Prezentace se nahrává, počkejte prosím

Prezentace se nahrává, počkejte prosím

Matej Lexa, Eduard Kejnovský, Tomáš Martínek FI MU, BFÚ AVČR, FIT VUT

Podobné prezentace


Prezentace na téma: "Matej Lexa, Eduard Kejnovský, Tomáš Martínek FI MU, BFÚ AVČR, FIT VUT"— Transkript prezentace:

1 Matej Lexa, Eduard Kejnovský, Tomáš Martínek FI MU, BFÚ AVČR, FIT VUT

2  Specifická sekundární struktura DNA složená z Guaninových tetrád  Předpokládaná funkce: ◦ regulace transkripce a replikace, ◦ udržování telomer, ◦ modelování chromatinu, apod.  Pro popis kvadruplexu se obvykle používá vzorec: ◦ G 3+ N 1-7 G 3+ N 1-7 G 3+ N 1-7 G 3+

3  Ukazuje se, že se kvadruplexy v eukaryotních genomech vyskytují častěji než by se očekávalo  Vyskytují se často v telomerách, promotorech a počátcích replikace  Ukazuje se však, že se v hojné míře vyskytují i repetitivních oblastech jako jsou transpozony nebo retranspozony  Cílem práce: 1.Zmapovat výskyt kvadruplexů v repetitivních oblastech vybraných eukaryotických genomů (člověk, rostliny) 2.Ověřit jejich tvorbu experimentálně

4 1. Jako vstupní sekvence použity genomy: ◦ člověka: hg19 ◦ rostlin: arabidopsis, kukuřice, tabák, rýže, apod. 2. Predikce potenciálních kvadruplexů ◦ modifikovaný regulární výraz pro hledání vzoru: G 3+ N 1-7 G 3+ N 1-7 G 3+ N 1-7 G Predikce repetitivních oblastí: ◦ člověk: RepeatMasker ◦ rostliny: LTR Finder

5 4. Predikce a filtrace flank regionů ◦ Shlukování fragmentů, které patří stejnému repeatu ◦ Predikce hypotetických pozic flank regionů 5. Detekce kvadruplexů v repeatech ◦ Hledání překryvů mezi kvadruplexy nebo repeaty ◦ Přepočet vůči začátku repetice a výpočet pokrytí 6. Tisk diagramů

6 PQS

7

8

9  CD Spektrometrie ◦ rozlišení paralelních/antiparalelních kvadruplexů

10  Ověření struktury ◦ Mutace vybraných guaninů potvrdila jejich příspěvek ke stabilitě kvadruplexu

11

12

13  Vytvořena pipeline pro vyhledání a analýzu PQS v repetitivních oblastech genomu (implementováno v R/Bioconductor)  Repetitivní sekvence často obsahují místa s výskytem PQS  PQS z typických míst v genome jsou schopny tvořit stabilní kvadruplex in vitro  Retroelementy jsou zřejmě nejdůležitějším zdrojem kvadruplexů v genomu

14 Děkuji za pozornost


Stáhnout ppt "Matej Lexa, Eduard Kejnovský, Tomáš Martínek FI MU, BFÚ AVČR, FIT VUT"

Podobné prezentace


Reklamy Google