Novoroční setkání Čtvrtek 7. ledna 2016

In obtaining of funding our institute was not as successful as in previous years… New in 2015: 3x GAČR grant obtained J. Lukeš, M. Oborník, I. Fiala J. Lukeš – Moore Foundation A. Holzer – HORIZON 2020 K. Jirků Pomajbíková – Human Frontiers Science Program Org. J. Nebesářová - Bioimaging S.Georgieva – CAS post-doc M. Kolisko – Fellowship JEP Terminated in 2015: 8x GAČR terminated A. Zíková – EMBO M. Kváč - EU OP VpK 2x J. Lukeš – RNPnet J. Lukeš – MŠMT grant J. Lukeš – Praemium Academicae J. Lukeš – AVČR grant A. Holzer – AVČR grant

2016 – 3 GAČRy 2015 – 7 GAČRů!! ( z celkových 11 na BC) 2014 – 3 GAČRy 2013 – 4 GAČRy 2012 – 11 GAČRů 2011 – 6 GAČRů ROZPOČET ÚSTAVU 2015Celkem 119 mil, z toho režie 44 mil (37%) = – Biogl, Modb a PA 2014Celkem 118 mil, z toho režie 47 mil (40%), 2013 Celkem 121 mil, z toho režie 47 mil (39%) 2012 Celkem 114 mil, z toho režie 46 mil (40%) 2011 Celkem 97 mil, z toho režie 53 mil (55%)

Papers with IF > Papers with IF Chapters12463 Monographs1150 Suma IF556,318327,48408,38399,48 VĚDECKÁ PRODUKCE - SROVNÁNÍ

2015Relative papers with IF*Relative IF*Papers with IF # IF # Grubhoffer/Rudenko lab4,313,1721,931 Hajdušek lab1,45,5414,718 Holzer lab6,327,0833,412 Horák lab2,032,7458,082 Kopáček lab3,619,1626,726 Kotsyfakis lab5,419,51138,858 Kváč lab12,536,51751,136 Lukeš lab26,2149,736222,112 Nebesářová lab3,310,9518,924 Oborník lab10,154,01478,392 Paris lab0,63,5316,532 Pomajbíková lab1,26,6414,227 Růžek lab14,046,41965,282 Scholz lab47,996,950101,408 Štefka lab7,020,2720,158 Zíková lab2,310,3413,801 * Relativized according to number of authors from individual labs; # I find the right-most number somewhat more important, because we don´t want to punish collaboration (too much)

Relativized according to number of authors from individual labs Relative IF 2015 ( ) 2014 ( ) 2013 ( ) 2012 ( ) Grubhoffer/Rudenko lab13,1 51,024,74,5 Hajdušek lab5,5 4,10,0- Holzer lab27,0 19,622,228,0 Horák lab32,7 0,010,1- Kopáček lab19,1 5,06,74,7 Kotsyfakis lab19,5 29,3 47,0 Kváč lab36,5 38,245,627,5 Lukeš lab149,7 39,997,9112,7 Nebesářová lab10,9 7,618,022,8 Oborník lab54,0 4,915,742,9 Paris lab3,5 0,0-- Pomajbíková lab6,6 4,41,84- Růžek lab46,4 46,721,512,4 Scholz lab96,9 58,670,876,6 Štefka lab20,2 15,848,75,2 Zíková lab10,3 0,0 3,33,3

Papers with IF > 4 (IF > 8) 2015 ( ) 2014 ( ) 2013 ( ) 2012 ( ) Grubhoffer/Rudenko lab 12 (1) 1 Hajdušek lab 100- Holzer lab 1 (1)212 (1) Horák lab 1 (3)02 (1)- Kopáček lab 3111 Kotsyfakis lab 34 (1) 6 Kváč lab 1 (1)310 Lukeš lab 14 (9)2 (1)15 (3)14 (7) Nebesářová lab 2003 Oborník lab 3 (5)04 (2)6 (3) Paris lab 1 (1)0-- Pomajbíková lab 1 (1)10- Růžek lab 5 1 (1)21 Scholz lab 1 (1)221 Štefka lab 012 (1)0 Zíková lab 1000

