© Institut biostatistiky a analýz ÚVOD DO MATEMATICKÉ BIOLOGIE I. setkání t ř etí prof. Ing. Jiří Holčík, CSc. UKB, pav.A29, RECETOX, dv.č.112

Slides:



Advertisements
Podobné prezentace
ÚVOD DO EKOLOGIE 1. lekce.
Advertisements

METODY A TECHNIKY VÝZKUMU
Nikola Malá, 3.A Gymnázium U Balvanu březen 2013
Socioekonomická geografie
Moje budoucnost. Založena v roce Vlastní moderní vybavení. Přátelské prostředí. Individuální, partnerský a komunikativní přístup k žákům a studentům.
Koncepce rozvoje a řízení vědy a výzkumu
Teoretická výpočetní chemie
Praktikum základů genomiky, zima 2007 Základy genomiky I. Úvod do bioinformatiky Jan Hejátko Masarykova univerzita, Laboratoř funkční genomiky a proteomiky.
Obecná biologie.
Metody zkoumání ekonomických jevů
FYZIKA VÝZNAM FYZIKY METODY FYZIKY.
Mgr. Alena Lukáčová, Ph.D., Dr. Ján Šugár, CSc.
Střední průmyslová škola strojnická Olomouc, tř. 17. listopadu 49 Výukový materiál zpracovaný v rámci projektu „Učíme moderně“ Registrační číslo projektu:
Bioinformatický a chemoinformatický výzkum v Loschmidtových laboratořích Loschmidtovy laboratoře, Ústav experimentální biologie, Výzkumné centrum toxických.
BIOCEV Biotechnologické a biomedicínské centrum Akademie věd a Univerzity Karlovy.
Text: Reprodukce nálevníků Metody získávání vědeckých poznatků
Institut environmentálního inženýrství 546
Populační genetika je teoretickým základem šlechtění hospodářských zvířat; umožňuje sledování frekvencí genů a genotypů a tím i cílevědomé řízení změn.
Diagnostika inteligence u jedinců s mentálním postižením
1.ročník šk.r – 2012 Obecná biologie
Biologie.
Systémy pro podporu managementu 2 Inteligentní systémy pro podporu rozhodování 1 (DSS a znalostní systémy)
ŽIVOTNÍ PROSTŘEDÍ A PRÁVO
Maturita 2008? Společná část Profilová část.
Management jakosti jako úhelný kámen provozu klinické laboratoře
Biologické vědy.
Úvod do ekologie.
- zabývají se studiem živých soustav
Rozhodovací proces, podpory rozhodovacích procesů
Bi1BP_ZNP2 Živá a neživá příroda II Biologické vědy
B i o c y b e r n e t i c s G r o u p Nový obor - počítače v medicíně a biologii  Proč je management informací ústřední otázkou v biomedicínském výzkumu.
Reaktorová fyzika I pro 3. ročník zaměření TTJR, JEŽP a JZ
Katedra počítačů ČVUT FEL
Výpočetní technika při výuce fyziky Jiří Tesař. VT – při výuce VT nedílná součást každodenního života, VT musí být také součástí výuky, vybavení škol.
CW – 05 TEORIE ROZHODOVACÍCH PROCESŮ Ústav technologie, mechanizace a řízení staveb Fakulta stavební VUT v Brně Ing. Václav Rada, CSc. Leden 2009.
