Prezentace se nahrává, počkejte prosím

Prezentace se nahrává, počkejte prosím

Autor prezentace Bioinformatický a chemoinformatický výzkum v Loschmidtových laboratořích Loschmidtovy laboratoře, Ústav experimentální biologie, Výzkumné.

Podobné prezentace


Prezentace na téma: "Autor prezentace Bioinformatický a chemoinformatický výzkum v Loschmidtových laboratořích Loschmidtovy laboratoře, Ústav experimentální biologie, Výzkumné."— Transkript prezentace:

1 Autor prezentace Bioinformatický a chemoinformatický výzkum v Loschmidtových laboratořích Loschmidtovy laboratoře, Ústav experimentální biologie, Výzkumné centrum toxických látek v prostředí, Masarykova univerzita, Brno

2 Loschmidtovy laboratoře  20 let existence  4 softwarové nástroje  3 patenty  30 lidí  3 týmy

3 Teoretický tým  složení  3 senioři

4 Teoretický tým  složení  3 senioři  3 postgraduální

5 Teoretický tým  složení  3 senioři  3 postgraduální  3 pregraduální

6 Teoretický tým  složení  3 senioři  3 postgraduální  3 pregraduální  interdisciplinární  molekulární biologie  chemie  biochemie  informatika

7 Výzkumná témata  vývoj software  Caver 3.1  Caver Analyst 1.0  PredictSNP 1.0  HotSpot Wizard 2.0  studium biologických systémů  design stabilních proteinů  identifikace nových enzymů  optimalizace metabolických drah

8 Výzkumná témata  vývoj software  Caver 3.1  Caver Analyst 1.0  PredictSNP 1.0  HotSpot Wizard 2.0  studium biologických systémů  design stabilních proteinů  identifikace nových enzymů  optimalizace metabolických drah

9 Caver 3.1  identifikace a analýza molekulárních tunelů v proteinech  nová verze – optimalizované hierarichické klastrování Chovancová, E. et al. (2012) PLOS Computational Biology 8: e

10 >5000 Caver 3.1

11 Výzkumná témata  vývoj software  Caver 3.1  Caver Analyst 1.0  PredictSNP 1.0  HotSpot Wizard 2.0  studium biologických systémů  design stabilních proteinů  identifikace nových enzymů  optimalizace metabolických drah

12 Caver Analyst 1.0  intuitivní rozhraní  studium ansámblu struktur  dynamika tunelů  komparativní analýza tunelů  realistická vizualizace tunelů  komplexní analýza  statistiky  grafy Kozlíková, B., et al. (2014) Bioinformatics, doi: /bioinformatics/btu364

13 Caver Analyst 1.0

14 Výzkumná témata  vývoj software  Caver 3.1  Caver Analyst 1.0  PredictSNP 1.0  HotSpot Wizard 2.0  studium biologických systémů  design stabilních proteinů  identifikace nových enzymů  optimalizace metabolických drah

15  predikce vlivu mutací na funkci proteinů PredictSNP 1.0 Bendl, J. et al. (2014) PLOS Computational Biology 10: e

16  detaily během zítřejší prezentace:  J. Bendl - PredictSNP: prediktor vlivu mutací na funkci proteinů PredictSNP 1.0 loschmidt.chemi.muni.cz/predictsnp/

17 Výzkumná témata  vývoj software  Caver 3.1  Caver Analyst 1.0  PredictSNP 1.0  HotSpot Wizard 2.0  studium biologických systémů  design stabilních proteinů  identifikace nových enzymů  optimalizace metabolických drah

18 Hot Spot Wizard RCSB PDB uživatel tunnels Cd-hit BLASTNRDB MUSCLE Rate4Site  predikce mutability funkčně významných pozic v proteinu HotSpot Wizard CSA UniProt PDBSWS CAVER CASTpRCSB PDB uživatel Pavelka, A. et al. (2009) Nucleic Acids Research 37: W376-W383

