Metagenomika Úvod Petra Vídeňská, Ph.D..

Slides:



Advertisements
Podobné prezentace
Organizační legitimita: aplikace institucionální teorie a teorie závislosti na zdrojích v rámci výzkumu NNO Magdaléna Šťovíčková SOS FHS UK, 2013/2014.
Advertisements

Teoretické principy šlechtění a selekce Tomáš Kopec.
Biotechnologie, technologie budoucnosti Aleš Eichmeier.
Praktická výuka metod sekvenování DNA, AFLP a mikrosatelitů v botanice 1187 /2006 F4 / a Tomáš Fér.
Obchodní akademie, Střední odborná škola a Jazyková škola s právem státní jazykové zkoušky, Hradec Králové Autor:Mgr. Bc. Klára Loudová Název materiálu:
NÁZEV ŠKOLY: Masarykova základní škola a mateřská škola Melč, okres Opava, příspěvková organizace ČÍSLO PROJEKTU:CZ.1.07/1.4.00/ AUTOR:Mgr. Tomáš.
Databáze © Mgr. Petr Loskot
Věcné autority v roce 2016
Jana Juřicová, Dominik Macháček
Vysoká škola technická a ekonomická
Společnost pro kvalitu školy
1854/2004 F4 / a Karol Marhold & Tomáš Fér
Základní škola a mateřská škola Lázně Kynžvart Autor: Mgr
EKOLOGIE (oikos = dům; logos – slovo)
Číslo projektu CZ.1.07/1.5.00/ Číslo materiálu
Zpětná vazba od zákazníků ve vybrané společnosti
Molekulárně-biologické databáze
NÁZEV ŠKOLY: ČÍSLO PROJEKTU: NÁZEV MATERIÁLU: TÉMA SADY: ROČNÍK:
Vysoká škola technická a ekonomická v Českých Budějovicích
Struktura lidského genu
Speciální metody fyziologie živočichů Bi 5611c
Přístupový systém aneb kontrola vstupů
Lidská práva VY_32_INOVACE_3-50 Ročník: 7. Vzdělávací oblast:
Inovace studia molekulární a buněčné biologie
Bi5130 Základy práce s lidskou aDNA
Molekulární genetika Tok genetické informace:
RT – PCR: návrh primerů.
Databáze MS ACCESS 2010.
Metody analýzy mikroorganismů II
Vzdělávání pro konkurenceschopnost
F. A. Fernandéz, F. M. Lutzoni et S. M. Huhndorf (1999):
Hrubá a čistá mzda, pojištění, daně 1 – Hrubá a čistá mzda
Příprava vzorků – odběr vzorků, uchování vzorků a izolace
„Next-Gen“ Sequencing
Sekvenování třetí generace
Foton jako 1 nebo 0 Tomáš Husák1, Marie Hledíková2, Lukáš Beneda3
PhDr.Hana Pazlarová, Ph.D
Gymnasium Jižní Město Praha
Obchodní akademie, Střední odborná škola a Jazyková škola s právem státní jazykové zkoušky, Hradec Králové Autor: Mgr. Vladimíra Houšková Název materiálu:
ZÁKLADNÍ POJMY Historie - 1. objektivní proces historického vývoje = dějiny; 2. vědecká reflexe historického vývoje, zkoumání a výklad minulosti,
Autor: Stejskalová Hana
Sekvencování DNA.
Polymerase chain reaction Polymerázová řetězová rekce
Harmonogram zimního semestru 2009/2010
Zkoumáme přírodu pomocí DNA
Dělání babičky. Dětské vymezení role babičky jako role získané
DOTAČNÍ PŘÍLEŽITOSTI PRO ŠKOLY
Informace k přednášce a semináři k předškolní pedagogice Jarní semestr 2016 Zora Syslová.
Metagenomika – virom a eukaryota
Metagenomika - Metatranskriptomika
Výsledky měření ozonu pasivními dosimetry Ogawa
Regionální informace jako přidaná hodnota katalogu krajské knihovny
Vyšetření parametrů buněčné imunity
1. Regulace genové exprese:
Univerzita Palackého V Olomouci Průtoková cytometrie
CUBA KUBA Business on the Largest Island in the Caribbean
STRATEGIE AGE MANAGEMENTU V ČESKÉ REPUBLICE CZ.1.04/5.1.01/
Zjišťování složení hornin
VY_32_INOVACE_1/20A-ICT/PE/ON
18b-Metody studia nukleových kyselin
ZKOUŠKY CEMENTU teorie
Předmět Molekulární a buněčná
Věda a etika.
Střední škola obchodně technická s. r. o.
Název projektu: ZŠ Háj ve Slezsku – Modernizujeme školu
Toky energií v přírodě a v člověkem ovlivněné krajině
Genomika a Sexace Roman Hruda
RTG fázová analýza.
Transkript prezentace:

