Prezentace se nahrává, počkejte prosím

Prezentace se nahrává, počkejte prosím

Vývoj vizualizačního nástroje pro metadynamické simulace Metadyn view 11.11.2014 Seminář ústavu biochemie a mikrobiologie Petr Hošek, Vojtěch Spiwok Ústav.

Podobné prezentace


Prezentace na téma: "Vývoj vizualizačního nástroje pro metadynamické simulace Metadyn view 11.11.2014 Seminář ústavu biochemie a mikrobiologie Petr Hošek, Vojtěch Spiwok Ústav."— Transkript prezentace:

1 Vývoj vizualizačního nástroje pro metadynamické simulace Metadyn view Seminář ústavu biochemie a mikrobiologie Petr Hošek, Vojtěch Spiwok Ústav biochemie a mikrobiologie, Vysoká škola chemicko-technologická v Praze, Technická 3, Praha 6, , Česká republika,

2 Sbalování proteinu 2 >tr|Q56G89|Q56G89_HUMAN Serum albumin OS=Homo sapiens PE=2 SV=1 MKWVTFISLLFLFSSAYSRGVFRRDAHK SEVAHRFKDLGEENFKALVLIAFAQYLQQ CPFEDHVKLVNEVTEFAKTCVADESAEN CDKSLHTLFGDKLCTVATLRETYGEMAD CCAKQEPERNECFLQHKDDNPNLPRLV RPEVDVMCTAFHDNEETFLKKYLYEIAR RHPYFYAPELLFFAKRYKAAFTECCQAA DKAACLLPKLDELRDEGKASSAKQGLKC ASLQKFGERAFKAWAV…. Náhodné skládání – moc moc dlouho (Levinthalův paradox) Skládání v buňce – ~10 ms (pro 100AMK protein) Skládání v počítači – 7,5 let na PC (10ms, 100amk, implicitní solvent) Problém s překonáváním energetických bariér

3 Metoda s vylepšeným vzorkováním Snadnější překonávání energetických bariér Přidává umělý potenciál => zmapování plochy volné energie (v prostoru kolektivních souřadnic) 3 Metadynamika

4 K čemu potřebujeme plochu volné energie? Pravděpodobnosti stavů Reakční koordináta Termodynamika + Kinetika reakce 4 Metadynamika

5 Vizualizace Metadynamiky 5 Moc náročné!

6 Vizualizace Metadynamiky

7 Webový nástroj Javascript HTML5 WebGL – výpočty na grafické kartě Typované pole rychlejší než běžné JS pole Metadyn view 7

8 Kompatibilita: WebGL kompatibilita není podmínkou Manuskript ve výrobě Metadyn view 8

9 Díky za pozornost Můj školitel – Vojtěch Spiwok Poděkování 9


Stáhnout ppt "Vývoj vizualizačního nástroje pro metadynamické simulace Metadyn view 11.11.2014 Seminář ústavu biochemie a mikrobiologie Petr Hošek, Vojtěch Spiwok Ústav."

Podobné prezentace


Reklamy Google