19 HotSpot Wizard 1.7 loschmidt.chemi.muni.cz/hotspotwizard >1000

20 HotSpot Wizard 2.0

21

22

23  detaily na posteru

24 Výzkumná témata  vývoj software  Caver 3.1  Caver Analyst 1.0  PredictSNP 1.0  HotSpot Wizard 2.0  studium biologických systémů  design stabilních proteinů  identifikace nových enzymů  optimalizace metabolických drah

25 Design stabilních proteinů  požadavky  nadstandardní stabilizace  minimalizace experimentů

26 Design stabilních proteinů  požadavky  nadstandardní stabilizace  minimalizace experimentů  metoda FIREPROT  kombinace evolučních a energetických přístupů  efektivní filtrování  přesné predikce  vícenásobné mutanty

27 Design stabilních proteinů  mutant DhaA115  11 mutací  5 charakterizovaných násobných mutantů  Δ T m = 25 °C

28 Design stabilních proteinů  mutant DhaA115  11 mutací  5 testovaných násobných mutantů  Δ T m = 25 °C  mutant DhaA63  8 mutací  testovaných jednobodových mutantů  Δ T m = 18 °C

29 Výzkumná témata  vývoj software  Caver 3.1  Caver Analyst 1.0  PredictSNP 1.0  HotSpot Wizard 2.0  studium biologických systémů  design stabilních proteinů  identifikace nových enzymů  optimalizace metabolických drah

30 Identifikace nových enzymů  požadavky  identifikace funkčních enzymů v databázích  zajímavé katalytické vlastnosti

31 Identifikace nových enzymů  požadavky  identifikace funkčních enzymů v databázích  zajímavé katalytické vlastnosti  in silico platforma  identifikace podobných sekvencí  ověření přítomnosti důležitých znaků  sekvenční analýzy a anotace  modelování 3D struktury  analýza kapes a tunelů  modelování komplexů

32 Identifikace nových enzymů  aplikace při identifikaci nových dehalogenas  homologů z toho 550 putativních dehalogenas  20 sekvencí vybráno k experimentální charakterizaci charakterizované vybrané

33 Charakterizace nových enzymů  exprese  9x dobrá  8x špatná  3x žadná  potřeba lepší predikce exprese či rozpustnosti

34 Charakterizace nových enzymů  exprese  9x dobrá  8x špatná  3x žadná  potřeba lepší predikce exprese či rozpustnosti  vlastnosti  9 aktivních  1x archea  1x eukaryota  2x psychrofilové

35 Výzkumná témata  vývoj software  Caver 3.1  Caver Analyst 1.0  PredictSNP 1.0  HotSpot Wizard 2.0  studium biologických systémů  design stabilních proteinů  identifikace nových enzymů  optimalizace metabolických drah

36 Optimalizace metabolických drah  požadavky  dosáhnout vysoké produktivity dráhy  minimálním spotřeba enzymů

37 Optimalizace metabolických drah  požadavky  dosáhnout vysoké produktivity dráhy  minimálním spotřeba enzymů  modelování metabolické dráhy  kinetické modely  optimalizace cílových parametrů

38 Optimalizace metabolických drah  konverze TCP na glycerol  3 enzymy, 5 kroků, inhibice  16 parametrů, 7 rovnic Dvořák, P. et al. (2014) ChemBioChem, v tisku

39 Optimalizace metabolických drah  konverze TCP na glycerol  3 enzymy, 5 kroků, inhibice  16 parametrů, 7 rovnic  výstup optimalizace poměrů  úspora až 50% enzymů při zachování produktivity Dvořák, P. et al. (2014) ChemBioChem, v tisku

40 Závěr 3964 Biologický problém MetodaSW

41 3964


Stáhnout ppt "Autor prezentace Bioinformatický a chemoinformatický výzkum v Loschmidtových laboratořích Loschmidtovy laboratoře, Ústav experimentální biologie, Výzkumné."

Podobné prezentace


Reklamy Google