Počítačová chemie: reakce zblízka T-report podzim 2012 Kamila Machová
Místo T-exkurze, ten plánek by se mi docela hodil…
Ještě momentka z exkurze…
Čím jsme se zabývali Aby proběhla chemická reakce, musíme dodat určitou energii, přestože produkty mohou mít nižší energii než reaktanty Tato energie se nazývá aktivační energie a bod s nejvyšší energií se nazývá tranzitní stav
Jak se to dělá v praxi V programu Avogadro si navrhneme dva reaktanty a vzniklý produkt a strukturu Pozn.: reakce je jiná, než se kterou jsme pracovali, ale k této jsem na rozdíl od ní mohla sehnat obrázky, které doma udělat nemohu
V programu Gaussian optimalizujeme geometrii a provedeme vibrační analýzu, která nám umožňuje odlišit optimální strukturu od tranzitního stavu… … a mimo jiné pak můžeme v avogadru sledovat, jak atomy v molekule kmitají
Vybereme vazby, které při reakci nově vznikají
Vazby natahujeme a v jednom místě doje k jejich přerušení Toto místo je odhadem tranzitního stavu reakce (Na posledním obrázku už vazba neexistuje, je tam jen „nakreslená“)
Víc jsme toho bohužel nestihli, ale další postup nám byl zrychleně ukázán. Tímto způsobem můžete namodelovat i složité aktivní centrum enzymů a sledovat reakce, což jsme viděli ve 3D promítání Zjednodušeně fungují enzymy takto: glyoxaláza 3D brýle a molekula
Od exkurze jsem se chtěla hlavně dovědět jak se zkoumají biomolekuly, hlavně enzymy, které mě zajímají a co se dá počítavě namodelovat. Pro naše instruktory musím dodat: Práce se mi moc líbila a viděla jsem počítač.
Zdroje (hlavně obrázků) http://www.youtube.com/watch?v=xO74wnghdfg&list=PL361EBB3FDA11AC6E http://www.youtube.com/watch?v=Ne0BQA72Xt4&list=PL361EBB3FDA11AC6E http://www.jcmm.cz/fotogalerie/t-exkurze-podzim-2012-59.html http://www.jcmm.cz/data/Texkurze/pocchemie/4-lekce2.pdf http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1471492204002491 http://en.wikipedia.org/wiki/Enzyme