Biologická technika – část Zoologická technika Historický vývoj biologických metod : (Linné, Lamarck, Darwin, Wallace, van Leeuwenhoek – s.m., v 2.pol.17.
2014 Výukový materiál GE Tvůrce: Mgr. Šárka Vopěnková Projekt: S anglickým jazykem do dalších předmětů Registrační číslo: CZ.1.07/1.1.36/
Doktorské studium na AF
Úvod do psychologie
Elektrotechnická fakulta ČVUT KATEDRA KYBERNETIKY Vedoucí prof. Ing. Vladimír Mařík, DrSc. KATEDRA KYBERNETIKY ELEKTROTECHNICKÁ.
B i o c y b e r n e t i c s G r o u p Úvod do biomedicínské informatiky Lenka Lhotska Gerstnerova laboratoř, katedra kybernetiky ČVUT FEL Praha
Elektrotechnická fakulta ČVUT KATEDRA KYBERNETIKY Vedoucí prof. Ing. Vladimír Mařík, DrSc. KATEDRA KYBERNETIKY ELEKTROTECHNICKÁ.
BIOKYBERNETIKA Organizace výuky BIO/LS Kontakty Ing. Lucie Houdová, Ph.D. – přednášející, cvičící Místnost: UN526 Konzultační.
1 Masarykova univerzita - partner pro spolupráci s aplikační sférou Eva Janouškovcová Jan Alán, Jan Brulík Centrum pro transfer technologií MU 6. března.
Střední škola a Vyšší odborná škola cestovního ruchu, Senovážné náměstí 12, České Budějovice Č ÍSLO PROJEKTU CZ.1.07/1.5.00/ Č ÍSLO MATERIÁLU.
Číslo projektuCZ.1.07/1.5.00/ Název školyGymnázium, Soběslav, Dr. Edvarda Beneše 449/II Kód materiáluVY_32_INOVACE_32_15 Název materiáluObsah, rozdělení.
Biotechnologie, technologie budoucnosti Aleš Eichmeier.
Neboli BUNĚČNÁ BIOLOGIE CYTOLOGIE. Čím se zabývá cytologie? Druhy, tvar a velikost buněk = morfologie Vnitřní stavba, druhy organel = anatomie Pochody.
Název SŠ: SŠ-COPT Uherský Brod Autoři: Ing. Hana Ježková Název prezentace (DUMu): 1. Charakteristika a historie ekologie Název sady: Základy ekologie pro.
© Institut biostatistiky a analýz ÚVOD DO MATEMATICKÉ BIOLOGIE I. prof. Ing. Jiří Holčík, CSc. UKB, pav. A29, RECETOX, dv.č.112
Vypracovala: Alena Šarmanová Předmět: Říční inženýrství a morfologie
Financováno z ESF a státního rozpočtu ČR.
Fakulta jaderná a fyzikálně inženýrská ČVUT Nabízíme nové studijní zaměření Fyzika a technika termojaderné fúze Nové studijní zaměření, které FJFI ČVUT.
ÚVOD DO MATEMATICKÉ BIOLOGIE I. setkání druhé
Projekt - K620 Řízení a modelování silniční dopravy
Vědní obory zabývající se informacemi
Rozdělení biologických věd
Environmentální toxikologie (KBB/ENVTX)
Název materiálu: VY_32_INOVACE_04_BUŇKA 1_P1-2
Číslo projektu CZ.1.07/1.5.00/ Číslo materiálu
Název prezentace (DUMu): Vlastnosti živých soustav
Ing. Milan Houška KOSA PEF ČZU v Praze
Ekologie.
Zaměření a funkce sociálního lékařství (SL)
ÚVOD DO MATEMATICKÉ BIOLOGIE I. setkání druhé
ÚVOD DO MATEMATICKÉ BIOLOGIE I.
Úvod do psychologie II. přednáška
Statistika a výpočetní technika