Bajgar A., Kučerová K., Jonátová L., Tomčala A., Schneedorferová I., Okrouhlík J, Doležal T. 2015: Extracellular adenosine mediates a systemic metabolic switch during immune response. PLoS Biology 13: e IF = 9,343 Chambouvet A., Gower D.J., Jirků Miloslav, Yabsley M.J., Davis A.K., Leonard G., Maguire F., Doherty-Bone T.M., Bittencourt-Silva G.B., Wilkinson M., Richards T.A. 2015: Cryptic infection of a broad taxonomic and geographic diversity of tadpoles by Perkinsea protists. PNAS 112: E4743–4751. IF = 9,674 Flegontov P., Michálek J., Janouškovec J., Lai D.H., Jirků Milan, Hajdušková E., Tomčala A., Otto T.D., Keeling P.J., Pain A., Oborník M., Lukeš J. 2015: Divergent mitochondrial respiratory chains in phototrophic relatives of apicomplexan parasites. Molecular Biology and Evolution 32: 1115–1131. IF = 9,105 Hoppe E., Pauly M., Gillespie T.R, Akoua-Koffi C., Hohmann G., Fruth B., Karhemere S., Madinda N.F., Mugisha L., Muyembe J., Todd A., Petrželková K.J., Gray M., Robbins M., Bergl R.A., Wittig R.M., Zuberbühler K., Boesch C., Schubert G., Leendertz F.H., Ehlers B., Sébastien Calvignac-Spencer S. 2015: Multiple cross-species transmission events of human adenoviruses (HAdV) during hominine evolution. Molecular Biology and Evolution 32: 2072–2084. IF = 9,105 Horák P., Mikeš L., Lichtenbergová L., Skála V., Soldánová M., Brant S.V. 2015: Avian schistosomes and outbreaks of cercarial dermatitis. Clinical Microbiology Reviews 28: 165–190. IF = 17,406 Lukeš J., Flegontova O., Horák A. 2015: Diplonemids. Current Biology 25: R702–R704. IF = 9,571 Oborník M., Lukeš J. 2015: The organellar genomes of Chromera and Vitrella, the phototrophic relatives of apicomplexan parasites. Annual Review of Microbiology 69: 129–144. IF = 12,182 Sample P.J., Kořený L., Paris Z., Gaston K.W., Rubio M.A.T., Fleming I.M.C., Hinger S., Horáková E., Limbach P.A., Lukeš J., Alfonzo J.D. 2015: A common tRNA modification at an unusual location: the discovery of wyosine biosynthesis in mitochondria. Nucleic Acid Research 43: 4262–4273. IF = 9,112 Školáková P., Foldynová-Trantírková S., Bednářová K., Fiala R., Vorlíčková M., Trantírek L. 2015: Unique C. elegans telomeric overhang structures reveal the evolutionarily conserved properties of telomeric DNA. Nucleic Acids Research 43: 4733–4745. IF = 9,112 Speijer D., Lukeš J., Eliáš M. 2015: Sex is a ubiquitous, ancient, and inherent attribute of eukaryotic life. PNAS 112: 8827–8834. IF = 9,674 de Vargas C., Audic S., Henry N., Decelle J., Mahé F., Logares R., Lara E., Berney C., Le Bescot N., Probert I., Carmichael M., Poulain J., Romac S., Colin S., Aury J.-M., Bittner L., Chaffron S., Dunthorn M., Engelen S., Flegontova O., Guidi L., Horák A., Jaillon O., Lima-Mendez G., Lukeš J., Malviya S., Morard R., Mulot M., Scalco E., Siano R., Vincent F., Zingone A., Dimier C., Picheral M., Searson S., Kandels-Lewis S., Tara Oceans Coordinators, Acinas S.G., Bork P., Bowler C., Gorsky G., Grimsley N., Hingamp P., Iudicone D., Not F., Ogata H., Pesant S., Raes J., Sieracki M.E., Speich S., Stemmann L., Sunagawa S., Weissenbach J., Wincker P., Karsenti E. 2015: Eukaryotic plankton diversity in the sunlit ocean. Science 348: IF = 33,611 Woo Y.H., Ansari H., Otto T.D., Klinger C., Kolísko M., Michálek J., Saxena A., Shanmugam D., Tayyrov A., Veluchamy A., Ali S., Bernal A., del Campo C., Cihlář J., Flegontov P., Gornik S.G., Hajdušková E., Horák A., Janouškovec J., Katris N.J., Mast F., Miranda-Saavedra D., Mourier T., Naeem R., Nair M., Panigrahi A.K., Rawlings N., Regelado E.P., Ramaprasad A., Samad N., Tomčala A., Wilkes J., Neafsey D., Doerig C., Bowler C., Keeling P.J., Roos D.S., Dacks J., Templeton TJ., Waller R.F., Lukeš J., Oborník M., Pain A. 2015: Chromerid genomes reveal the evolutionary path from photosynthetic algae to obligate intracellular parasites. eLife 4: e IF = 9, papers with IF > 8

