Novoroční setkání PaU 5. ledna 2017

We were successful in obtaining of funding New - starting 2017 (13): MŠMT (ERC CZ) – J. Lukeš TAČR Gamma – R. Rego Postdok AVČR – J. Černý GAČR 10x: Standardní: O. Hajdušek, H. Hashimi, D. Modrý, R. Rego, B. Sak, D. Sojka, R. Šíma, A. Zíková, Juniorský: M. Soldánová, Mezinárodní: J. Lukeš Extending into 2017 (28): CIFAR – J. Lukeš; FP7 (Antidote) – P. Kopáček; Horizon 2020 – A. Holzer; HFSP – K. Jirků-Pomajbíková; MŠMT (ERC CZ) – A. Zíková; MŠMT (Czech BioImaging) – J. Nebesářová; MZČR (AZV) – D. Růžek; TAČR (Centra kompetence) – J. Nebesářová; GAČR 13x – I. Fiala, L. Grubhoffer, P. Kopáček, M. Kváč, J. Lukeš (2x), M. Oborník (3x), Z. Paris, T. Scholz/A.Holzer, T. Scholz, V. Urbanová TAČR Gamma 4x – A. Holzer, K. Jirků-Pomajbíková, P. Kopáček, R. Šíma VFGIS (Galapágy) – J. Štefka; Postdok AVČR – S. Georgieva; FJEP – M. Kolísko Terminated in 2016 (9): NIH – M. Kotsyfakis FP7 (Antigone) – L. Grubhoffer MOORE Foundation (Diplonemid) – J. Lukeš GAČR 5x – G. Bermejo, R. Kuchta, J. Lukeš, B. Sak, D. Sojka Postdok AVČR – Z. Füssy

GAČR ROZPOČET ÚSTAVU 2016 2017 – 10x 2016 – 3x 2015 – 7x 2014 – 3x 2013 – 4x 2012 – 11x 2011 – 6x ROZPOČET ÚSTAVU 2016 Celkem cca 111 mil z toho režie 39 mil (dotace AV ČR 35 mil + overheady 4 mil)

VĚDECKÁ PRODUKCE - SROVNÁNÍ 2016 2015 2014 2013 2012 Papers with IF > 8 7 12 4 8 Papers with IF 165 148 116 117 120 Chapters 6 3 Monographs 1 5 Suma IF 530,32 564,26 327,48 408,38 399,48 IF/papers 3,2 3,8 2,8 3,5 3,3

Relative papers with IF* 2016 (3.1.2017) Relative papers with IF* Relative IF* Papers with IF# IF# Grubhoffer/Rudenko lab 9,8 23,0 12 28,428 Hajdušek lab 1,5 6,9 4 19,455 Holzer lab 13,3 37,6 16 47,061 Horák lab 1,4 8,7 22,496 Kopáček lab 7,8 38,8 11 56,097 Kotsyfakis lab 6,0 33,3 7 38,537 Kváč + Modrý lab 32,5 96,3 34 100,157 Lukeš lab 22,5 105,0 25 117,340 Nebesářová lab 9,0 23,6 14 38,733 Oborník lab 4,3 9,4 5 10,866 Paris lab 1,3 4,8 2 6,421 Pomajbíková lab 0,5 1,516 1 3,031 Růžek lab 14,4 47,2 52,168 Scholz lab 32,3 56,1 33 57,058 Štefka lab 5,0 23,7 23,728 Zíková lab 2,8 11,8 18,045 * Relativized according to number of authors from individual labs; # I find the right-most number somewhat more important, because we don´t want to punish collaboration (too much)

Relativized according to number of authors from individual labs Relative IF 2016 3.1.2017 2015 4.1.2016 2014 2.1.2015 2013 27.11.2013 2012 7.1.2013 Grubhoffer/Rudenko lab 23,0 13,1 51,0 24,7 4,5 Hajdušek lab 6,9 5,5 4,1 0,0 - Holzer lab 37,6 27,0 19,6 22,2 28,0 Horák lab 8,7 32,7 10,1 Kopáček lab 38,8 19,1 5,0 6,7 4,7 Kotsyfakis lab 33,3 19,5 29,3 47,0 Kváč + Modrý lab 96,3 36,5 38,2 45,6 27,5 Lukeš lab 105,0 149,7 39,9 97,9 112,7 Nebesářová lab 23,6 10,9 7,6 18,0 22,8 Oborník lab 9,4 54,0 4,9 15,7 42,9 Paris lab 4,8 3,5 Pomajbíková lab 1,5 6,6 4,4 1,8 Růžek lab 47,2 46,4 46,7 21,5 12,4 Scholz lab 56,1 96,9 58,6 70,8 76,6 Štefka lab 23,7 20,2 15,8 48,7 5,2 Zíková lab 11,8 10,3 3,3 Relativized according to number of authors from individual labs

