Roman Menhart Creation of cell state ontology - cell states and cell relation statistics.

Prezentace na téma: "Roman Menhart Creation of cell state ontology - cell states and cell relation statistics."— Transkript prezentace:

1 Roman Menhart Creation of cell state ontology - cell states and cell relation statistics

2 Supervisor - Dalibor Štys

3 Buněčné linie Buňky L929 s Lactobacillus caseii - Jedná se o myší fibroblasty, které jsou na tomto obrazku kultivovány společně s L-caseii 650 ze sbírky lactobacillu – Milcom Tábor a mikroskopovány při zvětšení 20x. F

4 Buněčný cyklus a jeho fáze Je cyklus, kterým prochází eukaryotická buňka od svého vzniku po další dělení. Tedy od dělení po dělení buňky. Doba trvání cyklu se nazývá generační doba. Buněčný cyklus se skládá z několika fází přípravných -souborně nazývaných jako interfáze - období od konce jedné mitózy po začátek druhé) a vlastního buněčného dělení. Mitóza má tyto fáze:. Profáze. Metafáze. Anafáze. Telofáze

5

6 Ecell Program je vytvořený pro jednoduché označování zkoumaných buněk, jejich propojení, určení stadia buňky a jejich vzájemných interakcí Na mikroskopu se v časových intervalech snímají buňky – jejích stadia, pohyb, dělení a tyto fotky se pak přes program Ecells nahrají a dále zpracovávají. Dále zde můžeme vyexportovat geneaologie a následně na to je převést do programu Excel a vytvořit grafy buněčných cyklů.

7 Označování buněk

8 Označené buňky a jejich vzájemné propojení

9 Cíle projektu Pomocí programu Ecell analyzovat jednotlivé fáze buněčného cyklu a dále na základě výsledných grafů porovnat jejich délky. Naším úkolem je otestovat, zda doby existence různých fází buněčného cyklu lze využít k diagnostice stavu buněčné monovrstvy. Předpokládáme že doby existence různých fází buněčného cyklu závisí na počtu a typu mezibuněčné interakce Analyzovaná sekvence bude základem pro automatizaci analýzy.

10

11

12

13

14

15 Délka existence interfáze

16 Další činnosti Otestování programu na vytváření protokolů – Expertomica protocol generátor Mikroskopování a fotografování heteroploidní buněčné linie – L929 s lactobacillus casei 650 a bez nich. Následné zpracování do filmové podoby. A porovnání rychlosti buněčného dělení. Vyzkoušení nového menšího zařízení pro kultivaci buněk

17 Program Expertomica protocol generator

18 Nové kultivační zařízení Kultivační zařízení je umístěno přímo na mikroskopu, tudíž můžeme dokonale sledovat proces kultivace. Ke snímání jsem použil cameru Imaginsource. A microskop značky Nikon ECLIPSE TS100

19 Podílel jsem se na určování několika setů buněčných linii v programu Ecell. Testoval jsem program Expertomica protocol generátor, který zaznamenává údaje o zkoumaném vzorku. (kultivační podmínky, celkový počet snímku, frekvenci snímání) Otestoval jsem novou kultivační komoru. Vytvořil filmy z nasbíraných screenů.

20 Děkuji vedoucímu projektu Doc. RNDr. Dalibor Štys CSc. Za ochotu, podporu a pomoc. Mým spolupracovníkům: Štefan Mikulics, Dalibor Štys, Kacper Bojda, Karina Romanova. Za dobrou a přijemnou spolupráci. Děkuji Petru Císařovi za pomoc s programem Ecells A především organizátorům Letní školy.

21 Děkuji za pozornost