0,20,40,60,80 nerovnoměrnost v používání kodónů (  2 ) index využití preferovaných kodónů (CAI) 0 10 20 30 40 3,84 7,82.

Prezentace na téma: "0,20,40,60,80 nerovnoměrnost v používání kodónů (  2 ) index využití preferovaných kodónů (CAI) 0 10 20 30 40 3,84 7,82."— Transkript prezentace:

1 0,20,40,60,80 nerovnoměrnost v používání kodónů (  2 ) index využití preferovaných kodónů (CAI) 0 10 20 30 40 3,84 7,82

2 substitucí na bázi za 10 9 let 1 0 2 3 4 přiléhající 5’ oblastnepřekládaná 5’ oblast nedegenerované pozice dvakrát degenerované pozice čtyřikrát degenerované pozice introny netranslatovaná 3’ oblast přiléhající 3’ oblast pseudogeny genypseudogeny

3 0 0,2 0,4 0,6 0,8 substituce/nukleotid interleukin-6interleukin-2prolaktininterleukin-1  thrombomodulinlaktoferininterleukin 1  IGF vázající proteinaktivátor plasminogen urokinásyalbuminsomatotropininterleukin -7alkalická fosfatáza střevníkortikotropin uvolňující faktorreceptor somatotropinufibrinogen  IGF vázající protein 3inhibitor aktivátoru plasminogenuterminální transferázareceptor TGF  3  -1,4-galatosyl transferázaneurofysin IIneurofysin Iinsulinu podobný růstový faktor 2kyselá fosfatáza typu 5ŕeceptor luteinizačního hormónuproopiomelanokortinalkalická fosfatáza jaterníTGF  1neuroleukin  receptor acetylcholinu cytosolická aspartát aminotransferáza hexokináza Iornitin dekarboxylázaopsinprotein disulfid osomerázaTGF  3laktát dehydrogenáza A aspartát aminotransferáza mitochondriální  receptor acetylcholinuinsulinu podobný růstový faktor 1D2 receptor dopaminutransporter glukozyTGF  2ATP synthetáza  myelin proteolipidkonexinATP synthetáza  karboxypeptidáza

4 místo vázající antigen 0 2020 6060 80 100100 40 0 nukleotidové záměny (  100) D2 doména DPB vs DPBDPB vs DQBDPB vs DRB DQB vs DQB DQB vs DRB DRB vs DRBDPB vs DPBDPB vs DQBDPB vs DRB DQB vs DQB DQB vs DRB DRB vs DRB

5 stáří paleontologické (milionů let) stáří molekulární (milionů let) 0 100 300 400 600 200 0100200300400500600 500 pavián kráva (kalibrační bod) kunovec (vačnatec) kuřealigátor skokan kapr žralok

6 CBA T2T2 T1T1

7 0,20,40,60,80 0,2 0,4 0,6 0,8 1,0 synonymní substituce nesynonymní substituce interleukin 6 IGF vázající protein 1 myelin proteolipid protein trombomodulin

8 possumslepeckřečekmyšmorčeslonkůňpespraselamasrneckrávaovcekrálíklorimakakčlověkkrysa (16) 0 0 0 71 1 5 2 5 17 1 0 0 1 0 0 2 0 0 0 2 2 12 1 4 1 1 21 4 50 100 150 200 čas (mil. let) a) somatotropin

9 possummyšslonkůňkočkaprasevelbloudkrávaovcekrálíkmakakčlověkkrysa (13) 0 0 0 33 1 3 8 5 37 3 1 0 0 0 38 2 8 51 59 14 22 8 21 50 100 150 200 3 křeček b) prolaktin čas (mil. let)

10 x 1 (0,613) x 2 (0,192) x 3 (0,121) člověk krysa slepice

11 5000100001500020000 0 0,0005 0,0010 0,0015 0,002 velikost populace substituční rychlost

12 očekávaný index heterozygotnosti 0,2 1,0 0 0,2 0,6 0,8 1,0 0,4 0,80,60,40 skutečný index heterozygotnosti

13 0,010,1110100100010000100000 tělesná hmotnost (kg) divergence sekvencí (%/milion let) 0,1 1 10 medvědi koně psi hlodavci primati husy velryby žáby mloci želvy pstruzi mořské želvy žraloci

14 doba od okamžiku divergence (mil. let) 5 25 0 2020 6060 80 100100 40 2015100 nukleotidové záměny

15 využítí kodónu (%) 0 20 40 60 80 100 silně exprimované geny CUG 0 20 40 60 80 100 silně exprimované geny CUACUCUUGUUA CUUCUG 0 20 40 60 80 100 slabě exprimované geny CUACUCUUGUUA CUUCUG 0 20 40 60 80 100 slabě exprimované geny CUG a) Escherichia colib) Saccharomyces cerevisiae využítí kodónu (%)

16 substituční rychlost 0 0,05 0,15 0,20 0,10 0,25 0,30 nesynonymní (Kn)synonymní (Ks)Kn/Ks

17 A 0 B 3 5 4 7 14 18 17 10 12 9 11 13 2 6 8 20 1 19 16 15