Papers with IF > 4 + IF > 8 2016 3.1.2017 2015 2014 4.1.2016 2014 2.1.2015 Grubhoffer/Rudenko lab 2 1 2 + 1 Hajdušek lab 1 + 1 Holzer lab 4 Horák lab 1 + 3 Kopáček lab 5 + 2 3 Kotsyfakis lab 5 4 + 1 Kváč + Modrý lab 3 + 1 1 + 1 Lukeš lab 11 + 3 14 + 9 Nebesářová lab Oborník lab 3 + 5 Paris lab Pomajbíková lab Růžek lab 6 Scholz lab Štefka lab Zíková lab

Papers with IF > 8 Gomez A., Rothman J.M., Petrželková K., Yeoman C.J., Vlckova K., Umaña J.D., Carr M., Modrý D., Todd A., Torralba M., Nelson K.E., Stumpf R.M., Wilson B.A., Blekhman R., White B.A., Leigh S.R. 2016: Temporal variation selects for diet– microbe co-metabolic traits in the gut of Gorilla spp. ISME Journal 10: 514–526. IF = 9,328 Husník F., McCutcheon J.P. 2016: Repeated replacement of an intrabacterial symbiont in the tripartite nested mealybug symbiosis. Proc. Natl. Acad. Sci USA 113: E5416–E5424. IF = 9,423 Flegontova O., Flegontov P., Malviya S., Audic S., Wincker W., de Vargas C., Bowler C., Lukeš J., Horák A. 2016: Extreme diversity of diplonemid eukaryotes in the ocean. Current Biology 26: 3060–3065. IF = 8,983 Gawryluk R.M.R., del Campo J., Okamoto N., Strassert J.F.H., Lukeš J., Richards T.A., Worden A.Z., Santoro A.E., Keeling P.J. 2016: Morphological identification and single-cell genomics of marine diplonemids. Current Biology 26: 3053– 3059. IF = 8,983 Kopáček P., Perner J. 2016: Vector biology: tyrosine degradation protects blood feeders from death via La Grande Bouffe. Current Biology 26: R763–R765. IF = 8,983 DISPATCH Perner J., Sobotka R., Šíma R., Konvičková J., Sojka D., de Oliveira P.L., Hajdušek O., Kopáček P. 2016: Acquisition of exogenous haem is essential for tick reproduction. eLife 5: e12318. IF = 8,303 Záhonová K., Kostygov A.Y., Ševčíková T., Yurchenko V., Eliáš M. 2016: An unprecedented non-canonical nuclear genetic code with all three termination codons reassigned as sense codons. Current Biology 26: 2364–2369. IF = 8,983 Just accepted!!: Rubio A.T., Gaston K.W., McKenney K.M., Fleming I.M.C., Paris Z., Limbach P.A., Alfonzo J.D.: Editing and methylation at a single site by functionally interdependent activities. Nature. IF = 38,138

Covers 2016 Cabezas-Cruz A., Alberdi P., Ayllón N., Valdés J.J., Pierce R., Villar M., de la Fuente J. 2016: Anaplasma phagocytophilum increases the levels of histone modifying enzymes to inhibit cell apoptosis and facilitate pathogen infection in the tick vector Ixodes scapularis. Epigenetics 11: 303–319. Oborník M., Kručinská J., Esson H. 2016: Life cycles of chromerids resemble those of colpodellids and apicomplexan parasites. Perspectives in Phycology 3: 21–27. 2x 2016 vs 5x 2015 – we need more covers!

