Metagenomika – virom a eukaryota

Slides:



Advertisements
Podobné prezentace
Organizační legitimita: aplikace institucionální teorie a teorie závislosti na zdrojích v rámci výzkumu NNO Magdaléna Šťovíčková SOS FHS UK, 2013/2014.
Advertisements

Evropská sociální politika Fakulta sociálních věd Univerzity Karlovy v Praze Prof. Martin Potůček, PhD., vedoucí kurzu
Pohled tisku, názory veřejnosti a vězeňské populace na sankční politiku v ČR Institut pro kriminologii a sociální prevenci Praha Republikový výbor pro.
VZDĚLÁVACÍ PROGRAM NEZISKOVÉHO SEKTORU projekt Sítě mateřských center o.s. – Jihomoravský kraj PROJEKTOVÝ MANAGEMENT 1. října 2011, Brno Projekt: Vzdělávací.
Praktická výuka metod sekvenování DNA, AFLP a mikrosatelitů v botanice 1187 /2006 F4 / a Tomáš Fér.
VODA Jiří Bednář ZŠ CHRASTAVA. LEDOVCE V ledovcích se skrývá 2/3 pitné vody. Kdybychom ji mohli využívat, nemuseli by lidé v afrických zemích trpět.
Základní škola a Mateřská škola, Liberec, Barvířská 38/6, příspěvková organizace Název : VY_32_inovace_18 Informatika - MS Excel – Typy grafů Autor: Pavlína.
1 Obhajoba diplomové práce Sluneční záření a atmosféra Autor: Tomáš Miléř Vedoucí: Doc. RNDr. Petr Sládek, CSc. Oponent: RNDr. Jan Hollan BRNO 2007Katedra.
Pedagogické disciplíny II. Část Aplikované. Rozdělení aplikovaných pedagogických disciplín  Školské  Mimoškolské  Na hranici školských a mimoškolských.
Experimentální metody oboru – Virtuální instrumentace Virtuální instrumentace © doc. Ing. Zdeněk Folta, Ph.D.
VYSOKÁ ŠKOLA TECHNICKÁ A EKONOMICKÁ ČESKÉ BUDĚJOVICE ÚSTAV PODNIKOVÉ STRATEGIE Autor bakalářské práce: Jitka Macháčková Vedoucí bakalářské práce: Ing.
VYSOKÁ ŠKOLA TECHNICKÁ A EKONOMICKÁ V ČESKÝCH BUDĚJOVICÍCH Ústav technicko - technologický ZHODNOCENÍ EFEKTIVNOSTI DOTAČNÍCH TITULŮ.
ABSTRAKT BP se zaměřuje na získávání a výběr, na dva z důležitých personálních procesů. V teoretické části jsou na základě odborné literatury uvedeny kroky.
Analýza pracovního výkonu zaměstnanců
PROJEKT OP LZZ „IMPLEMENTACE AGE MANAGEMENTU V ČR“ CZ /5. 1
Merchandising a nákupní atmosféra vybraných obchodních jednotek
Porovnání dat za referenční období 1931–1980 a 1981–2010
Tematicky zaměřený kulatý stůl
1854/2004 F4 / a Karol Marhold & Tomáš Fér
Procesní management v oddělení logistiky
Analýza konkurenčního prostředí
Pracovní motivace a její naplnění u zaměstnanců ve vybraném kraji
Vysoká škola technická a ekonomická v Českých Budějovicích
KCH/SWMOS.
Bylinková zahrádka I. – Jak připravit bylinkový čaj
Zaměstnávání osob se zdravotním postižením Bakalářská práce Tereza Veselá Personální management v průmyslových podnicích Masarykův ústav vyšších studií.
Proměny vody Alena Maurová.
Jana Frostová AUDIO – Fon centr. Brno
Adaptace jedinců v novém pracovním prostředí
ZAL – 9. cvičení 2016.
Zobecněné rozdíly kvalitativního a kvantitativního výzkumu
Použití molekulárních markerů k analýze liniové migrace podél řek
Angelmanův syndrom (AS)
Logika a metody výběru vzorku
F. A. Fernandéz, F. M. Lutzoni et S. M. Huhndorf (1999):
JEDNO SLOVO PRO VÍC VĚCÍ
Příprava vzorků – odběr vzorků, uchování vzorků a izolace
Metagenomika Úvod Petra Vídeňská, Ph.D..
Sekvenování třetí generace
Úvod do diatomologie - Metodiky
PhDr.Hana Pazlarová, Ph.D
AUTOR: Mgr. Petr Punčochář
VY_12_INOVACE_EVH.2.Ste.29_Cerveny_satecku_kolem_se_toc
Život v rybníce Jana Kučerová.
Hra na barevná auta IV. Jaroslava Růžičková.
MNOŽINY.
Jak správně zacházet s knihou
Číslo projektu CZ.1.07/1.5.00/ Číslo materiálu
Metagenomika - Metatranskriptomika
Kurikulum předškolního vzdělávání (plánování vzdělávací práce)
GENETICKÝ KÓD, GENY, GENOM
SKENEROVÉ SKÓRE A VARIABILITA
FERMENTACE (KVAŠENÍ) Petra Hiklová.
Globální problémy současného světa 3 – Populační vývoj, negramotnost
AUTOR: Mgr. Lenka Rousová NÁZEV: VY_32_INOVACE_3B_13
1. Regulace genové exprese:
ALG 08 Merge sort -- řazení sléváním
Bylo příčinou potopení Titaniku selhání materiálu?
Jak parkovat auta Radka Knotková.
PhDr.Hana Pazlarová, Ph.D
Tradiční inspirace v tekuté době
DIGITÁLNÍ UČEBNÍ MATERIÁL
AČMN, 1. LF UK Praha, FHS UK Praha, LRS Chvaly
vedoucí bp: Ing. Jan Blata, Ph.D.
Praktické přínosy WEP pro české podniky
Toky energií v přírodě a v člověkem ovlivněné krajině
Genomika a Sexace Roman Hruda
Využití bakteriofágů jako modelových organismů
MOST (Management of Social Transformations)
Název školy: Základní škola a mateřská škola Domažlice , Msgre B
Transkript prezentace:

Metagenomika – virom a eukaryota Petra Vídeňská, Ph.D.

Eukaryota Problém s velikými rozdíly (dělají se zejména plísně, kvasinky, vyšší houby, paraziti a protozoa) Lze využít různé markery – 18S rDNA, ITS 1/2, D2… Která oblast je nejlepší na co – literatura Nyní se nejvíce využívá celometagenomové sekvenování

Ukázka využití genu pro 18S rRNA

Ukázka využití genu pro 18S rRNA Fig. 1. An illustration to compare the traditional method and the 18S rRNA based metagenome approach using next generation sequencers. With 18S rRNA based metagenomics, parasites can be detected and identified in a high-throughput manner.

Ukázka využití genu pro 18S rRNA

Ukázka využití genu pro 18S rRNA

Mikrobiální diverzita na Vitis vinifera sběr zdravých i napadených listů V. vinifera cv Tempranillo odběr 10x od května do června  T1-T10 uskladnění listů při -80°C, izolace DNA příprava knihovny oblasti V6 16S rDNA pro prokaryotickou populaci příprava knihovny ITS2 a D2 pro eukaryotickou populaci Gryndler, 2013

Rarefakční křivky

Dynamika biodiverzity

Distribuce eukaryontních i prokaryontních společentví v průběhu času

PCA Biplot mikrobiální komunity

Virom Neexistuje univerzální konzervovanou oblast Není sjednocená metodika Problém RNA x DNA viry Ve vzorku je většinou virální DNA/RNA minimum

Srovnání metod

Postup

Vliv homogenizace

Vliv centrifugace

Vliv filtrace

Vliv ošetření chloroformem

Vliv amplifikace s náhodnými hexamery

Srovnání metod

Srovnání metod

Srovnání metod