Co studentům nabízí Ústav ZF - Mendeleum

Prezentace na téma: "Co studentům nabízí Ústav ZF - Mendeleum"— Transkript prezentace:

1 Co studentům nabízí Ústav ZF - Mendeleum
Kolektiv pracovníků Mendelea

2 Laboratoř MOLEKULÁRNÍ GENETIKY
Laboratoř IN VITRO TECHNICKÝ IZOLÁT Laboratoř APLIKOVANÉ VIROLOGIE

3 Laboratoř MOLEKULÁRNÍ GENETIKY
Termockler pro Real Time - PCR termocyklery Kalibrační křivka pro kvantifikaci neznámé DNA

4 Genetický analyzátor - Transkripční profil - Sekvenace

5 Identifikace odrůd a klonů na základě jejich DNA profilů
Termocyklery, Florometr Mikropipety Analyzátor suspenzí (buňky, zákaly – velikost, počet) Horizontální elektroforéza Identifikace odrůd a klonů na základě jejich DNA profilů Analýzy příbuznosti mezi odrůdami Studium epigenetických změn v souvislosti se stresem; studium exprese genů Identifikace a kvantifikace cílových sekvencí (GMO, viry popř. další choroby rostlin)

6 Hlubokomrazicí box -80°C
Termokomora Centrifuga Box pro práci s RNA Fastprep, Vakuová odparka

7 Ozdravování rostlin in vitro (chemoterapie, termoterapie)
Laboratoř IN VITRO Ozdravování rostlin in vitro (chemoterapie, termoterapie) Množení certifikovaných podnoží ovocných dřevin in vitro (GF 677, GF 305) Převody rostlin do nesterilních podmínek Kontakt: Ing. Břetislav Křižan Ph.D. Kalusové kultury na třepačce Váhy Profimyčka

8 Preparace meristému česneku
Česnek před odběrem meristému Regenerace rostlin z nodálních segmentů Foto B. Křižan Celkový pohled do kultivační místnosti Česnek regenerovaný z meristému

9 Regenerace GF 305-podnož broskvoní
Multiplikační médium Zakořeňovací médium Multiplikace - Aronia melanocarpa Regenerace révy vinné z kalusových kultur

10 TECHNICKÝ IZOLÁT Laboratoř APLIKOVANÉ VIROLOGIE
Účelem technického izolátu v Lednici je: Získávání a produkce certifikovaného viruprostého rozmnožovacího materiálu révy vinné a teplomilných peckovin pro prostorové izoláty v celé ČR Udržování zdravých matečných rostlin V laboratoři aplikované virologie se proto provádí testování rostlin na viry metodou ELISA

11 Pro technický izolát se provádí molekulární detekce virů a fytoplazem na révě a teplomilných peckovinách Analýza fytoplazmy metodou PCR Stolbur na révě Foto V. Holleinová Svinutka na révě Foto V. Holleinová Analýza svinutky metodou RT-PCR

12 Laboratoř ELISA Promývačka Spektrofotometr Digestoř Homogenizér
Pozitivní vzorky na mikrotitrační desce

13 Technický izolát - Lednice
Foto M. Adam a V. Holleinová

14 Seznámit se s prací v těchto laboratořích a naučit se ji můžete, když:
budete studovat navazující magisterské studium: Program: N-ZI Zahradnické inženýrství Obor: Řízení zahradnických technologií Modul: Zahradnické biotechnologie

15 Řízení zahradnických technologií
I.ročník Povinné předměty Garant Počet hodin Zimní semestr Letní semestr Zkouška Počet kreditů př. cv. RLZ Řízení lidských zdrojů Prof. Tomšík 24 2 zk 4  Šlechtění rostlin a biotechnologie Doc. Pidra  4 Jazyk 1.sem. obecný Dr. Brešová 0  Kolokvium (ročníková práce) Doc. Salaš 72 3 2  Právo a podnikání Doc. Janků Management zahradnických provozů cvičení dle modulů Jazyk 2.sem. odborný  0 Praxe odborná (4 týdny)  6 Celkem 96 168 4 7