Popularizace – výběr z cca 300 příspěvků Zika Tyden: Daniel Růžek, 1. 2. 2016, Češi zkoušejí lék proti nemoci z viru zika DVTV: Luděk Eyer, 22. 6. 2016, Lék proti viru zika i klíšťové encefalitidě? Účinná látka zabírá na obojí, říká o objevu vědec Deutsche Welle, Czech scientists make breakthrough in developing Zika drug Radio France, 20. 6. 2016, Santé: importante découverte dans la lutte contre le virus Zika? The Scientist Magazine, 19. 7. 2016, Sofosbuvir Shows Anti-Zika Activity In Vitro Diplonemy Téma: Julius Lukeš, 11. 1. 2016, Náš přítel parazit. Přepisujeme učebnice biologie Český rozhlas: Drahomíra Faktorová a Julius Lukeš, 15. 1. 2016, Důležitými hráči při výzkumu oceánů budou prvoci iq.intel.cz: Julius Lukeš, 15. 3. 2016, Zakladatel Intelu Gordon Moore podpořil české vědce Cifar.ca: 15. 12. 2016, First photos emerge of elusive marine predators Zubři, pratuři a divocí koně v české přírodě ČT2 Nedej se: Miloslav Jirků, 16. 10. 2016, "Ničit a chránit" – dokument o využití bývalého vojenského výcvikového prostoru v Milovicích …více než 100 příspěvků

Další popularizace – výběr ČT Studio 6: Libor Grubhoffer 11/2/2016: Vědci rozluštili genetický kód klíšťat ČR Plus Studio Leonardo 15/2/2016: Jakou roli hrají parazité nejen v životě člověka? A je dobré je vždy bezvýhradně likvidovat? (Julius Lukeš) Živa 1/2016, strany 10–12: „Krvemlýnek“ ve střevě klíštěte (Daniel Sojka) KXCI Radio 10/03/2016: Thesis Thursday with Dr. Ryan Rego and Belen Molina Časopis Fórum ochrany přírody 02/2016, str 32–34: Ochrana Parazitů. Cože? (Julius Lukeš, Roman Kuchta) MF Dnes 07/05/2016, str1-2: Invaze klíšťat. Šíří novou nákazu (Radek Šíma) MRC-Clinical Science Centre - Biomedical Picture of the day 19/06/2016 (Perner et al.) ČT Události v regionech 28/06/2016 Budějovice: nový parazitologický pavilon (Martin Palus, Daniel Růžek) The Atlantic, 30/08/2016 Living Russian Dolls (Filip Husník) Vesmír 98, strany 518, 519 Mikrobiom, orgán se stále rostoucím významem (Julius Lukeš, Jan Votýpka) Český rozhlas ČB Odpolení host 11/11/2016 Výzkum střevní mikroflóry. Host: Kateřina Jirků Dailyparasite 26/11/2016 Impact of fisheries and aquaculture on aquatic parasite abundance (Astrid Holzer)

Netradiční popularizace – výběr Maxim duben 2016, 11/03/2016, strany 40–41: Lejno na hubnutí (Julius Lukeš) Českého lva za nejlepší mužský herecký výkon ve vedlejší roli předával Julius Lukeš (05/03/2016) MF Dnes 22/08/2016, str 16: Pořád musím myslet na svou rodinu, říká Venezuelanka (Priscila Pena Diaz) MF Dnes 29/08/2016, str 14: Nejvíc mě zaujaly barevné paneláky, u nás jsou šedivé (Pavel Flegontov) Českobudějovický deník, strana 2, 11/11/2016 Prezidenta USA volil z Budějovic (Brian Panicucci)

Some additional good stuff Jiří Vávra – jmenován emeritním vědeckým pracovníkem AV ČR Libor Grubhoffer – na návrh College of Science a College of Agriculture & Life Sciences Arizonské univerzity udělen čestný titul Doctor of Science Michail Kotsyfakis – získal Cenu předsedy GAČR za mimořádné výsledky Pavla Sojková – získala Prémii Otto Wichterleho EMBO kurz 15.–24.6.2016 BSP konference 4.–7.9.2016

