Koreferát: LISp-Miner a (lékařské) ontologie Vojtěch Svátek

Témata Možné oblasti využití lékařských ontologií v rámci LM Vybrané problémy Formulace požadavků na lékařskou ontologii pro potřeby KDD

Možné oblasti Porozumění problematice –způsob využití ontologií obecně, nejen v kontextu KDD Porozumění datům –mapování atributů (ev. jejich hodnot) na prvky ontologie může usnadnit jejich rozdělení do skupin a návrh úloh –může mít smysl i tehdy, když mapování nebude následně automaticky využíváno

Možné oblasti (pokr.) Automatická tvorba odvozených atributů –varianta konstruktivní indukce známé z ML –Philips&Buchanan (2001):využití ‘time ontology’ apod. napříč doménami: (příklad?) –v LM připadá v úvahu i tvorba koeficientů?

Možné oblasti (pokr.) Automatická tvorba analytických otázek (čili omezení prostoru hypotéz) –rozebráno v práci H. Češpivové –v LM může mít smysl v případě velmi rozsáhlých dat –ale není jasné, které typy otázek můžeme na základě ontologie vyloučit jako ‘nezajímavé’ (smysl mají jak potvrzení stávajících znalostí, tak i výjimky a zcela nové znalosti)

Možné oblasti (pokr.) Podpora interpretace hypotéz (generování vysvětlení) –asi nejperspektivnější v LM –hledání cest v ontologii spojujících třídy namapované na asociované atributy –problémem může být interpretace jednotlivých implikačních hypotéz (které je v praxi nutné zvažovat souhrnně - problém subsumpce)

Problém: způsob mapování Některé objekty z ontologie jsou z hlediska dat pro DM nepřístupné nebo implicitní –nepřístupné: např. orgány jako takové, v případě, že data zahrnují jen nepřímá vyšetření –implicitní: např. ‘pacient’ (v medicíně nás obvykle nezajímají relace mezi více pacienty) Data mohou zahrnovat problematiku, která by byla přirozeně rozdělena do více ontologií –např. fungování organismu vs. životní styl člověka

Problém: možné vs. platné vztahy Ontologie typu sémantické sítě UMLS zachycuje možné vztahy na úrovni velmi obecných kategorií, nikoliv (více či méně) platné vztahy na úrovni specifických orgánů, tkání apod. Má tedy smysl využívat přímo takovou ontologii, nebo jen konkrétní výchozí znalosti? –‘potvrzení’: ve vztahu ke konkrétní znalosti –‘výjimka’: ve vztahu ke konkrétní znalosti –‘nová znalost’: ve vztahu k ontologii nebo k celé bázi výchozích znalostí

Lékařská ontologie pro KDD Požadavky: –Anatomie, fyziologie a patologie (A-F-P) - znalosti o vztazích mezi konkrétními orgány, tkáněmi apod. –Navíc vztahy mezi A-F-P třídami a hodnotami vyšetření používaných v dané oblasti Z dostupných ontologií –UMLS dost nevhodné, chybí konkrétní vztahy –Foundational Model of Anatomy asi strukturně lepší, ale zahrnuje pouze anatomii –Další možnosti: ONIONS, workshop o lékařských ontologiích při konferenci KR’04? Záleží i na datech - pokrytí tříd ontologie