MARKETING Přednáška P
Transkript prezentace:

© Institut biostatistiky a analýz ÚVOD DO MATEMATICKÉ BIOLOGIE I. setkání t ř etí prof. Ing. Jiří Holčík, CSc. UKB, pav.A29, RECETOX, dv.č.112

© Institut biostatistiky a analýz POJ Ď ME SI HRÁT SE SLOVY MATEMATIKABIOLOGIE INFORMATIKAMEDICÍNA ? BIOMEDICÍNA ? ? MATEMATICKÁ BIOLOGIE = TEORETICKÁ BIOLOGIE ? INFORMATICKÁ BIOLOGIE ? VÝPOČETNÍ BIOLOGIE BIOMETRIE = BIOSTATISTIKA BIOLOGICKÁ MATEMATIKA = BIOMATEMATIKA BIOLOGICKÁ INFORMATIKA = BIOINFORMATIKA BIOMEDICÍNSKÁ INFORMATIKA

© Institut biostatistiky a analýz MATEMATICKÁ BIOLOGIE (TEORETICKÁ BIOLOGIE)  úloha biologa? zkoumání života - jeho existence, forem, projevů, vztahů, …  biologie jako popisná věda, kvalita  úloha teoretického biologa? nějaká teorie, resp. myšlenka vysvětlující výše uvedené, nikoliv jen získávání výsledků pozorování, resp. experimentů, i když z nich nepochybně vychází; z dostupných dat vyvozuje neznámé vztahy, dostupnými prostředky (matematika, logika, výpočetní technika,…) se je snaží kvantifikovat a vytváří hypotézy (predikce) pro další experimenty  biologie jako „skutečná“ věda, která experimenty ověřuje teorii, kvantita

© Institut biostatistiky a analýz HTA  HITA HEALTH (INTERVENTION &) TECHNOLOGY ASSESSMENT metody systematického hodnocení vlastností a vlivů zdravotnické technologie, řešení skutečných a možných problémů použití této technologie, stejně jako jejích nepřímých a neočekávaných vlivů s cílem informovat odpovědné pracovníky rozhodující o použití zdravotnické technologie

© Institut biostatistiky a analýz MATEMATICKÁ BIOLOGIE (TEORETICKÁ BIOLOGIE)  úloha matematika? analýza matematických nástrojů (metod, postupů) s cílem dosáhnout pokroku v matematice  úloha matematického biologa? omezena především na matematickou pomoc biologii a na srozumitelnou interpretaci dosažených výsledků

© Institut biostatistiky a analýz

KDO JE MATEMATICKÝ BIOLOG?  odborník s komplexním vzděláním v oblasti matematiky, analýzy dat a informatiky, ale zároveň i biologie (a biomedicínských) oborů;  odborník s invenčním myšlením;  člověk schopný analýzy a syntézy poznatků z různých oborů.

© Institut biostatistiky a analýz UPLATN Ě NÍ MATEMATICKÝCH (TEORETICKÝCH) BIOLOG Ů (podle údajů poskytnutých členy americké Society for Mathematical Biology) oblastprocenta vysoké školy a výzkumné instituce biologické vědy a výzkum 51 medicína 22 technika 8 zemědělství 3 tělesná výchova a sport 1 umění 1 státní a privátní laboratoře6 nemocnice4 privátní business3 musea1

© Institut biostatistiky a analýz UPLATN Ě NÍ MATEMATICKÝCH (TEORETICKÝCH) BIOLOG Ů (absolventi oboru Matematická biologie PřF MU) oblast vysoké školy a výzkumné instituce IBA MU, RECETOX PřF, AV ČR (Biofyzikální ústav, CzechGlobe,…), LF MU, … nemocnice privátní business (analytické firmy – např. ADDS s.r.o. Brno, farmaceutické firmy, …) státní správa (např. IZIS MZd ČR, odbory ochrany životního prostředí, …) střední školy musea finanční instituce

© Institut biostatistiky a analýz MATEMATICKÁ BIOLOGIE SM Ě RY STUDIA  zpracování, analýza a modelování klinických, fyziologických a epidemiologických dat;  zpracování a analýza biologických, genomických a proteomických dat;  zpracování, analýza a modelování environmentálních dat.

© Institut biostatistiky a analýz JAK SE OVLIVNILY?  MATEMATICKÁ BIOLOGIE (TEORETICKÁ BIOLOGIE) MATEMATIKA  BIOLOGIEBIOMATEMATIKA BIOLOGIE  MATEMATIKA

© Institut biostatistiky a analýz  MATEMATICKÁ BIOLOGIE BUNĚČNÁ A MOLEKULÁRNÍ BIOLOGIE co se společně stalo:  struktura DNA  makromolekulární sekvence  genetické mapování  buněčná motilita  strukturální biologie co by se mohlo společně stát – největší možné výzvy:  strukturální analýza makromolekul  simulace molekulární dynamiky  návrh léčiv  strukturální analýza nukleových kyselin  strukturální analýza buněk

© Institut biostatistiky a analýz  MATEMATICKÁ BIOLOGIE BIOLOGIE ORGANISMŮ složité hierarchické biologické systémy (fyziologie)  neurovědy  imunologie  genomické regulační sítě  vývojová biologie  morfogeneze dynamické aspekty vztahů mezi strukturou a funkcí