Some additional good stuff Nová budova (PaU II) – nastěhovalo se tam 5 laboratoří (Zíková, Paris, Lukeš, Horák a Štefka + BSL3 Růžka) a je to tam moc fajn (díky SoS za výraznou pomoc při stěhování, zajíždění, vybavení apod.) Nové značení v obou budovách Nová laboratoř – Martin Kolísko (vybral si nás po 12ti letech v Kanadě, tak mu buďme dobří kolegové) získal prestižní Purkyně fellowship Akademické hodnocení – týmy Oborníka a Lukeše = vynikající, týmy Scholze a Kopáčka = výborné (tzn. 3 miliony Kč navíc do rozpočtu PaU od AV, nejlepší výsledek v rámci BC) Pokud vím, platy na PaU jsou v rámci BC nejvyšší... Some not so good stuff Přijde mi, že je večer míň světel v oknech (o vánocích ani nemluvě) než dříve a že v některých laboratořích není téměř nikdy! Ty co mají PhD studenty, co nesvítí, na to prostě dojedou… Stále není tolik velmi silných pejprů, jako bychom chtěli mít…

Top 100 countries Nature 522 S34-S44 Nature index Top 100 countries Nature 522 S34-S44 As a matter of fact, guys, we happen to be in an increasingly competitive country (I mean in science…) ČR

Publications Analysis 2007-2013 Parasitology 2015/3; page 34-36 ČR Although parasitology in this country is doing damn well, also thanks to you…

Předseda Akademie věd Jiří Drahoš: www.denik.cz 2. ledna 2016 Předseda Akademie věd Jiří Drahoš: Dokonce i velký bos o nás ví… Letos byly diplonemy na prosincovém sněmu AV zmíněny mezi hlavními třemi výsledky za živé vědy (jsou sexy, OK, ale to nevadí…)

Srovnání ústavů v rámci BC – rok 2014 byl výpadek, tuším, že trend udržíme

ústav PAÚ finanční účtárna v letech 2014–2016 Sekretariát Přehled počtu dokladů ústav PAÚ finanční účtárna v letech 2014–2016 Roky 2014 2015 2016 Účetní doklady 3247 3317 3446 Navýšení od předchozího roku 70 129 Počty nástupů + výstupů + OON každoročně kolem 200! Prostě suma sumarum děvčata dole docela kmitají, tak na ně buďte hodní Paní uklízečky mají také nárůst práce (víc labů, větší prostory), tak na ně buďte hodní Let’s thank the staff of our institute for being friendly, patient with us and very efficient

folia.paru.cas.cz Since 1966 Folia Parasitologica 1954–1965 Československá parasitologie Since 1966 Folia Parasitologica folia.paru.cas.cz IF 2015 = 1.271 5 year IF = 1.351 New user friendly editorial system (from 1st June 2016) number of published papers: 2013 - 51, 2014 - 67, 2015 - 67, 2016 - 40 APC only 150 EUR Consider submiting there = OK, maybe smaller stories but in many ways (especially concerning figures it is excellent)

Volby: Rada BC a předseda AV ČR Vědečtí pracovníci zvolili ve dvoukolové volbě během října a listopadu novou Radu Biologického centra pro funkční období 5. 1. 2017–4. 1. 2022. K úkolům Rady BC patří zejména schvalování rozpočtu, vnitřních předpisů a výročních zpráv, projednává návrhy projektů výzkumu, návrhy smluv o zahraniční či tuzemské spolupráci s institucemi a v neposlední řadě vyhlašuje výběrové řízení na ředitele BC.   Interní členové: prof. Ing. Jiří Kopáček, Ph.D. prof. Ing. Vladimír Košťál, CSc. prof. RNDr. Jan Kubečka, CSc. prof. RNDr. Julius Lukeš, CSc. RNDr. Jiří Macas, Ph.D. prof. RNDr. František Marec, CSc. doc. RNDr. Václav Pižl, CSc. prof. RNDr. Tomáš Scholz, CSc. prof. Ing. Josef Špak, DrSc. RNDr. Karel Tajovský, CSc. Externí členové: doc. RNDr. Ivan Čepička, Ph.D. prof. Ing. Jaroslav Doležel, DrSc. prof. RNDr. Adam Petrusek, Ph.D. prof. Ing. Petr Ráb, DrSc. doc. Mgr. Jan Šobotník, Ph.D. Delegáti Akademického sněmu AV ČR 15. prosince 2016 navrhli téměř jednomyslně prof. Evu Zažímalovou na jmenování do funkce předsedkyně Akademie věd pro funkční období 2017–2021. Jedinou uchazečku o post předsedkyně prof. Evu Zažímalovou, která získala před volbou podporu 40 ústavů AV ČR, zvolilo 195 delegátů z 209 (93 %). Zvolená kandidátka bude navržena k projednání vládě ČR, následně ji jmenuje prezident republiky.

