rozdělení metod využitelnost jednotlivých metod náročnost metod používání metod perspektivy.

Prezentace na téma: "rozdělení metod využitelnost jednotlivých metod náročnost metod používání metod perspektivy."— Transkript prezentace:

1

2 rozdělení metod využitelnost jednotlivých metod náročnost metod používání metod perspektivy

3 rozdělení metod využitelnost jednotlivých metod náročnost metod používání metod perspektivy

4 jednolokusové (sekvenování, SSCP, mikrosatelity, alozymy) mnoholokusové (DNA hybridizace, imunologické techniky, RFLP, AFLP, RAPD) poskytující znaková data poskytující distanční data

5 rozdělení metod využitelnost jednotlivých metod náročnost metod používání metod perspektivy

6 mikrosatelity alozymy minisatelity d-loop (mtDNA) snp

7 RFLP totální DNA (repetitivní DNA), např. taxoprinty – odlišení sibling druhů RAPD sekvenování mtDNA sekvenování ITS AFLP

8 sekvenování úseků jaderné DNA (např. MLST) SSCP, DGGE DNA hybridizace imunologické techniky inserce transposomů (SINE)

9 sekvenování konzervativních genů DNA hybridizace studium obsahu genomu imunologické techniky

10 rozdělení metod využitelnost jednotlivých metod náročnost metod používání metod perspektivy

11 vybavení spotřební materiál cena za znak cena za jedince investice do zavedení metody investice do zahájení analýzy nového taxonu

12 rozdělení metod využitelnost jednotlivých metod náročnost metod používání metod perspektivy

13 BADS databáze 1979-1997, název techniky + population genetics, systematics, taxonomy, speciation…) počet článků

14 5% 44% 18% 14% 10% 8% 1%

15 4% 33% 16% 10,5% 7,5% 6% 0,8% 21%

16 Na ose y je vynesen počet článků ve WOS zmiňujících název metody v abstraktu.

17 Na ose y je vynesen podíl článků s názvem metody v titulu na celkovém počtu článků zmiňujících metodu v abstraktu.

18

19 rozdělení metod využitelnost jednotlivých metod náročnost metod používání metod perspektivy

20 sběr dat –čipy –MLST –ireverzibilní unikátní znaky (SINE) zpracovávání dat –lepší alignment –vážená pasimonie –WEIGBOR, BIONJ –ML pro proteiny (multiprocesorové počítače) –Camin Sokalova maximální parsimonie a unikátní znaky

21 Metody se liší typem informace, kterou nám poskytují Pro jednotlivé aplikace se hodí jiné typy metod Používání jednotlivých metod je záležitost historická Metody se budou dále vyvíjet a je třeba jejich vývoj sledovat