8. Syntéza a aplikace výsledků fylogenetických analýz molekulární vs. morfologická data ve fylogenetické analýze časté zdroje chyb kombinovaná vs. oddělená analýza klasifikace evoluční scénáře historická biogeografie

Výhody molekulárních dat velký počet znaků široké použití (rozdílné substituční rychlosti) známý genetický původ, nezávislost objektivní výběr a definice Výhody morfologických dat umožňují zahrnout více taxonů fosílie každý znak kódován jiným genem/souborem genů morfologie je stále hlavní metodou rozpoznávání organizmů

Příčiny konfliktů a chyb ve výsledcích slabá data v jedné/obou analýzách (často nedostatečný počet znaků/taxonů) chyby ve znacích chybné určení základního plánu vyšších taxonů znaky nejsou homologické znaky nejsou nezávislé špatné vážení znaků sekvence nejsou informativní artefakty (kontaminace, špatná determinace, chyba v přepisu dat) porušení předpokladů metody konstrukce stromu rozdílná poloha kořene evoluce genu se liší od evoluce taxonu

Kombinovaná vs. oddělená analýza různé typy dat: morfologie/molekuly, gen1/gen2, dospělci/larvy, embryologie, chování apod.

Kombinovaná analýza simultánní analýza, total evidence filozoficky lepší přístup, maximalizuje sílu vysvětlení často je výsledný strom lépe rozlišen

Oddělené analýzy data rozdílná svou podstatou by měla být analyzována zvlášť, nezávisle lze použít rozdílné algoritmy lepší v případě velmi rozdílného obsahu homoplázie (informace/šum) počtu znaků rozdílné taxony (superstrom, supertree) testy nesouladu mezi dvěma datovými soubory: incongruence length difference (ILD, Farris et al. 1995), Templetonův test, atd.

Výhody klasifikace založené na fylogenezi informativnost schopnost predikce stabilita objektivita (opakovatelnost) přirozenost

Způsoby vyjádření hierarchie Linnéovský systém kategorií číselný systém odsazení (indentace) fylokód (http://www.ohiou.edu/phylocode/)

Převod fylogeneze do systému formálně klasifikujeme jen monofyletické skupiny každá klasifikace musí logicky souhlasit s hypotézou o fylogenezi, kterou zastáváme klasifikace by měla odrážet sesterské vztahy mezi taxony Doporučení Linnéovský systém kategorií pokud možno minimálně měnit existující klasifikaci postupně se odvětvujícím skupinám lze konvenčně přiřadit stejnou kategorii monofyletické taxony s nejistou příbuzností zařadit jako incertae sedis na úroveň hierarchie, do které jistě patří

Logický soulad klasifikace s fylogenezí Goodeinae Crenichthys Empetrichthys čeleď Goodeidae podčeleď Epetrichthyinae rod Empetrichthys rod Crenichthys podčeleď Goodeinae (mnoho rodů) klasifikace je v logickém souladu s hypotézou o fylogenezi Crenichthys Goodeinae Empetrichthys

Logický nesoulad klasifikace s fylogenezí Aus Bus Cus čeleď Cidae podčeleď Ainae rod Aus rod Bus podčeleď Cinae rod Cus klasifikace není v logickém souladu s hypotézou o fylogenezi Cus Bus Aus

Lissamphibia Mammalia Chelonia Lepidosauria Crocodylia Aves Tetrapoda Amniota Mammalia Reptilia Chelonia Sauria Lepidosauria Archosauria Crocodylia Aves Lissamphibia Mammalia Chelonia Lepidosauria Crocodylia Aves

Testování evolučních scénářů

Testování evolučních scénářů

Historická biogeografie a studium koevoluce srovnává historii skupiny s historií geografických oblastí nebo historií jiné skupiny organizmů (parazité-hostitelé) taxon se dnes vyskytuje v určité oblasti / na určitém hostiteli, protože se: a) vyvinul z předka, který v oblasti / na hostiteli žil (historie taxonu a oblasti/hostitelské skupiny jsou v souladu) b) vyvinul jinde, ale do oblasti se dodatečně rozšířil / kolonizoval nového hostitele (historie obou skupin do detailu nesouhlasí)

Kladistická biogeografie oblasti rozšíření taxonů se v čase rozdělují – vikariance vstupní data: - taxony - oblasti endemismu postup: 1) kladogram taxonů 2) taxon-area cladogram

3) vyřešení general area cladogram AUS NG SA AF 3) vyřešení general area cladogram 4 teor. způsoby lišící se přístupem k široce rozšířeným taxonům a oblastem, kde taxon chybí Brooks Parsimony Analysis (BPA) Assumption 0 Assumption 1 Assumption 2 BPA

Koevoluce parazitů a hostitelů srovnáváme fylogenezi dvou skupin organizmů kospeciace vs. přesun na jiného hostitele