Woese et al., PNAS 1990: zakořeněné schéma tří domén

Eukaryota: Rostlinně-živočišná dichotomie

Konec milénia: 71 dobře popsaných taxonů bez zjevných sesterských skupin Acantharea Diphylleia Komokiacea Pseudospora Actinophryida Diplomonadida Luffisphaera Ramicristata Alveolata Discocelis Microsporidia Rhodophyta Ancyromonas Ebriida Ministeria Reticulomyxa Apusomonadida Ellobiopsida Multicilia Retortamonadida Biomyxa Entamoebidae Nephridiophagidae „Rosette agent“ Caecitellus Euglenozoa Nucleariidae Spironemidae Carpediemonas Fonticula Opisthokonta Spongomonadida Centroheliozoa Glaucophyta Oxymonadida Stephanopogon Cercomonadida Granuloreticulosa Parabasalida Sticholonche Chlorarachniophyta Gymnophrea Paramyxea Stramenopiles Coelosporidium Gymnosphaerida Pelobiontida Telonema Collodictyon Haplosporida Phaeodarea Thaumatomonadida Copromyxida Haptophyta Phagodinium Trimastix Cryothecomonas Heterolobosea Phalansterium Vampyrellida Cryptomonadida Hyperamoeba Plasmodiophorida Viridaeplantae Desmothoracida Jakobida Polycistinea Xenophyophora Dimorphida Kathablepharida Pseudodendromonadida ....plus mnoho rodů s nejasnou ultrastrukturní identitou! David J. Patterson: The diversity of eukaryotes. American Naturalist 1999 micro*scope http://starcentral.mbl.edu/microscope/

Nová fylogenetická struktura diversity eukaryot Simpson AG and Roger AJ, Curr Biol 2004: The real 'kingdoms' of eukaryotes.

Superskupina Opisthokonta Choanoflagellata Ichthyosporea Metazoa Nuclearia Fungi - Microsporidia Fungi - Chytridiomycota

Synapomorfie opisthokont: Unikátní inzerce v EF1a Steenkamp et al., Mol Biol Evol 2006

Superskupina Amoebozoa Phalansterium Mycetozoa Multicilia Mastigamoebida Entamoeba Arcellinida Amoeba proteus

Superskupina Excavata Trimastix Oxymonadida Diplomonadida Heterolobosea Carpediemonas Malawimonas Jakobida Euglenozoa Parabasala

suspension-feeding groove: morfologická synapomorfie exkavát Dysnectes brevis (Yubuki et al. 2007) Carpediemonas membranifera (Simpson 2003)

Synapomorfie spojující diplomonády a parabasalidy: horizontální transfer prolyl-tRNA synthetasy z archebakterií Andersson et al., 2005

Superskupina Archaeplastida (Plantae) Chlorophyta Glaucophyta Rhodophyta Zygnematales Embryophyta

Superskupina Chromalveolata Cryptophyta Kathablepharida Haptophyta Telonema Apicomplexa Phaeophyceae Oomycota Dinoflagellata Ciliophora

Synapomorfie chromalveolát: unikátní paralog jaderně kódované v plastidu fungující glyceraldehyd-3-fosfát dehydrogenasy

Superskupina Rhizaria Plasmodiophorida Euglyphida Cercomonadida Desmothoracida Foraminifera Polycistinea Chlorarachniophyta Acantharea

„Zbylé“ linie eukaryot Collodictionida Apusomonadida Centrohelida Hemimastigophora Breviata Planomonas (dříve Ancyromonas)

Rhizaria – jen další skupina chromalveolát? ML analýza, 16 proteinů Hackett et al., 2007

Kořen eukaryot mezi Unikonta a Bikonta? Stechmann & Cavalier-Smith, Curr Biol 2003: The root of the eukaryote tree pinpointed

Myosiny třídy II: možná synapomorfie unikont...? ...ale Naegleria je má taky!! Richards & Cavalier-Smith, Nature 2005 Odronitz & Kollmar, 2007

Apusomonády asi sesterské opistokontům! Apusomonas proboscidea Bayesovská analýza, SSU+LSU+aktin+HSP90+a-tubulin +b-tubulin; Kim et al., 2006 Amastigomonas mutabilis

Kořen eukaryot mezi archeplastidy a zbytkem? RGC - rare genomic changes – RGC_CAM - RGC_CA - RGC_DEL - RGC_INS Rogozin et al., 2009