© Institut biostatistiky a analýz  MATEMATICKÁ BIOLOGIE EKOLOGIE A EVOLUČNÍ BIOLOGIE co se společně stalo:  syntéza populační genetiky a evoluční biologie  autekologie (vztah jedince, resp. určitého druhu k prostředí)  populační biologie  epidemiologie (infekčních nemocí)  komunitní procesy a procesy v ekologii co by se mohlo společně stát – největší možné výzvy:  globální změny  molekulární evoluce  problémy měřítka

© Institut biostatistiky a analýz BUN ĚČ NÁ A MOLEKULÁRNÍ BIOLOGIE STRUKTURA DNA  šroubovice  jak se mění tvar DNA vlivem různých externích vlivů (deformací) topologie (– diferenciální geometrie – diferenciální počet) definuje a kvantifikuje vlastnosti prostoru, které jsou invariantní vůči změnám (vnějším deformacím)  kruhová struktura DNA (otevřená, uzavřená)  analýza enzymů, které mění topologii DNA řetězců  kvantitativní analýza vazby proteinů a malých ligandů na DNA  nadšroubovicové vinutí, atd. …

© Institut biostatistiky a analýz BUN ĚČ NÁ A MOLEKULÁRNÍ BIOLOGIE MAKROMOLEKULÁRNÍ SEKVENCE  GenBank – databáze známých DNA sekvencí (řádově 10 8 bází)  Protein Identification Resource (PIR) – databáze proteinových sekvencí Při řádově kb/sekvence je výpočetní pracnost ~ hledání vazeb mezi novými DNA sekvencemi a těmi v databázích nové algoritmy prohledávání databází - dynamické programování otázky odhadu spolehlivosti, resp. významnosti srovnávání

© Institut biostatistiky a analýz BUN ĚČ NÁ A MOLEKULÁRNÍ BIOLOGIE GENETICKÉ MAPOVÁNÍ  průchod „genetických markerů“ (geny spojené např. s genetickými chorobami) v „rodinných“ rodokmenech vyhledávání sekvencí, stanovování tzv. „pravděpodobnostní“ vzdálenosti, tj. pravděpodobnosti výskytu markeru v různých následných pokoleních kombinatorika, teorie grafů, statistika, …

© Institut biostatistiky a analýz BUN ĚČ NÁ A MOLEKULÁRNÍ BIOLOGIE BUNĚČNÁ MOTILITA  princip pohybu pomocí bičíku  pohyb bakterií v chemických gradientech  analýza forem pohybu  počítání buněk (molekul) v jejich prostředí  analýza obrazů  makroskopické chování buněčných populací ve vztahu k mikroskopickému chování jednotlivých buněk

© Institut biostatistiky a analýz BUN ĚČ NÁ A MOLEKULÁRNÍ BIOLOGIE STRUKTURÁLNÍ BIOLOGIE v oblasti buněčné a molekulární biologie asi největší vliv matematiky spolu s fyzikou stanovení struktury důležitých makromolekul, jejich uspořádání do speciálních částic a organel, případně různých vyšších hierarchických úrovní organizace  röntgenovská krystalografie NMR spektroskopie přínos matematiky:  výpočetní algoritmy pro zpracování velkého množství informace o lokálních vlastnostech originálních obrazových dat  analytické metody pro určení struktury  počítačová grafika

© Institut biostatistiky a analýz BUN ĚČ NÁ A MOLEKULÁRNÍ BIOLOGIE VÝZVY STRUKTURÁLNÍ ANALÝZA MAKROMOLEKUL potřeba posunu v oblasti molekulární geometrie a následné vizualizace struktury  analýza mechanismů skládání krystalických a hydratovaných proteinů  řádkovací tunelová mikroskopie  mikroskopie atomárních sil  elektronová mikroskopická tomografie

© Institut biostatistiky a analýz  MATEMATICKÁ BIOLOGIE BUNĚČNÁ A MOLEKULÁRNÍ BIOLOGIE co se společně stalo:  struktura DNA  makromolekulární sekvence  genetické mapování  buněčná motilita  strukturální biologie co by se mohlo společně stát – největší možné výzvy:  strukturální analýza makromolekul  simulace molekulární dynamiky  návrh léčiv  strukturální analýza nukleových kyselin  strukturální analýza buněk

