Selektívny atak DNA / RNA G-kvadruplexu prostredníctvom in situ click chémie Bc. Marek Ondruš 24.02.2015 Antonio, M. D.; Biffi, G.; Mariani, A.; Raiber,

Slides:



Advertisements
Podobné prezentace
ENZYMY = biokatalyzátory.
Advertisements

Transkripce (první krok genové exprese)
Reakční rychlost Rychlost chemické reakce
KINETIKA CHEMICKÝCH REAKCÍ
CHEMICKÉ REAKCE.
Metabolismus A. Navigace B. Terminologie E. Sacharidy I. Enzymy
Faktory ovlivňující reakční rychlost, teorie chemické kinetiky
Základy chemických technologií 2009 TECHNOLOGICKÉ PROCESY CHEMICKÉ PROCESY:TAKOVÉ TECHNOLOGICKÉ POSTUPY, PŘI KTERÝCH DOCHÁZÍ K CHEMICKÉ PŘEMĚNĚ SUROVINY,
Kinetika chemických reakcí
Reakční kinetika předmět studia reakční kinetiky
Nutný úvod do histologie
STRUKTURA NUKLEOVÝCH KYSELIN
NUKLEOVÉ KYSELINY A JEJICH METABOLISMUS
Průběh enzymové reakce
LIPIDY.
Ch_060_Nukleové kyseliny Ch_060_Přírodní látky_Nukleové kyseliny Autor: Ing. Mariana Mrázková Škola: Základní škola Slušovice, okres Zlín, příspěvková.
PROMILE - ‰ Mgr. Z. Burzová.
Eva Džurinová KRV-ZLOŽENIE A VÝZNAM
Genetický kód – replikace
Živočišná Buňka.
Premeny skupenstva látok
Čo je podnik a podnikanie
TUKY.
Železo a jeho zlúčeniny II
Chromozómy Peter Ďurec 3.L.
Spoločenský tanec.
TOPENIE A TUHNUTIE.
Dementný syndróm pri Alzheimerovej chorobe.
Imunitný systém Septima
Genóm človeka a jeho štruktúra
JADROVÁ ENERGIA.
PRÍRODNÉ LÁTKY CUKRY TUKY BIELKOVINY.
Redoxné reakcie Anna K..
Lexikológia – Náuka o slove
VYHODNOTENIE ZMENY 4-RÚRKOVÉHO SEKUNDÁRNEHO SYSTÉMU NA 2-RÚRKOVÝ
Graf kvadratickej funkcie s absolútnou hodnotou
Väzbová energia jadra Kód ITMS projektu:
Pre koho je služba Kniha jázd určená?
Zákon zachovania hmotnosti
Metódy simulácie v polovodičoch Ab initio a klasterové metódy
Uvoľňovanie liečivých látok z topických prípravkov
Mária Bombová, Júlia Bugeľová
Rýchlosť chemických reakcií
Príklady reakčných schém: (Vysvetlite, čo vyjadrujú uvedené schémy.)
AIDS..
Faktory ovplyvňujúce rýchlosť chemických reakcií
Atómy, ich zloženie, štruktúra
Časticové zloženie látok
Mydlá a saponáty Mária Meščanová Kvarta B.
Chemická štruktúra DNA a RNA, podstata genetického kódu
Doprava a životné prostredie
Margaréta Marcinčinová
Výbuch jadrovej elektrárne Fukušima
Prírodné látky Lipidy.
KE oveľa menšie ako IF KE oveľa väčšie ako IF
Od DNA k proteinu - v DNA informace – geny – zápis ve formě 4 písmen = nukleotidů = deoxyribóza, fosfátový zbytek, báze (A, T, C, G) - DNA = dvoušroubovice,
INDEXY.
Hydroxyderiváty uhľovodíkov II
Elektrický prúd v kovovom vodiči. Tepelné účinky prúdu.
ZNALOSTNÉ SYSTÉMY prednáška č. 4
ZNALOSTNÉ SYSTÉMY prednáška č. 4
ELEKTROLÝZA Projekt z chémie.
Neutralizácia.
HYDROXYDERIVÁTY Alkoholy.
Hydroxidy Mária Lukačinová.
V ä z b y Chemická väzba.
Nové vyšetrovacie metody použivajúce rádiofarmaká
Zemské magnetické pole
1. Regulace genové exprese:
Co to je DNA? Advanced Genetics, s.r.o..
Transkript prezentace:

Selektívny atak DNA / RNA G-kvadruplexu prostredníctvom in situ click chémie Bc. Marek Ondruš 24.02.2015 Antonio, M. D.; Biffi, G.; Mariani, A.; Raiber, E.-A.; Rodriguez, R.; Balasubramanian, S. Angew. Chem. Int. Ed. 2012, 51, 11073-11078.

