Proteomika Bruno Sopko
Obsah Proteomika a Proteom Metody separace a identifikace proteinů a jejich interakcí Proteomika modifikací proteinů Aplikovaná Proteomika: proteomika, lidské choroby a medicína
Proteomika a Proteom
Proteomika a Proteom
Metody separace a identifikace proteinů a jejich interakcí Separace bílkovin za použití vícerozměrných technik Zjištění primární struktury bílkovin Hledání 3D struktury bílkovin Kvantitativní analýza bílkovin
Separace bílkovin za použití vícerozměrných technik 2D gelová Elektroforesa Kapilární Elektroforesa. Kapalinová chromatografie Hmotnostní spektrometrie – Identifikace Proteinů na základě aminokyselinové sekvence
2D gelová elektroforesa
2D gelová Elektroforesa - SDS
Kapilární Elektroforesa Stejný princip jako u ostatních elektrofores Může být propojena s hmotnostním spektrometrem
Kapalinová chromatografie Gelová filtrace Afinitní chromatografie Chromatografie na reverzní fázi Může být propojena s hmotnostním spektrometrem
Hmotnostní spektrometrie
Hmotnostní spektrometrie / MALDI-TOF
Hmotnostní spektrometrie /ESI-MS-MS
Hmotnostní spektrometrie / Interpretace výsledků (bovine apomyoglobin)
Hmotnostní spektrometrie / Interpretace výsledků
Hmotnostní spektrometrie / Interpretace výsledků
Kvantitativní analýza bílkovin
Hledání 3D struktury bílkovin Krystalografie bílkovin http://www.rcsb.org/ Homologní modelování Porovnání sekvencí a jejich „alignment“ Hledání homologních bílkovin se známou strukturou Modelování Filtrace výsledků
Hledání 3D struktury bílkovin
Hledání 3D struktury bílkovin
Proteomika modifikací proteinů Posttranslační modifikace (glykosilace, hydroxylace, atd.) Interakce bílkovin
Interakce bílkovin
Aplikovaná Proteomika: proteomika, lidské choroby a medicína
Literatura Nawin Mishra, INTRODUCTION TO PROTEOMICS, Principles and Applications, 2010, A JOHN WILEY & SONS, INC., PUBLICATION DANIEL C. LIEBLER, Introduction to Proteomics, Tools for the New Biology, 2002, Humana Press