Radovan Horák, Romana Zaoralová, Jiří Voller Technologie DNA mikročipů aplikace v oblasti klinické genetiky Radovan Horák, Romana Zaoralová, Jiří Voller
„globální experiment“ Princip Hybridizace značených nukleových kyselin se sondami imobilizovanými v pravidelném uspořádání na pevné matrici. Metoda umožňuje paralelní sledování jednotlivých hybridizačních reakcí komplexního vzorku. „globální experiment“
Dvojí technologie cDNA mikročipy oligonukleotidové mikročipy
cDNA mikročipy Skleněná nebo nylonová matrice Sondy tvořeny produkty PCR Nanesení sond robotem (dispensing) Poly-L-lysinové linkery
Oligonukleotidové mikročipy Matrice výhradně skleněná Sondy syntetizovány „in silico“ Nanesení sond fotolitograficky Linkery-fotosenzitivní, vázané na Si-OH
Oligonukleotidové mikročipy Výhody: - vysoká hustota spotů - malé množství vzorku - dobrá reprodukovatelnos Nevýhody: - vysoké pořizovací náklady - nízká flexibilita ve fázi návrhu
cDNA mikročipy Výhody: - dostupnost vlastního návrhu Nevýhody: - nižší výrobní náklady Nevýhody: - velké množství nanášeného vzorku - menší počet spotů - snížená reprodukovatelnost
Podstata techniky DNA mikročipů
Aplikace oligonukleotidových mikročipů Analýza expresního profilu Screening polymorfismu Specifické analýzy Analýza genotypu (Drosophila, Arabidopsis) …
Analýza expresního profilu DNA čip – „fotografie transkriptomu v daném okamžiku“ původ tkáně stádium ontogenetického vývoje pohlaví fáze biorytmu patofyziologický stav
Skrýnynk polymorfismu Možnost sledování SNPs (Single Nucleotide Polymorphism) Ztráta heterozygotnosti LOH (loss of heterozigosity)
Sledování specifických mutací např. p53
Aplikace cDNA čipů Klasifikace a stanovení prognózy onkologických onemocnění nádory plic tlustého střeva prostaty sarkomy melanomy lymfomy