Metoda SDA strand displacement amplification

Slides:



Advertisements
Podobné prezentace
Přenos infekcí Sexuální přenos
Advertisements

Transkripce (první krok genové exprese: Od DNA k RNA)
Identifikace bakterií metodou broad-range PCR-HRMA
Detekce proteinů na preparátech Histochemie. Metody detekce – vazba cílového proteinu Imunologické; primární protilátky sekundární protilátky Imunologické;
Transkripce (první krok genové exprese)
Transkripce (první krok genové exprese)
Replikace DNA Milada Roštejnská Helena Klímová
Polymerázová řetězová reakce
Replikace DNA Tato prezentace se zabývá procesem Replikace DNA.
Real-time PCR - princip
Fingerprinting techniky
Transkripce a translace
Segmentace prahováním - cvičení
Imunologické, mikrosatelity, SSCP, SINE
PCR. Polymerase chain reaction PCR Je technika, která umožňuje v krátkém času namnožit daný kus DNA bez pomoci buněk užívá se, pokud je DNA velmi malé.
Polymorfizmy detekované speciálními metodami s vysokou rozlišovací schopností Stanovení jednonukleotidových polymorfizmů (Single Nucleotide Polymorphisms.
Sekvencování Sangerova metoda - dideoxyterminátory O PPP H OH H OH H H 5´ 3´ NTP N N N N NH 2 O PPP H H H OH H H 5´ 3´ dNTP N N N N NH 2 O PPP H H H H.
Praktické cvičení č. 3 ZÁKLADY GENOVÉHO INŽENÝRSTVÍ Klonování PCR produktu do vektoru PCR®2.1-TOPO® a transformace do E. coli AMOLc Úvod do molekulární.
SMAMII-6b Amplifikační metody.
(genové mutace, otcovství, příbuznost orgánů při transplantacích) RNA
(Citrátový cyklus, Cyklus kyseliny citrónové)
Experiment: Test na přítomnost patogenu ve vodě z mytí brambor pomocí PCR.
Cyklus kyseliny citrónové, citrátový cyklus.
Sekvenování.
F.I.S.H. hotovo.
Didaktické testy z biochemie 4 Replikace Milada Roštejnská Helena Klímová.
GENETICKÁ INFORMACE je informace, která je primárně obsažena v nukleotidové sekvenci v nukleotidových sekvencích jsou obsaženy následující informace: o.
Milada Teplá, Helena Klímová
Restrikční mapování.
MLPA MULTIPLEX LIGATION-DEPENDENT PROBE AMPLIFICATION
Vývoj mikrosatelitních markerů (SSR) KBO/125 Jiří Košnar, katedra botaniky PřF JU, 2012 Kurz byl financován z projektu FRVŠ 1904/2012.
Kvantifikace nukleových kyselin
DNA diagnostika II..
„AFLP, amplified fragment length polymorphism“
Transkripce a translace
Sacharidová složka nukleotidů
Serologické vyšetřovací metody
Vyšetřovací metody v molekulární biologii
Praktikum z genetiky rostlin JS Genetické mapování mutace lycopodioformis Arabidopsis thaliana Genetické mapování genu odolnosti k padlí.
Diagnostické amplifikační metody nevyužívající PCR
Sekvencování DNA stanovení pořadí nukleotidů v molekule DNA (primární struktury)
Párováni bazí, hybridizace a denaturace DNA/RNA hraje důležitou roli v přírodě i aplikacích: - struktura DNA a duplikace genetické informace - transkripce.
Molekulární biotechnologie č.10a Využití poznatků molekulární biotechnologie. Molekulární diagnostika.
SMAMII-8 Detekce polymorfismů v genomech. Metody molekulární diagnostiky Se zaměřují na vyhledávání rozdílů v sekvencích DNA a Identifikaci polymorfismů.
Ligázová řetězová reakce
SEKVENOVÁNÍ DNA. Jedna z metod studia genů Využití v aplikovaných oblastech molekulární biologie – např. medicíně při diagnostice genetických chorob.
PRŮKAZ NUKLEOVÉ KYSELINY Lékařská mikrobiologie – cvičení, jarní semestr 2016 Mikrobiologický ústav LF MU
Replikace genomu Mechanismus replikace Replikace u bakterií Replikace u eukaryotnich buněk.
Sekvencování DNA stanovení pořadí nukleotidů v molekule DNA (primární struktury)
Manipulace s DNA Manipulace s proteiny Analýza genové exprese
Genetický kód – replikace
qRT-PCR Kryostat Mgr. Jiřina Medalová, Ph.D. Mgr. Martina Lánová RNDr. Josef Večeřa, Ph.D. Bc.
Bi5130 Základy práce s lidskou aDNA
Real-time PCR - princip
Klonování DNA a fyzikální mapování genomu
NÁZEV ŠKOLY: ČÍSLO PROJEKTU: NÁZEV MATERIÁLU: TÉMA SADY: ROČNÍK:
RT – PCR: návrh primerů.
SMAMII Amplifikační metody.
Enzymy používané v molekulární biologii
Serologické vyšetřovací metody
Sekvencování DNA.
Polymerase chain reaction Polymerázová řetězová rekce
Ivana Eštočinová, Pavla Fabulová, Markéta Formánková
(Citrátový cyklus, Cyklus kyseliny citrónové)
Praktikum z genetiky rostlin
Dominika verešová Kateřina Sapáková
1. Regulace genové exprese:
18b-Metody studia nukleových kyselin
URČENÍ BAKTÉRIE RODU BORRELIA POMOCÍ DNA SEKVENACE
Zdvojování genetické paměti - Replikace DNA
Transkript prezentace:

Metoda SDA strand displacement amplification amplifikace vytěsňováním řetězce Metoda využívá schopnosti DNA polymerázy iniciovat syntézu DNA v místě jedno-řetězcového zlomu v cílové molekule a vytěsňovat řetězec se zlomem během nové syntézy Vytěsněné řetězce jsou substrátem pro další cyklus SDA Jedná se o izotermickou reakci

Průběh SDA denaturace dsDNA

Primery obsahují restrikční místo na 5´-konci Průběh SDA připojení primerů Primery obsahují restrikční místo na 5´-konci

Průběh SDA Polymerizace s dNTP a dNTPαS dNTPαS = thio substituovaný NTP, neštěpitelný

Vytvoření jednořetězcového zlomu Extenze DNA polymerázou Průběh SDA Vytvoření jednořetězcového zlomu Vytěsnění řetězce Extenze DNA polymerázou

A všechno se opakuje připojení primerů

Využití SDA Detekce obtížně kultivovatelných mykobakterií Detekce Chlamydia trachomatis a Neisseria gonorrhoeae (Becton Dickinson ProbeTec ET assay) Detekce Herpes Simplex Virus I a II (BD ProbeTec) Diferenciace Saccharomyces cerevisiae metodou AFLP provedenou technikou SDA

Další informace k detekčním systémům na bázi SDA se dočtete na komerčních stránkách firmy Becton Dickinson http://www.bd.com/ds/

SDA na čipu Lab Chip, květen 2012, DOI:10.1039/C2LC40384F Elektrochemické bezkontaktní měření vodivosti v reakční komůrce v reálném čase S rostoucím počtem produktů roste vodivost Citlivost 0,1 pg/μl, minimální pozadí Žádné značení DNA Článek najdeš na C:\Users\Milan\Documents\AAA Pracovni soubory 2012\Prednasky pro studenty\Metody analýzy mikroorganismů II\Prednaska 2012\02-Amplifikační metody v molekulární diagnostice mikroorganismů\SDA na čipu.htm

Jaký jiný postup byste použili? Oživte své znalosti o restriktázách Na stránkách www.neb.com najděte termín „nicking endonuclease“ Najděte nějakou restriktázu, která by byla použitelná i bez thiosubstituovaných dNTP