Radovan Horák, Romana Zaoralová, Jiří Voller

Prezentace na téma: "Radovan Horák, Romana Zaoralová, Jiří Voller"— Transkript prezentace:

1 Radovan Horák, Romana Zaoralová, Jiří Voller
Technologie DNA mikročipů aplikace v oblasti klinické genetiky Radovan Horák, Romana Zaoralová, Jiří Voller

2 „globální experiment“
Princip Hybridizace značených nukleových kyselin se sondami imobilizovanými v pravidelném uspořádání na pevné matrici. Metoda umožňuje paralelní sledování jednotlivých hybridizačních reakcí komplexního vzorku. „globální experiment“

3 Dvojí technologie cDNA mikročipy oligonukleotidové mikročipy

4 cDNA mikročipy Skleněná nebo nylonová matrice
Sondy tvořeny produkty PCR Nanesení sond robotem (dispensing) Poly-L-lysinové linkery

5 Oligonukleotidové mikročipy
Matrice výhradně skleněná Sondy syntetizovány „in silico“ Nanesení sond fotolitograficky Linkery-fotosenzitivní, vázané na Si-OH

6 Oligonukleotidové mikročipy
Výhody: - vysoká hustota spotů - malé množství vzorku - dobrá reprodukovatelnos Nevýhody: - vysoké pořizovací náklady - nízká flexibilita ve fázi návrhu

7 cDNA mikročipy Výhody: - dostupnost vlastního návrhu Nevýhody:
- nižší výrobní náklady Nevýhody: - velké množství nanášeného vzorku - menší počet spotů - snížená reprodukovatelnost

8 Podstata techniky DNA mikročipů

9 Aplikace oligonukleotidových mikročipů
Analýza expresního profilu Screening polymorfismu Specifické analýzy Analýza genotypu (Drosophila, Arabidopsis) …

10 Analýza expresního profilu
DNA čip – „fotografie transkriptomu v daném okamžiku“ původ tkáně stádium ontogenetického vývoje pohlaví fáze biorytmu patofyziologický stav

11 Skrýnynk polymorfismu
Možnost sledování SNPs (Single Nucleotide Polymorphism) Ztráta heterozygotnosti LOH (loss of heterozigosity)

12 Sledování specifických mutací
např. p53

13 Aplikace cDNA čipů Klasifikace a stanovení prognózy onkologických onemocnění nádory plic tlustého střeva prostaty sarkomy melanomy lymfomy

14