Poznámky identifikaci SNP

Prezentace na téma: "Poznámky identifikaci SNP"— Transkript prezentace:

1 Poznámky identifikaci SNP
1) Pomocí rs čísla – nejspolehlivější vyhledat rs číslo pro daný SNP (pubmed), nejlépe dvě nezávislé práce, př. MCP – rs 2) Pomocí sekvencí používaných k detekci SNP- BLAST (PCR-SSP, TAQMAN, PCR-RFLP, sekvenování) - nejlépe dvě nezávislé práce 3) Pomocí pozice – krajně nespolehlivé – „detektivní práce“ - místo, od kterého se počítá (př. MCP-2518/-2578) - staré chybové sekvence

2 Poznámky k označení SNP
MCP A/G ? MCP T/C ? Pravidlo ?: Je-li orientace genu souhlasná s orientací vlákna referenční sekvence (NT), zachováme označení nukleotidu v referenční sekvenci Je-li orientace genu „zpětná“ (komplementární) k orientaci vlákna ref. sekvence, použijeme označení komplementární k referenční sekvenci Pozor: alela (nukleotid) vzácnější v naší populaci může být uveden jako referenční v NT sekvenci

3

4

5

6

7

8

9

10

11

12 Poznámky k návrhu primerů
Navrhujeme podle referenční (NT) sekvence Ruční návrh – bází (C/G +4, A/T ) Vector software Produkt nejlépe bp Produkt může obsahovat jiné SNPs uvnitř, ne však v oblasti primerů Primery pro genotypizaci SSP a sekvenaci – do ref. databáze Ověření BLAST – unikátní kombinace primerů !!! (hledáme, zda není více cílů také v NT sekvenci)

13 PCR-SSP – příklad detekce SNP MCP-1-2518 A/G
Primer 1 specifický: 5´gTgggAggCAgACAgCTA Primer 2 specifický: 5´gTgggAggCAgACAgCTg Primer 3 konstantní: 5´TgAgTgTTCACATAggCTTC A G A G A G kontrolní produkt specifický produkt A,A A,G G,G homozygot heterozygot homozygot