Metagenomika Úvod Petra Vídeňská, Ph.D.

Hodnocení: Aktivita při hodinách Prezentace – na základě článku Ústní zkouška

Osnova přednášek: datum téma 22.2.2016 Úvod do metagenomiky 29.2.2016 Sekvenování druhé generace, principy 454, Illumina, Ion Torrent 7.3.2016 Principy Minion, PacBio, prohlídka laboratoří 14.3.2016 Odběry vzorků, izolace, příprava knihoven 16S 21.3.2016 Celometagenomové sekvenování, sekvenace eukaryot a virů 28.3.2016 Státní svátek 4.4.2016 Vyhodnocování sekvenací 11.4.2016 Střevní mikroflóra I 18.4.2016 Střevní mikroflóra II 25.4.2016 Mikroflóra vody a půdy 2.5.2016 Metatranskriptomika 9.5.2016 Prezentace 16.5.2016 Prezentace + ústní zkouška

Úvod Na světe je cca 4-6 x 1030 prokaryot Více než 99,9 bakterií je nekultivovatelných V databázi více než 1 mil. genů Nové přístupy – objev nových genů – enzymy, látky ATB Léčiva Degradují kontaminanty v prostředí

Historie

Definice metagenomiky Metagenomika je definována jako věda zabývající se biologickou diverzitou. Je založena na analýze genomů příbuzných, ale ne zcela identických mikrobních populací za použití genetických a molekulárních technik. Celkové metagenomické studie umožňují porozumět dynamice mikrobního společenství a zahrnují analýzy nukleotidových sekvencí, struktury, regulace a funkce (Handelsman a kol., 1998).

Metagenomika

Metagenomika http://www.cbs.dtu.dk/researchgroups/metagenomics/metagenomics.php

Nat. Rev. Urol. doi:10.1038/nrurol.2014.361 Microbiota a člověk Whiteside, S. A. et al. (2015) The microbiome of the urinary tract—a role beyond infection Nat. Rev. Urol. doi:10.1038/nrurol.2014.361

Výzkum mikroflóry - minulost Izolace čistých kultur, biochemické reakce („fenotyp“ bakterie, různé podmínky) Fingerprintové metody (RFLP, rep PCR, ribotypizace, DGGE) Identifikace pomocí sond (dot-blot hybridizace, FISH)

Ribotypizace

Rep PCR

DGGE

Metagenomika - sekvenace Dva hlavní přístupy Targeted sequencing Sekvenování specifických genů (16S rRNA) a seskupení vzniklých sekvencí do fylogenetického vztahu Metagenomové sekvenování Náhodně sekvenované úseky DNA (nebo RNA) a porovnání vzniklých sekvencí v NCBI databázi na základně podobnosti s referenční sekvencí. Next generation sequencing http://legacy.camera.calit2.net/education/what-is-metagenomics

Sangerovo sekvenování

Sekvenování nové generace