Ľudské chromozómy (sivé) a skrátené teloméry (biele) Telomér-y/ÁZY koncové časti eukaryotických chromozómov obsahujú nekódujúcu DNA ľudské teloméry zložené zo sekvencie TTAGGG náchylné k tvorbe G4-štruktúr, ktoré znižujú aktivitu enzýmu telomerázy telomeráza zabezpečuje replikáciu telomér telomerázová aktivita v 85 % nádorov (neobmedzený počet delení) inhibícia telomerázy = možná liečba nádorov Teloméra Ľudské chromozómy (sivé) a skrátené teloméry (biele)

Vľavo G-tetrády, vpravo G-kvadruplex G-kvadruplex (G4) neobvyklá sekundárna štruktúra NK (DNA / RNA) bežný výskyt v oblastiach bohatých na G a C rovinný systém 4 G pootočených o 90 ° bázy G sú pospájané H väzbami k stabilizácii malé molekuly 3D štruktúra ľudskeho telomerázoveho G-kvadruplexu (PDB 2HY9). Obsahuje 3 vrstvy G-tetrád. Vľavo G-tetrády, vpravo G-kvadruplex

Molekulové štruktúry alkínov a azidov In situ click cieľ práce: identifikácia malých molekúl v G4-štruktúrach ľudských telomér G4 ako „reakčná nádoba“ pre cykloadíciu alkíny 1 a 2 odvodené od PDS PDS všeobecne G4-interagujúca molekula azidy 3 – 8 (nabité / nenabité) PDS (pyridostatin) Molekulové štruktúry alkínov a azidov

In situ click selektívna katalýza click reakcie in situ možných 24 cykloaduktov (1,4 a 1,5 régio) vznikol iba 1,4 triazol 10 dôkaz katalytického účinku G4-štruktúr v reakcii s pufrom obsahujúcom Li Vznik triazolu 10 v prítomnosti H-Telo In situ syntéza triazolov katalyzovaná ľudskými telomerázami

Cu katalýza účelom je urýchlenie cykloadičnej reakcie selektivita ovplyvnená DNA templátom kooperatívne správanie Cu / H-Telo ovplyvnilo selektivitu reakcie všetky adukty odvodené od 1 sú aktívnejšie okrem negatívne nabitých (repulzia nábojov) stabilita aduktov obsahujúcich: negatívny cukor > + nabité amíny > - nabité karboxyly ds-DNA má zanedbateľný vplyv na Cu katalyzovanú reakciu Chromatogram reakcie v prítomnsoti Cu katalyzátora (A), Cu katalyátora + ľudské telomerázy (B). Histogram zobrazujúci zastúpenie produktu v Cu, Cu/H-Telo a Cu/ds-DNA katalyzovaných reakciach.

SHELTERINový komplex komplex 6 proteínov viažuci sa na telomerázovú DNA chráni teloméry pred poškodením a skracovaním skúmali schopnosť aduktov viazať sa na telomerázovú G4-DNA meranie množstva TRF-1 – špecifický proteín telomér, inhibítor telomerázy TRF-1 viaže TTAGGG a negatívne reguluje dĺžku telomér inkubovali ľudské fibroblasty pri vložení triazolu 10 počet TRF-1 rapídne klesol podporuje teóriu in situ click reakcie triazol 10 silnejší konkurent TRF-1 Fluorescenčná mikroskopia inkubovaných MRC5-SV40 fibroblastov. Farbivom DAPI sú farebne vyznačené bunkové jadrá.

G4-RNA (TERRA) schopnosť tvoriť G4-štruktúry významné rozdiely s G4-DNA katalýzou najviac získavaný negatívne nabitý triazol 13 teda nie len neutrálne a pozitívne nabité molekuly ako pri G4-DNA katalýze vysvetľované vznikom H-väzieb medzi COOH triazolu 7 a 2´- OH skupiny RNA Chromatogram Cu/TERRA katalýzy (A). Zastúpenie produktu z Cu, Cu/ds-DNA, Cu/H-Telo a Cu/TERRA katalyzovaných reakciách (B), zmena teploty topenia v prítonosti 13 alebo PDS.

Záver in situ click chémia je presná a objektívna metóda využitie pri tvorbe a hodnotení biologicky aktívnych molekúl využitie pri objasnení existencie a dešifrovaní biologickej funkcie RNA význam v biológii nádorových tkanív https://www.youtube.com/watch?v=QpEgSjiqMJk

Letný semester 2015

pôvodný Score: - 44.28

tetralín Score: - 51.78

Sulfo-amín Score: - 52.26

pyrol Score: - 50.58