Ligázová řetězová reakce

Slides:



Advertisements
Podobné prezentace
Výukový materiál zpracovaný v rámci projektu
Advertisements

Pátráme po mikrobech Díl IX. Průkaz nukleové kyseliny
Povrchový gykoprotein Lipidová membrána Virová (HIV) nukleová kyselina integrasa Kapsida (obal nuleové kyseliny) matrix Automatická izolace HIV(nukleové.
Detekce proteinů na preparátech Histochemie. Metody detekce – vazba cílového proteinu Imunologické; primární protilátky sekundární protilátky Imunologické;
Vyšetření parametrů buněčné imunity
Real-time PCR - princip
Metody identifikace DNA –RFLP, PCR a RAPD
PCR. Polymerase chain reaction PCR Je technika, která umožňuje v krátkém času namnožit daný kus DNA bez pomoci buněk užívá se, pokud je DNA velmi malé.
Polymorfizmy detekované speciálními metodami s vysokou rozlišovací schopností Stanovení jednonukleotidových polymorfizmů (Single Nucleotide Polymorphisms.
Darina Čejková Martina Dvořáčková Zuzana Schmidtová Zuzana Špicarová
Molekulární genetika.
Praktické cvičení č. 3 ZÁKLADY GENOVÉHO INŽENÝRSTVÍ Klonování PCR produktu do vektoru PCR®2.1-TOPO® a transformace do E. coli AMOLc Úvod do molekulární.
Molekulární biologie v oboru šlechtitelské praxe vojtech pivnicka.
SMAMII-6b Amplifikační metody.
Transkriptom.
(genové mutace, otcovství, příbuznost orgánů při transplantacích) RNA
Molekulární biotechnologie č.9
RxFISH.
Klinická cytogenetika - metody
F.I.S.H. hotovo.
MLPA MULTIPLEX LIGATION-DEPENDENT PROBE AMPLIFICATION
Radovan Horák, Romana Zaoralová, Jiří Voller
Metoda SDA strand displacement amplification
Vývoj mikrosatelitních markerů (SSR) KBO/125 Jiří Košnar, katedra botaniky PřF JU, 2012 Kurz byl financován z projektu FRVŠ 1904/2012.
PCR Polymerase Chain Reaction
DNA diagnostika II..
„AFLP, amplified fragment length polymorphism“
Hybridizace nukleových kyselin
Sacharidová složka nukleotidů
Molekulární biotechnologie Č.3. Izolace cílového fragmentu DNA (genu) Který představuje malou část genomu (0.02% u E.coli) Umožňují genové či genomové.
Serologické vyšetřovací metody
Technologické aspekty čipových technologií Boris Tichý LÉKAŘSKÁ FAKULTA MASARYKOVY UNIVERSITY Interní hematoonkologická klinika LF MU a FN Brno.
Ildikó Németh, Marek Motola, Tomáš Merta
Praktikum z genetiky rostlin JS Genetické mapování mutace lycopodioformis Arabidopsis thaliana Genetické mapování genu odolnosti k padlí.
Vítězslav Kříž, Biologický ústav LF MU
IMUNOESEJE.
Diagnostické amplifikační metody nevyužívající PCR
Sekvencování DNA stanovení pořadí nukleotidů v molekule DNA (primární struktury)
DNA diagnostika a principy základních metod molekulární biologie
Mikročipy ..
Molekulární biotechnologie č.10a Využití poznatků molekulární biotechnologie. Molekulární diagnostika.
SMAMII-8 Detekce polymorfismů v genomech. Metody molekulární diagnostiky Se zaměřují na vyhledávání rozdílů v sekvencích DNA a Identifikaci polymorfismů.
SEKVENOVÁNÍ DNA. Jedna z metod studia genů Využití v aplikovaných oblastech molekulární biologie – např. medicíně při diagnostice genetických chorob.
PRŮKAZ NUKLEOVÉ KYSELINY Lékařská mikrobiologie – cvičení, jarní semestr 2016 Mikrobiologický ústav LF MU
Sekvencování DNA stanovení pořadí nukleotidů v molekule DNA (primární struktury)
Manipulace s DNA Manipulace s proteiny Analýza genové exprese
Bi5130 Základy práce s lidskou aDNA
Real-time PCR - princip
Praktikum izolace mikrosatelitů a
Klonování DNA a fyzikální mapování genomu
NÁZEV ŠKOLY: ČÍSLO PROJEKTU: NÁZEV MATERIÁLU: TÉMA SADY: ROČNÍK:
RT – PCR: návrh primerů.
Pátráme po mikrobech Díl IX. Průkaz nukleové kyseliny
SMAMII Amplifikační metody.
Separace molekul nukleových kyselin centrifugací
„Next-Gen“ Sequencing
Enzymy používané v molekulární biologii
Sekvencování DNA.
ZÁKLADNÍ ŠKOLA SLOVAN, KROMĚŘÍŽ, PŘÍSPĚVKOVÁ ORGANIZACE
Polymerase chain reaction Polymerázová řetězová rekce
Ivana Eštočinová, Pavla Fabulová, Markéta Formánková
IMUNOESEJE.
Molekulární biotechnologie
Vyšetření parametrů buněčné imunity
Dominika verešová Kateřina Sapáková
1. Regulace genové exprese:
18b-Metody studia nukleových kyselin
URČENÍ BAKTÉRIE RODU BORRELIA POMOCÍ DNA SEKVENACE
MiRNA
Využití bakteriofágů jako modelových organismů
Transkript prezentace:

Ligázová řetězová reakce Ligace oligonukleotidových sond, pokud dojde k jejich vazbě na cílovou sekvenci DNA Vyžaduje 4 oligonukleotidy (LCR-primery) Dva oligonukleotidy specificky hybridizují k jednomu a dva k protilehlému řetězci Ligace termostabilní DNA-ligázou (z Thermus aquaticus)

Zopakujme si, co je to ligace T4 DNA ligáza (E. coli infikované bakteriofágem T4) 5´ 3´ OH P 3´ 5´ OH P + 2 x ATP 5´ 3´

Mechanismus ligace 5´... GA 3´... CTTA ATTC ... 3´ AG ... 5´ OH P 5´... GA 3´... CTTA ATTC ... 3´ AG ... 5´ P OH samovolné připojení 5´... GA ATTC ... 3´ 3´... CTTA AG ... 5´ spojení ligázou + 2 x ATP 5´... GAATTC ... 3´ 3´... CTTAAG ... 5´

LCR probíhá v cyklech hybridizace ligace denaturace

Průběh ligázové řetězové reakce denaturace hybridizace ligace

Průběh ligázové řetězové reakce denaturace hybridizace ligace

Důsledky obdobné jako u PCR Z každé molekuly vznikají v každém cyklu dvě nové Počet produktů LCR vzrůstá geometricky

Formáty ligázové řetězové reakce Většinou kvalitativní Lze aplikovat i kvantitativně Standardní detekce na gelu Sonda může být značena např. biotinem,+ fluoresceční značkou nebo digoxigeninem nebo alkalickou fosfatázou Detekce po zachycení na streptavidin fluorescenčně, barevnou reakcí nebo enzymaticky

Příklady využití LCR Již v roce 1993 použita k vysoce specifické detekci Chlamydia trachomatis (Dille et al. (1993): J Clin Microbiol. 31(3):729-31) Detekce kmenů Lactococcus lactis exprimujících nisinA a nisinZ (bakteriociny, E234) - hledání strukturních variant genu, rok 2006 Borrelia burgdorferi (1991), Neisseria gonorrhoeae (1992), Mycobacterium tuberculosis (1993), Lidský papillomavirus (1990), HSV (1991, HIV (DNA, 1991)

Více o aplikacích LCR Wiedmann et al. (1994): Ligase chain reaction (LCR)-overview and applications. Genome Res. 3: S51-S64