16 MOŽNOSTI VÝBĚRU Modul zahradnických biotechnologií
Modul: jakost rostlinných potravinových zdrojů Modul: vinohradnictví a vinařství Modul zahradnických biotechnologií

17 Modul zahradnických biotechnologií 1. ročník
Povinně volitelné předměty Garant Počet hodin Zimní semestr Letní semestr Zkouška Počet kreditů př. cv. Biotechnologie odpadů Doc. Zemánek 24 2 zk 4  Molekulární genetika eukaryot Doc. Pidra, Dr. Baránek 12 1 5  Základy funkční genomiky Doc. Pidra  4 Pokročilé biometrické metody Dr. Vachůn  3 Molekulární metody ve šlechtění rostlin 36 3  5 Aplikované biotechnologie Dr. Baránek Vinařská mikrobiologie Doc. Kyseláková Bioinformatika Dr. Vachůn , Dr. Baránek Celkem 132 6 5 8

18 Udržitelný rozvoj zemědělské krajiny Doc. Salašová - Doc. Kučera 24 12
II.ročník Povinné předměty Garant Počet hodin Zimní semestr Letní semestr Zkouška Počet kreditů př. cv. Udržitelný rozvoj zemědělské krajiny Doc. Salašová - Doc. Kučera 24 12 2 1 zk 4  Obchod a logistika PEF, polovina externisté Kolokvium (ročníková práce) Doc. Salaš 36 3 2  Marketing zahradnictví a potravinářství PEF  5 Alternativní produkce v zahradnictví ZF Diplomová práce 20  Celkem 96 132 4 8

19 Modul zahradnických biotechnologií 2. ročník
Povinně volitelné předměty Garant Počet hodin Zimní semestr Letní semestr Zkouška Počet kreditů př. cv. cv Aplikované techniky in vitro v zahradnictví Prof. Hradilík, Dr. Křižan 24 48 1 2 zk 5  Symptomatologie a aplikovaná virologie Ing. Holleinová, Ing. Bláhová 3  Analytické laboratoře Dr. Balík, Ing. Kumšta  2 Metody analýzy potravin Prof. Goliáš 72 120 5 6 3

20 Molekulární genetika eukaryot
Přednášky: Základy genetiky eukaryot, regulace genové exprese, molekulární mechanizmy přenosu signálů Cvičení: - Izolace DNA z rostlinných pletiv - Izolace DNA z lidské bukální sliznice - Analýza rostlinné DNA pomocí RAPD - Analýza lidské DNA (fingerprinting pomocí standardního kitu) Ukázka RAPD profilu

21 Základy funkční genomiky
Struktura a organizace jaderného genomu - typy sekvencí a jejich uspořádání v genomu, submukroskopická struktura genomu a její souvislost s funkcí, mechanizmy změn velikosti a struktury genomu, metody studia velikosti a struktury genomu. Funkce genomu Mimojaderné genofory - struktura a funkce mitochondriového a chloroplastového genoforu, interakce jaderného a mimojaderných genomů. Variabilita a nestabilita genomu Metody studia genomu: sekvenační strategie, genové knihovny, reverzní genetika, analýzy proteomu a metabolomu Evoluce genomu; komparativní genomika prokaryot a eukaryot; souvislost makroevoluce a molekulární evoluce.

22 Pokročilé biometrické metody
Předmět navazuje na základní znalosti získané v předmětu "Biometrika" případně "Statistika" na bakalářském stupni. V rámci předmětu Pokročilé biometrické metody budou studenti seznámeni se základy pokročilých vícerozměrných metod. V předmětu se studenti seznámí s praktickou aplikací širokého spektra vícerozměrných metod (vícerozměrná regrese, shluková analýza a další) v biologických vědních disciplínách.

