Prezentace se nahrává, počkejte prosím

Prezentace se nahrává, počkejte prosím

DNA Hybridizační techniky. Obsah Princip metody Rozdělení metod Technika měření reasociační kinetiky Využití metody Výhody a úskalí.

Podobné prezentace


Prezentace na téma: "DNA Hybridizační techniky. Obsah Princip metody Rozdělení metod Technika měření reasociační kinetiky Využití metody Výhody a úskalí."— Transkript prezentace:

1 DNA Hybridizační techniky

2 Obsah Princip metody Rozdělení metod Technika měření reasociační kinetiky Využití metody Výhody a úskalí

3 Princip metody DNA lze snadno denaturavat na jednotlivé komplementární řetězce Za vhodných podmínek komplementární řetězce reasociují na dvouřetězec Míra v jaké a rychlost s jakou dva jednořetězce reasociují závisí na stupni jejich podobnosti

4 Základní uspořádání Reasociace s DNA na pevném nosiči –Dot blot –Slot blot –Southern blot Reasociace ve vodném roztoku

5 Měření reasociace v roztoku Izolovat (purifikovat) DNA Nalámat na vhodnou délku (500 pb) Změřit přesně její koncentraci Denaturovat teplem Smísit DNA dvou porovnávaných druhů Postupně ochladit Změřit procento renaturované DNA Vypočíst podobnost sekvencí Vypočíst počty mutací od okamžiku odvětvení

6 Kvantifikace reasociace Stanovit střední teplotu tání homoduplexů T m = (T mA + T mB )/2 Stanovit teplotu tání heteroduplexu Vypočítat pokles ΔTm ∆T m =((T mA + T mB )/2) - T ms Vypočítat p p = ΔTm. 0,01 (0,015) K = -3/4 ln(1 - 4/3 p)

7 Technické triky Tracer a driver Odstranění repetitivních sekvencí Způsoby monitorování míry reasociace –Extinkce jednořetězcové a dvouřetězcové DNA –Chromatografické oddělení na hydroxyapatitu –Rozštěpení ssDNA pomocí S1 nukleázy

8

9 Výhody metody Multilokusová (totilokusová) metoda Použitelná na nejvzdálenější taxony

10 Nevýhody metody Distanční metoda Experimentálně dosti náročná Práce s izotopem Vyžaduje speciální vybavení Vyžaduje větší množství DNA (mg) Náchylná k artefaktům (repetitivní DNA) Experimentální náročnost N x N

11 Závěry Na velmi vzdálené taxony výhodné Měla by provádět specializovaná laboratoř Většinou lze nahradit jinými metodami (MLST) V budoucnu možná taxonomické DNA čipy


Stáhnout ppt "DNA Hybridizační techniky. Obsah Princip metody Rozdělení metod Technika měření reasociační kinetiky Využití metody Výhody a úskalí."

Podobné prezentace


Reklamy Google