymezení - přístup - nástroje - cíle
ŠABLONY PRO STŘEDNÍ ŠKOLY
GENETICKÝ KÓD, GENY, GENOM
Cyklistický trénink dětí v triatlonu Petr Polívka
Domovní rozvody * hlavní domovní vedení * * odbočky k elektroměrům *
Tvoří pedosféru, studuje ji pedologie
Porovnání výsledků manuálních a automatických měření meteorologických parametrů na OBK Karel Dejmal Observatoř Košetice.
NUKLEOVÉ KYSELINY Dusíkaté báze Cukry Fosfát guanin adenin tymin
Předmět Molekulární a buněčná
ZÁKLADNÍ ŠKOLA, JIČÍN, HUSOVA 170
Módní trendy v gastronomii
Molekulární biologie (c) Mgr. Martin Šmíd.
EU- „Učíme se ze života pro život“ Registrační číslo: CZ /0
37. Bi-2 Cytologie, molekulární biologie a genetika
Název projektu: ZŠ Háj ve Slezsku – Modernizujeme školu
Diagnostika dítěte předškolního věku
Transkript prezentace:

Metagenomika - Metatranskriptomika Petra Vídeňská, Ph.D.

Metatranskriptomika Zkoumá odpověď mikroorganismů na změny prostředí Sleduje se genová exprese = aktivita mikroorganismů

Metatranskriptomika Diverzita exprimovaných genů Abundance exprimovaných genů – nejvíce exprimované geny – nejpotřebnější metabolické dráhy v daném prostředí (genová exprese je velice rozdílná (foldy), nutná velká prosekvenovanost) Rozdíl v expresi při různých podmínkách (hledání biomarkerů)

Jak šel čas Příprava cDNA knihoven pomocí klonování, Sangerovo sekvenování Microarraye RNA-seq

Metatranskriptomika Kódující - mRNA Nekódující - rRNA, tRNA, regulační RNA…

Metatranskritpomika - problémy Málo RNA ve vzorcích Nestabilita RNA – rozkládá se v minutách mRNA tvoří pouze 1-5%, zbytek většinou rRNA

Postup Nejčastěji se používají Ribo-Zero magnetické kuličky Odstraní se bakteriální rRNA a následně eukaryontní rRNA (záleží na vzorku)

Efektivita odstranění rRNA

Ribo-Zero kuličky - bakterie

Postup odstranění rRNA pomocí Ribo-Zero kuliček - 4 kroky

Postup odstranění rRNA pomocí Ribo-Zero kuliček - 4 kroky

Celkový postup Vzorkování Příprava knihovny Správný odběr vzorku Stabilizace vzorku (např. RNA later) Uskladnění (-80°C) Příprava knihovny Izolace RNA, např. MoBio (speciální na RNA, popř. RNA +DNA) Odstranění DNA (DNáza) Odstranění rRNA (bakteriální, eukaryotické – Ribo-Zero) Syntéza cDNA, odstranění RNA Připojení adaptorů, kontrola knihovny

Kombinace meta technik

Kombinace meta technik

Kombinace meta technik

Kombinace meta technik

Kombinace meta technik