23 Molekulární metody ve šlechtění rostlin
Přínos molekulárních metod pro šlechtění rostlin, oblasti možných aplikací molekulárních metod, návaznost na klasické šlechtitelské programy. Cvičení: základní principy fungování PCR Real-time PCR ; základy měření výtěžku amplifikace a kvantifikace cílového templátu DNA využití DNA markerů při hodnocení genetické diverzity a identifikaci odrůd principy a rozdíly při praktických aplikacích nejčastěji používaných metod – RAPD, SSR a AFLP

24 Aplikované biotechnologie
Cílem předmětu je na teoretické úrovni představit studentům nejpoužívanější praktické aplikace biotechnologických metod spolu s výraznými novými trendy v biotechnologiích, a to i mimo obor zahradnictví. V rámci cvičení se pak posluchači prostřednictvím praktických úloh seznámí s moderními přístroji využívanými v biotechnologických laboratořích. Program cvičení: Sekvencování neznámého DNA templátu a jeho identifikace na základě porovnání získané sekvence s veřejnými databázemi (4 hod.) In silico návrhy podmínek pro PCR a Real Time PCR na vybrané úseky DNA (4 hod.) Sledování exprese vybraných genů révy vinné pomocí Real Time PCR (4 hod.).

25 Bioinformatika Vědní obor na pomezí biologie a informatiky.
Důraz je kladen na oblast databází z obecného hlediska a z hlediska molekulárně genetických databází. Využití dostupných on-line databází. analýzy získaných dat interpretaci modelových biologických procesů

26 Aplikované techniky in vitro v zahradnictví
Mikropropagace zahradnických druhů rostlin spadajících do rodů (Prunus, Pyrus, Vaccinium, Rubus, Vitis, Actinidia, Rododendron, Syringa, Allium, a dalších). Multiplikace, zakořeňování, otužování, převody do nesterilních podmínek, mikroroubování (Prunus, Vitis), afinita. Ozdravování rostlin, termoterapie (Prunus, Vitis), chemoterapie, izolace meristému (Allium), kultivace meristémů Kalusové a suspenzní kultury, iniciace kalogeneze. V rámci cvičení je plánována odborná exkurse (Itálie) na pracoviště Vivai Piante Battistini s roční produkcí více než 5 mil. rostlin ovocných druhů.

27 Symptomatologie a aplikovaná virologie
Cílem - rozšíření všeobecných znalostí ze zahradnické fytopatologie - praktické poznatky se zaměřením na symptomatiku, determinaci původců chorob a příčin poruch rostlin Praktická cvičení budou zaměřena na polní diagnostiku patogenů a diagnostiku na biologických indikátorech. Laboratorní cvičení budou orientována hlavně na detekci virů a fytoplazem pomocí imunoenzymatických metod (ELISA) a molekulárních metod (RT-PCR, Real-time RT-PCR). Posluchači budou seznámeni s technickým izolátem v Lednici a v rámci exkurze navštíví i další technické a prostorové izoláty a diagnostická pracoviště v ČR.

28 Pro studium těchto předmětů byla pro Vás na Mendeleu vybudována nová laboratoř s moderním vybavením.

29 Centrifuga, termocykler, orbitální třepačka
Učebna

30 Kultivační komora Fotokomora, Horizontální elekroforézy, Analytická váha Mikrobiologický bezpečnostní box

31 Minimální počet studentů pro otevření modulu je 6.
Cvičení bude probíhat v již zmiňované laboratoři maximálně po 12 studentech. Tento počet studentů umožňuje individuální přístup a Vám vše si vlastnoručně vyzkoušet.

32 Vaše možné budoucí uplatnění v praxi
SRS–Státní rostlinolékařská správa ÚKZÚZ–Ústřední kontrolní a zkušební ústav zemědělský Firmy uplatňující In vitro množení Šlechtitelské stanice Semenářské firmy Manažeři prodeje - vybavení a spotřebního materiálu biotechnologických laboratoří Diagnostické a analytické laboratoře Výzkumné ústavy Česká zemědělská a potravinářská inspekce Práce v oboru fytopatologie

33 a v případě zájmu Vás rádi provedeme
Děkuji za pozornost. Těšíme se na Vaše dotazy a v případě zájmu Vás rádi provedeme našimi laboratořemi.