NÁVRH ROZPOČTU SOCIÁLNÍHO FONDU PAÚ na rok 2017 Počáteční stav k 1. 1. 2017 289 037,35 Příjmy SF v roce 2017 Tvorba fondu 2% z hrubých mezd 895 657,00 Celkem stav + tvorba fondu 1 184 694,35 Použití SF v roce 2017 Příspěvek na stravování 2017 230 000,00 Rekreace, zájezdy 335 000,00 Kultura, tělovýchova 527 000,00 Dary k životnímu jubileu 15 000,00 Vánoční večírek 50 000,00 Příspěvek na dětskou skupinu 23 000,00 Celkem použití v roce 2017 1 180 000,00 od roku 2016 se čerpání SF řídí novým vnitřním předpisem čerpání SF od 1. 3. 2017 do 30. 11. 2017 osobní limit pro rok 2017 zůstává nezměněn: 5 000,- Kč + náhrada nevyčerpaného příspěvku na stravování v roce 2016

Podpora kandidatury Michala Hocka UOCHB – HI = 40, přes 200 publikací, profesor chemie „enfant terrible“ v akademii… Jeho plány ve stručnosti hodnoceni ustavu a skupin: 1) povinne vnitrni hodnoceni skupin a tymu ustavem (rizeno Int. Advisory Boards ustavu, ale dohlizeno a koordinovano z AV) a 2) vnejsi hodnoceni ustavu (rizeno AV a nejakou jeji Centralni IAB) Ustavum, ktere by vnitrni hodnoceni odflakli a nesmerovali ke zlepseni kvality by hrozila vyznamna redukce rozpoctu - zmena karierniho radu - zavedeni "tenure-track" systemu pro vznik novych skupin a angazovani novych vedoucich - mezinarodni konkurz na nove otevirana mista, po 5 letech tvrde hodnoceni a max. 50% success rate pro tenure - vyclenit z globalniho rozpoctu AV penize na start-up program pro ty tenure-track pozice (neco na zpusob programu Primus UK) - idealne kolem 20-25 pozic kazdy rok se start-upem 10-20 milionu na 5 let (v zavislosti na narocnosti oboru) - po rozjeti by naklady byly cca. 250-350 M rocne, coz by AV nepochybne zvladla. Soutez o tyto penize by byla velmi kompetitivni a otevrena - podminkou by samozrejme musela byt formalni samostatnost kandidatu v ramci struktury ustavu. - alespon v prirodovednych oborech zakazat "zdedeni" funkci vedoucich skupin ("vychovavani nastupcu" a podobne pitominy) - odchodem vedouciho by se mela skupina formalne rozpustit a zalozit NOVA skupina a vyhlasit otevreny mezinarodni konkurz na jejiho vedouciho (popr. nahradit povysenim uspesne hodnoceneho juniorskeho vedouciho z tenure track) - zmena stanov - PhD studenti musi byt definovani jako vyzkumni pracovnici a volit kandidaty do PR a AS - alespon otevrit otazku zastarale struktury ustavu vetsinou definovanych metodicky (nikoli podle velkych cilu)

Slide from last year – apparently did stimulate… THANKS General comparison of Czech research with Western Europe and USA – still not good enough… but we are doing our share now We need to increase (note! – not double) our production in order to close the gap between us and the best EU countries, not necessarily more papers, but higher impact and more respected/cited papers - again, our 2016 output is certainly going in that direction, let’s keep it in 2017! On top of that – CAS has to produce at least double than the best Czech universities - again, our 2016 output is certainly going in that direction, let’s keep it in 2017!

What expects us in 2017… JOY FROM DOING INTERESTING SCIENCE … = BIG DISCOVERIES ARE AWAITING US !!! Thanks to Monika V, Monika H and Petra R for help with this presentation