Expresní DNA microarray

Slides:



Advertisements
Podobné prezentace
Molekulární základy dědičnosti
Advertisements

Transkripce (první krok genové exprese: Od DNA k RNA)
Tomáš Polák.
Studium lidského genomu
Genové čipy.
Kvantitativní RT-PCR Praha
Užití fragmentové analýzy a multiplex PCR s vícebarevným fluorescenčním značením k detekci nejčastějších mutací u dědičných neuropatií (HMSN). P. Seeman,
Metody molekulární biologie
Transkripce (první krok genové exprese)
Transkripce (první krok genové exprese)
Modernizace a obnova přístrojového vybavení komplexního onkologického centra FN Brno Projekt „Modernizace a obnova přístrojového vybavení komplexního.
Synoviální sarkom Ravčuková B1. , Kadlecová J1. , Štěrba J 2
Real-time PCR - princip
Transkripce a translace
REGULACE GENOVÉ EXPRESE
Proteosyntéza RNDr. Naďa Kosová.
Farmakogenetika a farmakogenomika.
Molekulární diagnostika neurofibromatózy typu 1 Kratochvílová A., Kadlecová J., Ravčuková B., Kroupová P., Valášková I. a Gaillyová R. Odd. lékařské genetiky,
Preimplantační genetická diagnostika Oddělení lékařské genetiky FN Brno Gynekologicko - porodnická klinika Masarykovy univerzity v Brně.
STRATEGIE MOLEKULÁRNÍ GENETIKY
Transkriptom.
(genové mutace, otcovství, příbuznost orgánů při transplantacích) RNA
RNA diagnostika neurofibromatózy typu 1 Kratochvílová A. , Kadlecová J
Nukleové kyseliny RNDr. Naďa Kosová.
Od DNA k proteinu.
F.I.S.H. hotovo.
Molekulární biotechnologie č.6b Zvýšení produkce rekombinatního proteinu.
Microarrays and chips M .Jurajda.
Fyziologie reprodukce a základy dědičnosti FSS 2009 zimní semestr D. Brančíková.
EXPRESE GENETICKÉ INFORMACE Transkripce
Radovan Horák, Romana Zaoralová, Jiří Voller
Metodická základna molekulární patologie
Microarray Martin Erdös.
PCR Polymerase Chain Reaction
DNA diagnostika II..
POLYMERÁZOVÁ ŘETĚZOVÁ REAKCE
Transkripce a translace
2014 Výukový materiál GE Tvůrce: Mgr. Šárka Vopěnková Projekt: S anglickým jazykem do dalších předmětů Registrační číslo: CZ.1.07/1.1.36/
Genetika vzájemného vztahu hostitele a patogena. Genetika Nauka o dědičnosti a proměnlivosti Ve fytopatologii – dědičnost a proměnlivost znaků a vlastností.
Moderní metody analýzy genomu Čipové technologie II
Získání klonovaných genů
Technologické aspekty čipových technologií Boris Tichý LÉKAŘSKÁ FAKULTA MASARYKOVY UNIVERSITY Interní hematoonkologická klinika LF MU a FN Brno.
Vítězslav Kříž, Biologický ústav LF MU
Moderní metody analýzy genomu
DNA diagnostika a principy základních metod molekulární biologie
Proteinové, buněčné a tkáňové čipy
Mikročipy ..
Molekulární biotechnologie č.10a Využití poznatků molekulární biotechnologie. Molekulární diagnostika.
RNA savčí buňka: pg celkové RNA rRNA (28S,18S, 5S) 80-85% tRNA, snRNA 15-20% mRNA 1-5% mRNA molekul/buňku, tj rozdílných transkriptů.
EU peníze středním školám Název vzdělávacího materiálu: Nukleové kyseliny II. - RNA, proteosyntéza Číslo vzdělávacího materiálu: ICT10/16 Šablona: III/2.
Neurofibromatóza I von Recklinghausenova nemoc Zpracovali: Zuzana Melišová Peter Minárik Kateřina Matoušková Martin Šefčík.
Sekvencování DNA stanovení pořadí nukleotidů v molekule DNA (primární struktury)
Masivně paralelní sekvenování
Manipulace s DNA Manipulace s proteiny Analýza genové exprese
C7188 Úvod do molekulární medicíny 3/12
Klonování DNA a fyzikální mapování genomu
Moderní metody analýzy genomu Čipové technologie I
Zpracování dat Lenka Radová
Užití fragmentové analýzy a multiplex PCR s vícebarevným fluorescenčním značením k detekci nejčastějších mutací u dědičných neuropatií (HMSN). P. Seeman,
„Next-Gen“ Sequencing
Ivana Eštočinová, Pavla Fabulová, Markéta Formánková
Proteinové, buněčné a tkáňové čipy
Metagenomika - Metatranskriptomika
Studium lidského genomu
Od DNA k proteinu - v DNA informace – geny – zápis ve formě 4 písmen = nukleotidů = deoxyribóza, fosfátový zbytek, báze (A, T, C, G) - DNA = dvoušroubovice,
1. Regulace genové exprese:
Molekulární základy genetiky
NUKLEOVÉ KYSELINY Dusíkaté báze Cukry Fosfát guanin adenin tymin
MiRNA
Molekulární biologie (c) Mgr. Martin Šmíd.
Transkript prezentace:

Expresní DNA microarray LÉKAŘSKÁ FAKULTA MASARYKOVY UNIVERSITY Interní hematoonkologická klinika LF MU a FN Brno Centrum molekulární biologie a genové terapie Expresní DNA microarray Boris Tichý 2.10.2012

Historie 1987 Kulesh et al. - cDNA knihovna na papírovém filtru Přelom 80./90. - E. Southern – in-situ syntéza oligonukleotidů 1991 – Fodor et al. - světlem řízená paralelní syntéza 1995 – Schena et al. - cDNA expresní microarray 1996 – lidská cDNA microarray 1997 – celogenomová (kvasinka) cDNA microarray 1997 – celogenomová (kvasinka) oligonukleotidová microarray

Typy High- i low- density Sondy – krátké i dlouhé oligonukleotidy, cDNA Sklíčka, cartridge, mikrokuličky, membrány Jedno- a dvou- kanálové

Aplikace mRNA microRNA lincRNA (long intergenic noncoding RNA) Celogenomové Exonové (whole transcript) Cílené – konkrétní dráhy, diagnózy microRNA lincRNA (long intergenic noncoding RNA)

Aplikace Studium efektů stimulů na genovou expresi Chemikálie (např. léčiva) Fyzikální faktory (záření) Gene knock-out (siRNA) Gene transfection (např. transkripční faktory, mutantní alely) Studium rozdílů mezi vzorky Tkáně a orgány Diagnózy

RNA Přepis Oligo-dT priming Random priming – hexa, okta, nona mery Kvalitní RNA 3' biased sondy Random priming – hexa, okta, nona mery I degradovaná RNA Celý transkript

RNA QC elektroforéza – 18S a 28S rRNA (1 : 2-3) BioAnalyzer RT-PCR – 3‘ a 5‘ fragment

Affymetrix GeneChip Krátké oligonukleotidy – 25mery => vysoká míra nespecifické hybridizace => probe-set – několik sond pro každý gen (~11) => perfect match a mismatch sondy (rozdíl ve 13. nukleotidu) – odhad nespecifické hybridizace => speciální metody pro zpracování dat