Aminokyseliny a bílkoviny

Peptidová vazba Aminokyselina Aminokyselina Peptidová vazba

Peptidová vazba

Peptidová vazba spojuje aminokyseliny do řetězců bílkovin

Aminokyseliny se kladně nabitým polárním postranním řetězcem (se zásaditým postranním řetězcem; zásaditým = tj. vážícím vodíkové ionty)

Aminokyseliny se záporně nabitým polárním postranním řetězcem (s kyselým postranním řetězcem)

Aminokyseliny s nenabitým polárním postranním řetězcem

Aminokyseliny s nepolárním postranním řetězcem

Polární a nepolární postranní řetězce kolem peptidové páteře bílkovin

Iontové, vodíkové a van der Waalsovy vazby určují 3D strukturu bílkoviny

Ve vodném prostředí polární postranní řetězce bílkoviny vytvářejí vodíkové můstky s vodou, nepolární (hydrofóbní) postranní řetězce jsou uvnitř „sbalené“ bílkoviny

Priony Jedna molekula bílkoviny může při přiblížení ovlivnit prostorové uspořádání druhé molekuly. Příkladem kdy to může vést k patologickým důsledkům jsou priony.

Jednou z typických 3D struktur v bílkovinách jsou šroubovnicové struktury: tzv. alfa-šroubovnice Alfa.helix Animace: 5,54 MB

Druhou z typických 3D struktur v bílkovinách jsou skládané páskové struktury: tzv. beta-pásky Beta –skládaný list Animace: 3,83 MB

Kostrový model 3D uspořádání

Stužkový model znázornění 3D uspořádání

Drátový model znázornění 3D uspořádání

Struktura bílkovin v proteinové databázi 3D struktura bílkovin spolu s jejich vzájemnou interakcí umožňuje realizaci nejrůznějších funkcí („nanostroje“) Animace: 0,98 MB Tzv. kalotový (kuličkový) model znázornění 3D uspořádání Struktura bílkovin v proteinové databázi Animace: 7,42 MB

Figure 2-9 (1 of 6)

Figure 2-9 (2 of 6)

Proteiny

Protein Interactions Soluble and insoluble Binding Selectivity Specificity Affinity

Selective Binding: Induced-Fit Model The induced-fit model of protein-ligand binding Figure 2-16

Factors that Affect Affinity Isoforms Activation Cofactors Lysis Figure 2-18

Modulators Alter Binding or Activity

Competitive Inhibition Figure 2-19

Allosteric Modulation Figure 2-20a

Allosteric Modulation Figure 2-20b

Physical Regulators Temperature pH Concentration of protein Concentration of ligand

Summary Atoms in review Four types of chemical bonds Four kinds of biomolecules Aqueous solutions and pH Proteins in focus Vodíkové ionty