Výsledky hlasování VR o nejlepších anotaci za PaÚ Způsob výpočtu: Každý člen VR stanovil své pořadí tří nejlepších anotací. Za první místo dostala anotace 3 body, za druhé 2 a za třetí 1 bod. Po sečtení těchto bodů bylo stanoveno celkové pořadí. první místo: Výsledek č bodů (6 x první) Analýza mitochondriálního genomu a rekonstrukce dýchacího řetězce u chromeridních řas (Flegontov et al., 2015, MBE) Flegontov P., Michálek J., Janouškovec J., Lai D.H., Jirků Milan, Hajdušková E., Tomčala A., Otto T.D., Keeling P.J., Pain A., Oborník M., Lukeš J. 2015: Divergent mitochondrial respiratory chains in phototrophic relatives of apicomplexan parasites. Molecular Biology and Evolution 32: 1115–1131. [IF 2014 =9.105] druhé místo: Výsledek č. 2 – 11 bodů (2 x první, 1x druhý a 3 x třetí) Diverzita plankton v oceánech. (De Vargas et al., 2015) de Vargas, C., Audic, S., Henry, N., Decelle, J., Mahe, F., Logares, R., … Velayoudon, D. (2015). Eukaryotic plankton diversity in the sunlit ocean. Science, 348 (6237), 11 pp. [IF 2014 =33.611] (spoluautoři z PAÚ O. Flegontova, A. Horák a. J. Lukeš) třetí místo: Výsledek č. 6 – 9 bodů (4 x druhý, 1 x třetí) FoF1 ATPase u T. brucei: unikátní kompozice a funkce (Šubrtová, Zíková et al.) Šubrtová K., Panicucci B., Zíková A. 2015: ATPaseTb2, a unique membrane-bound FoF1-ATPase component, is essential in bloodstream and dyskinetoplastic trypanosomes. PLoS Pathogens 10 (2): e [IF 2014 =7.562] Alkhaldi A.A., Martinek J., Panicucci B., Dardonville C., Zíková A., de Koning H.K. 2015: Trypanocidal action of bisphosphonium salts through a mitochondrial target in bloodstream form Trypanosoma brucei. International Journal for Parasitology: Drugs and Drug Resistance (accepted).

Horák P., Mikeš L., Lichtenbergová L., Skála V., Soldánová M., Brant S.V. 2015: Avian schistosomes and outbreaks of cercarial dermatitis. Clinical Microbiology Reviews 28: 165–190. IF = 17,406 Javanbakht H., Kvičerová J., Dvořáková N., Mikulíček P., Sharifi M., Kautman M., Maršíková A., Široký P. 2015: Phylogeny, diversity, distribution and host specificity of Haemoproteus spp. (Apicomplexa: Haemosporida: Haemoproteidae) of Palaearctic tortoises. Journal of Eukaryotic Microbiology 62: 670–678. IF = 3,217 Kodádková A., Bartošová-Sojková P., Holzer A.S., Fiala I. 2015: Bipteria vetusta n. sp. – an old parasite in an old host: tracing the origin of myxosporean parasitism in vertebrates. International Journal for Parasitology 45: 269–276. IF = 3,872 de Vargas C., Audic S., Henry N., Decelle J., Mahé F., Logares R., Lara E., Berney C., Le Bescot N., Probert I., Carmichael M., Poulain J., Romac S., Colin S., Aury J.-M., Bittner L., Chaffron S., Dunthorn M., Engelen S., Flegontova O., Guidi L., Horák A., Jaillon O., Lima-Mendez G., Lukeš J., Malviya S., Morard R., Mulot M., Scalco E., Siano R., Vincent F., Zingone A., Dimier C., Picheral M., Searson S., Kandels-Lewis S., Tara Oceans Coordinators, Acinas S.G., Bork P., Bowler C., Gorsky G., Grimsley N., Hingamp P., Iudicone D., Not F., Ogata H., Pesant S., Raes J., Sieracki M.E., Speich S., Stemmann L., Sunagawa S., Weissenbach J., Wincker P., Karsenti E. 2015: Eukaryotic plankton diversity in the sunlit ocean. Science 348: IF = 33,611 Votýpka J., Rádrová J., Skalický T., Jirků Milan, Jirsová D., Mihalca A.D., D‘Amico G., Petrželková K. J., Modrý D., Lukeš J. 2015: A tsetse and tabanid fly survey of African great apes habitat reveals the presence of a novel trypanosome lineage but the absence of T. brucei. International Journal for Parasitology 45: 741–748. IF = 3,872

Volba vědecké rady Parazitologického ústavu Volba proběhla ve třech kolech mezi 26. říjnem a 10. listopadem Členy VR PaÚ byli zvoleni: Aleš Horák Petr Kopáček Martin Kváč Miroslav Oborník Tomáš Scholz Alena Zíková Petr Horák (UK Praha, externí člen) Ivan Čepička (UK Praha, externí člen) Ivo Šauman (ENTÚ, externí člen) Interní členové nově zvolené VR PaÚ pak zvolili Miroslava Oborníka za předsedu VR.

Mapa české vědy LN 28/11/2015, str. 14, 15.

