MediGrid: sémantika a hodnota biomedicínských dat Jan Vejvalka, Petr Lesný, Tomáš Holeček*, Kryštof Slabý, Adéla Jarolímková**, Helena Bouzková*** Fakultní.

Prezentace na téma: "MediGrid: sémantika a hodnota biomedicínských dat Jan Vejvalka, Petr Lesný, Tomáš Holeček*, Kryštof Slabý, Adéla Jarolímková**, Helena Bouzková*** Fakultní."— Transkript prezentace:

1 MediGrid: sémantika a hodnota biomedicínských dat Jan Vejvalka, Petr Lesný, Tomáš Holeček*, Kryštof Slabý, Adéla Jarolímková**, Helena Bouzková*** Fakultní nemocnice Motol a 2. lékařská fakulta, Univerzita Karlova v Praze *Fakulta humanitních studií, Univerzita Karlova v Praze **CESNET, z.s.p.o., Praha ***Národní lékařská knihovna, Praha

2 IKI 2010, Praha, 19.1.2010 Cíl Cílem je represenotvat medicínské znalosti (a data) ve formě efektivně zpracovatelné současnými ICT technologiemi jako zdroje, které lze sdílet (nabízet a využívtat) v GRIDovém prostředí (jako jsou výpočetní výkon nebo paměťová kapacita sdíleny ve výpočetních nebo paměťových GRIDech).

3 IKI 2010, Praha, 19.1.2010 Přístup 1: zavaleni daty biomedicínská data jsou specifická forma, přesnost, variabilita, kontext musíme vědět, co chceme s daty dělat „výpočetní“ přístup

4 IKI 2010, Praha, 19.1.2010 Data, data, data

5 IKI 2010, Praha, 19.1.2010 Přístup 2: zavaleni informacemi záplava informací velmi různá kvalita, různá důvěryhodnost bezbřehá důvěra... bezbřehá skepse abstrahujeme od dat „informační“ přístup

6 IKI 2010, Praha, 19.1.2010 Informace bez hranic MAP PP MAP PEP BPS/BPD inst. HR ECG BP

7 IKI 2010, Praha, 19.1.2010 Data nebo informace? pokus o překlenutí propasti komunikačně náročné, pracné sémantický výpočetně realizovatelný přístup k datům

8 IKI 2010, Praha, 19.1.2010 O projektu MediGrid o platforma o k disposici jako služba (GRID) o sémantický přístup k datům o důraz na dokumentovanost o pilotní provoz

9 IKI 2010, Praha, 19.1.2010 MediGrid: platforma o naivní o flexibilní o možnost prolínání domén o přímo neřeší ukládání dat

10 IKI 2010, Praha, 19.1.2010 MediGrid: jako služba o computational GRID o webservice o distribuovaný systém o vysoký výkon o správa a údržba o ochrana dat, anonymizace

11 IKI 2010, Praha, 19.1.2010 MediGrid: sémantický přístup vkládáme jednotlivé znalosti propojujeme je a sdílíme mezi doménami zpětně extrahujeme znalostní sítě

12 IKI 2010, Praha, 19.1.2010 Příklad propojení různých domén tělesná zdatnost a nadváha nadváha: BMI?, výška/váha?, percentily zdatnost: VO 2 max?, METs?, VO 2 max/kg?, Z-skóre

13 IKI 2010, Praha, 19.1.2010 MediGrid: dokumentovanost autorská odpovědnost (znalosti i implementace) kvalita a důvěra „technické podružnosti“ jako odborný problém

14 IKI 2010, Praha, 19.1.2010 Vrstevnatá architektura o zdroj: vlastní popis a další aparát: autor, citace, skóre o koncepty: popis transformací (algoritmů a vztahů) a tříd indikátorů (datových typů) o implementace: spočitatelné algoritmy a jejich provedení, instance dat a jejich validace o review / odůvodněná důvěra / autority o uživatelé (vlastnictví zdroje, odpovědnost, odborná doména), dataflow o finální rozhodnutí je vždy na uživateli

15 IKI 2010, Praha, 19.1.2010 Součásti kvalifikovaného rozhodnutí o indikátory, transformace, třídy indikátorů (data, algoritmy, datové typy) o doprovodná informace (požadavky, omezení, kontext) o uživatel (autor, v rámci instituce, odborné domény) o důvěra, opora v literatuře, autorita pro danou doménu o možnost protichůdných transformací a konfliktních tříd indikátorů o finální rozhodnutí je vždy na uživateli

16 IKI 2010, Praha, 19.1.2010 Další perspektivy o další mechanismy podpory kvality obsahu o Shibboleth SSO o zpracování dalších domén o data GRID

17 IKI 2010, Praha, 19.1.2010 Klíčové vlastnosti MediGridu data a algoritmy dobře dokumentované efektivní propojení různých domén výpočetně realizovatelné informační podpora rozhodování uživatele

18 IKI 2010, Praha, 19.1.2010 Děkuju za pozornost krystof.slaby@lfmotol.cuni.cz