Kladistický prístup (parsimonická analýza)

Slides:



Advertisements
Podobné prezentace
MOLEKULÁRNÍ TAXONOMIE
Advertisements

Fylogenetika a taxonomie
Základy molekulární taxonomie J.Flegr, Praha 2008.
Účel procedury: První a závazný krok jakékoli seriozní komparativní studie. Umožňuje vyloučit možnost, že distribuce studovaného znaku (vlastnosti, vzorce.
4. Úvod do kladistiky podobnost a příbuznost homologie
Použití molekulárních znaků v systematice
4. Úvod do kladistiky kladogram podobnost a příbuznost homologie
8. Syntéza a aplikace výsledků fylogenetických analýz
Fylogenetika a taxonomie
TEÓRIA MOŽNÝCH SVETOV. TEÓRIA FIKČNÝCH SVETOV.. Teória možných svetov predpokladá existenciu plurality svetov a skúma tiež vzťahy prístupnosti medzi týmito.
5. Kvantitativní kladistika kódování znaku pro kladistickou analýzu algoritmy konstrukce fylogenetických stromů na základě maximální parsimonie optimalizační.
Úvod do systému rostlin
5. Kvantitativní kladistika
1. Systematika, taxonomie a stručný přehled jejich historického vývoje
Mgr. Bc. Peter Adamko, PhD. NAT a Proxy.
 Co je to molekulární fylogenetika a molekulární taxonomie  Zvláštnosti molekulárních znaků  Metody získávání experimentálních dat  Metody zpracovávání.
Pôvod Názov Blu-ray pochádza z anglického slova Blue-ray a znamená modrý lúč. Je to jeden z najnovších a najkapacitnejších optických diskov na svete. Blu-ray.
Úpravy algebrických výrazov
Úpravy algebrických výrazov
Fylogenetická evoluční analýza
Mgr. Tomáš Bartonička, Ph.D.
Zima Šaty robia človeka
NAVIGÁCIA V KNIŽNIČNOM SYSTÉME ARL (Advanced Rapid Library)
Stredná odborná škola automobilová Moldavská cesta 2, Košice
Počítačové siete, Internet, Vírusy a antivírusové programy
Pavol Nečas Gymnázium L. N. Senica Šk. rok 2008/2009 III.A
FUNKCIE A ICH ZÁKLADNÉ VLASTNOSTI
Svetelné zdroje. Optické prostredie
Binárne diagramy.
SOČ 3. roč. v prípade, že máme problém, aký výskum ku svojej teoreticke časti použijeme, môžeme vykonať sociologický, psychologický alebo edukačný (napr.
Filmová realita.
Etické problémy a dilemy v sociálnej práci
Vzájomné polohy rovín a priamok
Plánovanie a príprava hodiny
Čo je informatika? Je všeobecne veda o informáciách.
POWERPOINT Tvorba prezentácií Mgr. Gabriela Zbojeková, ZŠ Turzovka.
Matematické dôkazy Teória a ukážky.
Základy štatistiky s využitím systému SAS®
Kvalitatívne heuristiky
Dvojica Síl Lukáš Beňo 1.G.
Balík protokolov TCP/IP ( Protocol Suite )
Skúmanie vlastností kvapalín, plynov, tuhých látok a telies
Ako má vyzerať prezentácia v PowerPoint-e?
Dominika Vidovičová IX.B
Počítačové siete Miroslav Šoltés 3.A.
Počítač a zamestnanie Jozef Bubanec, II. D.
Microsoft Office PowerPoint 2010
Grafické riešenie lineárnej rovnice
Podmienená pravdepodobnosť
Obsah vyučovania Základné pojmy Výber učiva Usporiadanie učiva
Von Neumannova architektúra počítača
Informatika, údaj, informácia, jednotka informácie, digitalizácia
Diskusný príspevok.
Úvod do programovania automatizačných zariadení
Špeciálna teória relativity = „teória invariantov“
Podnikové hospodárstvo
Elektrický prúd v kovovom vodiči. Tepelné účinky prúdu.
Aplikácia sieťového grafu v príprave a realizácii projektu Metóda CPM a PERT Sieťový graf je definovaný dvojicou množín, kde množina uzlov U = ( u1 , u2,
Kódovanie a šifrovanie
NETIKETA.
Jazyk.
FUNKČNÉ ZÁVISLOSTI A NORMALIZÁCIA PRE RELAČNÉ DATABÁZY
DÁTOVÉ MODELOVANIE analýza a návrh informácií v systéme – oblasť modelovania a projektovania IS dôraz na logické entity a logické závislosti medzi týmito.
autor: Mgr. Marta Vozárová
Ihličnaté stromy Mgr. Jana Lacková.
Prezentácia 5 Radwan Al Ali
Neinformované procedúry
alebo ako vytvoriť dobrú databázu (rečou normálneho človeka)
Informatika Adriana Petríková 1.A.
8. Syntéza a aplikace výsledků fylogenetických analýz
Transkript prezentace:

Kladistický prístup (parsimonická analýza) Hennig, W. 1950: Grundzüge einer Theorie der phylogenetischen Systematik. Deutsche Zentralverlag, Berlin. 1965: Phylogenetic systematics. Annual Review of Entomology 10: 97- 116. 1966: Phylogenetic systematics. University of Illinois Press, Urbana. Botanická kladistika: Koponen, T., 1968: Generic revision of Mniaceae Mitt. (Bryophyta). Ann. Bot. Fenn. 5: 117-151. Funk, V. & Stuessy, T. F. 1978: Cladistics for practicing plant taxonomist. Syst. Bot. 3: 159-178. Bremer, K. & Wantorp, H.- E. 1978: Phylogenetic systematics in botany. Taxon 27: 317-329.

A Y-Z, X-Y-Z monofyletické skupiny B X-Y parafyletická skupina C X-Y polyfyletická skupina, paralelizmus D X-Y polyfyletická skupina, konvergencia

monofyletické skupiny parafyletické skupiny polyfyletické skupiny, paralelizmus

Primitívny stav znaku Pleziomorfia Sympleziomorfia Odvodený stav znaku Apomorfia Autapomorfia Synapomorfia Homoplázia = konvergencia + paralelizmus

Taxón - skupina organizmov, ktorá nesie nejaké meno Stupeň taxonomickej hodnoty, kategória, rank (pozor: nezamieňať rank s existenciou taxónu ako skupiny) Grade (stupeň) - často parafyletické a niekedy polyfyletické skupiny, predstavujú istú úroveň evolučného procesu, napr. Vermes, Reptilia Príbuzenstvo - genealogické vzťahy, čisto fenetická príbuznosť je explicitne vylúčená

Ingroup - študovaná skupina Sesterská skupina (sister group) Mimoskupina (outgroup) Polarizácia znakov Mimoskupinové porovnania (outgroup comparison) Uzol (node) - speciačná udalosť, vznik druhu Konár (branch) Medziuzly (internode) Koreň (root) Strom zakorenený - nezakorenený

Vennov diagram (Venn diagram)

Znak (character) - stavy znaku (character states) Transformačná série (transformation series) - znaky (characters) Polarizácia znakov (character polarisation) Homoplázie = konvergencie + paralelizmy Pleziomorfický (plesiomorphic) - apomorfický (apomorphic) stav znaku (konvencia: 0 primitívny stav, 1 odvodený stav) Znaky usporiadané - neusporiadané

Polarizácia znakov - založená na a priori argumentoch Optimalizácia znakov - je a posteriori postup, pri ktorom sa optimalizuje polarizácia znakov vzhľadom k danej topológii stromu

Fylogenetická systematika vychádza z predpokladu, že existuje jedna historicky unikátna genealogická história všetkých organizmov. Pretože znaky sú vlastnosťami organizmov, musia byť umiestnené na strom, ktorý reprezentuje túto históriu.

Hennigov pomocný princíp (Hennig's auxiliary principle) - nikdy nepredpokladáme konvergenciu alebo paralelnú evolúciu, vždy, ak nemáme dôkazy o opaku predpokladáme homológiu. Pravidlo zoskupovania (grouping rule) - synapomorfie sú dôkazom pre spoločný pôvod, kým sympleziomorfie, konvergencie a paralelizmy sú nepoužiteľné pre tento účel. Pravidlo zahrnutia/vylúčenia (inclusion/exclusion rule) - informácia z dvoch transformaèných sérií môže by kombinovaná do jednej hypotézy (stromu) len vtedy, ak dovoľuje kompletné zahrnutie alebo kompletné vylúčenie skupín, ktoré sú tvorené jednotlivými transformačnými sériami. Prekryv skupín vedie ku tvorbe dvoch alebo viacerých hypotéz pretože informáciu nemožno skombinovať do jednej hypotézy.

buď alebo

paralelizmy 9 10 reverzie 9 10

Mimoskupinové porovnanie (outgroup comparison)

Mimoskupinové porovnanie (outgroup comparison) väčší počet mimoskupín

Dubletové pravidlo Pravidlo alternujúcich mimoskupín

Kódovanie znakov - lineárne transformačné série

neaditívne binárne zmiešané Kódovanie znakov - rozvetvené transformačné série 1 1 neaditívne binárne zmiešané