Nature index Top 100 countries Nature 522 S34-S44 ČR As a matter of fact, guys, we happen to be in an increasingly competitive country (in science) Meant as a wake-up call…

Publications Analysis Parasitology 2015/3; page ČR Although parasitology in this country is doing damn well, also thanks to you…

2/1/2016 Předseda Akademie věd Jiří Drahoš: Pojem pražská kavárna mi vadí svou plytkostí Even the big boss took notice…

Evaluation of the Research and Professional Activity of the Institutes of the Czech Academy of Sciences (CAS) for the period 2010–2014 Na příkaz vlády, která na to dala 25 milionů Stálo to 20 milionů 6 teams from IPCAS: Molecular protistology Evolutionary parasitology Tick-borne diseases Biology of disease vectors Fish parasitology Opportunistic parasitic diseases 1.Introduction 2.Strengths and Opportunities 3.Weaknesses and Threats 4.Recommendations 5.Detailed evaluations

Team No. 14 Molecular Protistology Lukeš

Team No. 15 Evolutionary parasitology Oborník

Team No. 16 Tick-borne diseases Grubhoffer/Rudenko

Team No. 17 Biology of disease vectors Kopáček

Team No. 18 Fish parasitology Scholz

Team No. 19 Opportunistic parasitic diseases Kváč

Popularizace – výběr New Protec Gill 16/12/15: Note of the contribution to SKRETTING's functional feed development against amoebic gill disease in Atlantic salmon (new product called Protec Gill) (Astrid Holzer and her team) Hospodářské noviny 19/11/2015: Český biolog získal miliony od zakladatele Intelu Gordona Moora ČR Studio Leonardo Plus 9/11/2015: Zhruba za padesát let budou lékaři předepisovat parazity pacientům ve formě prášků, předpovídá parazitolog. (Julius Lukeš) Novinky.cz 13/10/2015 V Milovicích se zabydlují pratuři, předci krav (Miloslav Jirků) ČT Hyde Park 10/10/2015 – Hyde Park (Alena Zíková) PRÁVO, Víkend 2/10/2015, str 7–9: Parazitolog Julius Lukeš: Parazitů je u nás málo, pozvěme parazity zpátky ke stolu. ČR Plus 30/09/2015 Jak starý je mor, pomůže vědcům odhalit blecha zkamenělá v jantaru (Jan Štefka) Vesmír 24/9/2015: Pravda o parazitech a jejich vymítačích. Kuchta R., Kolářová I., Kašný M., Ditrich O., Horák H. Týden číslo 26, 22/6/15 – Parazit, náš kamarád (Julius Lukeš) Týdeník Dotyk 4/6/15 – Čeští vědci rozkrývají tajemství planktonu (Julius Lukeš, Aleš Horák, Olga Flegontova) iDNES.cz 26/3/2015 – Vakcína z jihu Čech ochrání dobytek před chorobami přenášenými klíšťaty (Ondřej Hajdušek) ČT 24, Události v regionech 26/3/2015 – Vědci vyvíjejí univerzální vakcínu proti klíšťatům (Libor Grubhoffer) Prima ZOOM: Návrat divokých koní do České republiky (Miloslav Jirků) ČT Hyde Park 21/2/2015 – Hyde Park Civilizace s Juliem Lukešem (Julius Lukeš) ČT Události 21/2/ Lék na spavou nemoc (Zdeněk Paris, Eva Horáková, Julius Lukeš) EGI Case Studies 1/1/2015 – Scientists Use Grid Computing To Trace The Tapeworms Infecting Northern African Fish Back To Europe. Page 22 (Jan Štefka) Some additional good stuff J. Erhart, H. Pecková – děkovné listy od předsedy AV ČR J. Drahoše M. Palus – cena Československé společnosti mikrobiologické pro nejlepšího mladého československého mikrobiologa za rok 2015 FUUP – the institute is annually saving money, this year ~2m; since we have only about ~1m annually for investments, this will be handy

General comparison of Czech research with Western Europe and USA – still not good enough… but we are doing our share now We need to double our production in order to close the gap with the best EU countries, not necessarily more papers, but higher impact and more respected = cited papers… again, our 2015 output is certainly going in that direction, let’s keep it in 2016! On top of that – CAS/AVCR has to produce at least double than the best Czech… again, our 2015 output is certainly going in that direction, let’s keep it in 2016! I’d like to thank – for myself and all the scientists and students – the staff of our institute for being friendly, patient with us and very efficient Slide from last year – apparently did stimulate… THANKS

What expects us in 2016… Moving into the new building + reshuffle in the old one Lower total budget (but not lower institutional as compared to 2015, Academy will get the same total budget from the government) 10 US students in summer JOY FROM DOING INTERESTING SCIENCE … = BIG DISCOVERIES ARE AWAITING US !!!