Molekulárně-biologické databáze

Prezentace na téma: "Molekulárně-biologické databáze"— Transkript prezentace:

1 Molekulárně-biologické databáze
Evropsky institut pro bioinformatiku ve Velké Británii (EBI) EMBL, 1980 Národní centrum pro biotechnologické informace (NCBI) založené v rámci Národní lékařské knihovny (NLM) v USA GenBank, 1982 Centrum pro inormační biologii (CIB) , jako oddělení Národního genetického institutu (NIG) v Japonsku DDBJ, 1984

2 GenBank/EMBL/DDBJ Vzájemně si vyměňují si informace Volně dostupné
Přijímají nové sekvence z genomových center a pracovišť zabývajících se sekvencováním Sekvenci v databázích může zveřejnit kdokoli !

3 Databáze sekvencí proteinů
Databáze SWISS-PROT založená na Univerzitě v Ženevě v roce 1986 Spravuje Švýcarský institut pro bioinformatiku (SIB) Obsahuje automaticky doplňované překlady sekvencí z EMBL Databáze PDB (The Protein Databank) Archivuje a analyzuje proteinové struktury a komplexy informačních biomakromolekul

4 Konkrétní pokus Vyhledejte v GenBank informace o genu ICAM1
PubMed – informace o publikacích Nucleotide – informace o sekvenci genu Protein – informace o proteinu a jeho struktuře SNP – informace o zjištěných polymorfismech

5 Vyhledání nukleotidové sekvence - BLAST
Vyhledejte v GenBank sekvenci primeru pro ICAM1 5´- gga acc cat tgc ccg agc - 3´ Návod V GenBank najdeme prohledávač BLAST

6 Porovnání 2 sekvencí – blast2seq
Srovnejte sekvence 5´- gga acc cat tgc ccg agc - 3´ GenBank Acc.No. AC011511 Návod V GenBank najdeme prohledávač bl2seq Align two sequences

7 HapMap http://www.hapmap.org/ Prohlédněte si informace o projektu
- Browse Project Data Vyhledejte SNP pro MTHFR a ICAM1 Projekt HapMap je propojen s GenBank přes SNP

8 Nezapomeňte se podívat na
Web of Science Placená služba (pro VFU zdarma) Více informací o autorech než PubMed Informace o IF časopisů