Účel procedury: První a závazný krok jakékoli seriozní komparativní studie. Umožňuje vyloučit možnost, že distribuce studovaného znaku (vlastnosti, vzorce chování) je dána pouze fylogenetickou příbuzností srovnávaných taxonů (např. druhů).

Tři základní postupy: 1) Znaková data -kladistická metoda s vynucenou topologií a následný výpočet indexu konsistence. 2) Distanční data -Mantelův permutační test regrese 3) Dendrogram -permutační test

Princip permutačních testů: Vyzkoušet, jak by vypadala data v případě platnosti nulové hypotézy.

Jak na to? Formulovat hypotézu (model), kterou chceme testovat. Vymyslet čím (v jakém parametru) by se experimentální data získaná v případě platnosti tohoto modelu lišila od obdobných dat náhodně vygenerovaných. Vypočítat příslušný kritický parametr pro experimentální data.

Pokračování Vygenerovat několikrát (mnohokrát) soubory náhodných dat a pro každý takový soubor vypočítat hodnotu kritického parametru. Seřadit získané hodnoty parametru podle velikosti a zjistit, kolikátá v pořadí je hodnota získaná z experimentálních dat. Rozhodnout, zda umístění experimentální hodnoty na n-tém místě (např. mezi 3 % nejmenšími) může být dílem náhody.

Příklad Vykazují příbuzné kmeny parazitického prvoka Trichomonas vaginalis i podobnou míru virulence?

Fylogenetický strom kmenů trichomonád Čísla v závorkách ukazují stupeň virulence

Hypotéza: Míra virulence je podobná u příbuzných kmenů. To znamená, že suma rozdílů virulencí sousedících kmenů (skupin kmenů) (v a - v b ) pro všechny uzly fylogenetického stromu trichomonád bude menší než obdobná suma rozdílů pro stejný strom s náhodně proházenými hodnotami virulence.

Proházené hodnoty virulence Čísla v závorkách ukazují stupeň virulence

Výsledky permutačního testu: Z celkového počtu vygenerovaných souborů dat vykazovalo ve srovnání s experimentálním souborem Σ(v a - v b ): 101 (2,02%) menší 1 (0,02%) stejnou (98,0%) větší

Závěr Existuje zhruba 2 % pravděpodobnost, že mezi vzájemnou příbuzností a podobností co do virulence (pathogenních projevů) není žádný vztah a že tedy závislost pozorovaná v našem experimentálním souboru je pouze dílem náhody. Nulovou hypotézu tedy zamítáme na hladině pravděpodobnosti p=0,02.

Dostupný software Flegr,J. Záboj,P. (1997) Acta Soc.Zool.Bohem. 61: Flegr,J a spol. (1998) Parasitology Research 84: Program TREEPT (PTPT) Dendrogramy, t-test, ANOVA, lineární regrese, truncated t-test.