© Institut biostatistiky a analýz BIOLOGIE ORGANISM Ů zabývá se všemi biologickými aspekty jednotlivých živočichů a rostlin, včetně fyziologie, morfologie, vývoje a chování spojuje jak mikro, tak makro biologii

© Institut biostatistiky a analýz BIOLOGIE ORGANISM Ů zabývá se všemi biologickými aspekty jednotlivých živočichů a rostlin, včetně fyziologie, morfologie, vývoje a chování spojuje jak mikro, tak makro biologii

© Institut biostatistiky a analýz BIOLOGIE ORGANISM Ů zabývá se všemi biologickými aspekty jednotlivých živočichů a rostlin, včetně fyziologie, morfologie, vývoje a chování spojuje jak mikro, tak makro biologiiMORFOGENEZE

© Institut biostatistiky a analýz P Ř ÍB Ě H MORFOGENESE

© Institut biostatistiky a analýz P Ř ÍB Ě H MORFOGENESE

© Institut biostatistiky a analýz P Ř ÍB Ě H MORFOGENESE  30. XII.1865, Bombaj, Indie  18. I. 1936, Londýn, U.K.

© Institut biostatistiky a analýz P Ř ÍB Ě H MORFOGENESE  30. XII.1865, Bombaj, Indie  18. I. 1936, Londýn, U.K Nobelova cena

© Institut biostatistiky a analýz P Ř ÍB Ě H MORFOGENESE  30. XII.1865, Bombaj, Indie  18. I. 1936, Londýn, U.K Nobelova cena za literaturu

© Institut biostatistiky a analýz P Ř ÍB Ě H MORFOGENESE  30. XII.1865, Bombaj, Indie  18. I. 1936, Londýn, U.K Nobelova cena za literaturu Joseph Rudyard Kipling

© Institut biostatistiky a analýz RUDYARD KIPLING

© Institut biostatistiky a analýz RUDYARD KIPLING

© Institut biostatistiky a analýz HOW THE LEOPARD GETS ITS SPOTS

© Institut biostatistiky a analýz HOW THE LEOPARD GETS ITS SPOTS

© Institut biostatistiky a analýz P Ř ÍB Ě H MORFOGENESE

© Institut biostatistiky a analýz P Ř ÍB Ě H MORFOGENESE  23. VI.1912, Londýn, U.K.  7. VI. 1954, Wilmslow, Cheshire, U.K.

© Institut biostatistiky a analýz P Ř ÍB Ě H MORFOGENESE  23. VI.1912, Londýn, U.K.  7. VI. 1954, Wilmslow, Cheshire, U.K. Alan Mathison Turing OBE, FRS

© Institut biostatistiky a analýz P Ř ÍB Ě H MORFOGENESE  23. VI.1912, Londýn, U.K.  7. VI. 1954, Wilmslow, Cheshire, U.K Officer of the Most Excellent Order of the British Empire 1951 zvolen FRS - Non-linear theory of biological growth Alan Mathison Turing OBE, FRS

© Institut biostatistiky a analýz P Ř ÍB Ě H MORFOGENESE  30. XII.1865, Bombaj, Indie  18. I. 1936, Londýn, U.K Nobelova cena za literaturu Joseph Rudyard KiplingAlan Mathison Turing OBE, FRS  23. VI.1912, Londýn, U.K.  7. VI. 1954, Wilmslow, Cheshire, U.K Officer of the Most Excellent Order of the British Empire 1951 zvolen FRS - Non-linear theory of biological growth James Dickson Murray FRS (Edinburg), Acad.Sci. (Paris)  2. I. 1931, Moffat, Skotsko, U.K Fellow of the Royal Society (Edinburg) 2000 zahraniční člen francouzské Akademie věd

© Institut biostatistiky a analýz JAMES D. MURRAY

© Institut biostatistiky a analýz JAMES D. MURRAY  _VyU _VyU  oOVRY oOVRY

© Institut biostatistiky a analýz ZA MĚSÍC NA SHLEDANOU