Autor: Milan Blaha Konzultant: Prof. MVDr. Jan Motlík, DrSc.

Slides:



Advertisements
Podobné prezentace
Transkripce (první krok genové exprese: Od DNA k RNA)
Advertisements

Studium lidského genomu
David Skupien Peter Tóth
Co je to genetika a proč je důležitá?
Kvantitativní RT-PCR Praha
Vyšetření parametrů buněčné imunity
1 Chromosom Milada Roštejnská Helena Klímová. Obsah Chromosom Stav chromosomů se během buněčného cyklu mění Eukaryotní DNA je sbalena do chromosomu Interfázový.
Transkripce (první krok genové exprese)
Transkripce (první krok genové exprese)
Souboj Pohlaví.
Synoviální sarkom Ravčuková B1. , Kadlecová J1. , Štěrba J 2
Omnis cellula e cellula (každá buňka je z buňky)
Metabolismus A. Navigace B. Terminologie E. Sacharidy I. Enzymy
REGULACE GENOVÉ EXPRESE
YEAST AND CANCER Nobel Lecture, December 9, 2001 LELAND H. HARTWELL.
Molekulární diagnostika neurofibromatózy typu 1 Kratochvílová A., Kadlecová J., Ravčuková B., Kroupová P., Valášková I. a Gaillyová R. Odd. lékařské genetiky,
PCR. Polymerase chain reaction PCR Je technika, která umožňuje v krátkém času namnožit daný kus DNA bez pomoci buněk užívá se, pokud je DNA velmi malé.
AV ČR, Mendelovo muzeum a Vereinigung zur Förderung der Genomforschung pořádají další ročník Mendel Lectures které se konají v Agustiniánském.
Odběr a uchování biologického materiálu pro stanovení mRNA
Chromozóm, gen eukaryot
Praktické cvičení č. 3 ZÁKLADY GENOVÉHO INŽENÝRSTVÍ Klonování PCR produktu do vektoru PCR®2.1-TOPO® a transformace do E. coli AMOLc Úvod do molekulární.
Transkriptom.
(genové mutace, otcovství, příbuznost orgánů při transplantacích) RNA
RNA diagnostika neurofibromatózy typu 1 Kratochvílová A. , Kadlecová J
Molekulární biotechnologie č.14
Protein synthesis, proteolysis, and cell cycle transitions Nobel Lecture, december 9, 2001 TIM HUNT.
CYCLIN DEPENDENT KINASES AND CELL CYCLE CONTROL Nobel Lecture, December 9, 2001 Paul M. Nurse.
Molekulární základy dědičnosti
Reprodukce buněk Nové buňky mohou v současné etapě evoluce vznikat pouze dělením buněk již existujicích. Dělením buněk je zajišťována: Reprodukce jedinců.
Od DNA k proteinu.
Molekulární biotechnologie č.6b Zvýšení produkce rekombinatního proteinu.
GENETICKÁ INFORMACE je informace, která je primárně obsažena v nukleotidové sekvenci v nukleotidových sekvencích jsou obsaženy následující informace: o.
Fyziologie reprodukce a základy dědičnosti FSS 2009 zimní semestr D. Brančíková.
EXPRESE GENETICKÉ INFORMACE Transkripce
Buněčné dělení Základy biologie
Prediktivní a prognostická patologie Prediktivní a prognostická patologie Část I Část I.
Regulace transkripce v haploidních buňkách a1, a2 +  1,  2 kódují transkripční faktory, které ovlivňují transkripci 3 skupin genů a-spec.= MFA1,2 (a-feromon),
Párování/mating S. cerevisiae
Analýza a separace nukleových kyselin
DNA diagnostika II..
2014 Výukový materiál MB Tvůrce: Mgr. Šárka Vopěnková Projekt: S anglickým jazykem do dalších předmětů Registrační číslo: CZ.1.07/1.1.36/
2014 Výukový materiál GE Tvůrce: Mgr. Šárka Vopěnková Projekt: S anglickým jazykem do dalších předmětů Registrační číslo: CZ.1.07/1.1.36/
Moderní metody buněčné biologie
Vítězslav Kříž, Biologický ústav LF MU
Párováni bazí, hybridizace a denaturace DNA/RNA hraje důležitou roli v přírodě i aplikacích: - struktura DNA a duplikace genetické informace - transkripce.
RNA savčí buňka: pg celkové RNA rRNA (28S,18S, 5S) 80-85% tRNA, snRNA 15-20% mRNA 1-5% mRNA molekul/buňku, tj rozdílných transkriptů.
Biotechnologie, technologie budoucnosti Aleš Eichmeier.
Replikace genomu Mechanismus replikace Replikace u bakterií Replikace u eukaryotnich buněk.
EU peníze středním školám Název vzdělávacího materiálu: Nukleové kyseliny II. - RNA, proteosyntéza Číslo vzdělávacího materiálu: ICT10/16 Šablona: III/2.
Environmentální aplikace molekulární biologie
Herpetické viry-úvod RNDr K.Roubalová CSc..
qRT-PCR Kryostat Mgr. Jiřina Medalová, Ph.D. Mgr. Martina Lánová RNDr. Josef Večeřa, Ph.D. Bc.
TRANSKRIPCE DNA.
Diferenciace a buněčná smrt Regulace buněčného cyklu
Rozmnožování buněk - meióza
RT – PCR: návrh primerů.
Molekulární biotechnologie
Metody analýzy mikroorganismů II
Reprodukce buněk Nové buňky mohou v současné etapě evoluce vznikat pouze dělením buněk již existujicích. Dělením buněk je zajišťována: Reprodukce jedinců.
Buněčný cyklus a molekulární mechanismy onkogeneze.
Buněčná fyziologie Buněčné membrány: 1.1 Vlastnosti membrán
Zkoumáme přírodu pomocí DNA
Studium lidského genomu
Základy genomiky V. Analýza protein-proteinových interakcí Jan Hejátko
Od DNA k proteinu - v DNA informace – geny – zápis ve formě 4 písmen = nukleotidů = deoxyribóza, fosfátový zbytek, báze (A, T, C, G) - DNA = dvoušroubovice,
1. Regulace genové exprese:
Buněčný cyklus buněčný cyklus (generační doba) - doba mezi dvěma mitózami (rozdělení buňky na dvě dceřinné) - velmi variabilní, podle typu tkáně.
NUKLEOVÉ KYSELINY Dusíkaté báze Cukry Fosfát guanin adenin tymin
18b-Metody studia nukleových kyselin
MiRNA
Transkript prezentace:

Dynamika exprese mRNA Sak, Polo kinázy 4, během růstu a zrání prasečího oocytu Autor: Milan Blaha Konzultant: Prof. MVDr. Jan Motlík, DrSc. Škola: Havlíčkovo gymnázium Havlíčkův Brod Pracoviště: Ústav živočišné fyziologie a genetiky Akademie věd České republiky Liběchov

Úvod Polo kinázy – důležité regulátory buněčného cyklu, mitózy, meiózy i diferenciace všech eukaryot charakteristické (krom Plk4) dvěma polo-boxy na C-konci. Plk4 obsahuje jen jeden polo-box a 3 PEST sekvence. První objevena v 80. letech 20. století u mutace polo Drosophily. Známe 4 Polo kinázy savců: Plk1, Plk2 (Snk), Plk3 (myší Fnk, lidská Prk), Plk4 (Sak, Stk18) Oocyt – neocenitelný model pro studium buněčného cyklu Prasečí model je v mnohém výhodnější než myší.

Plk4 (Sak) Dvě izoformy (Sak-a – 104 kDa, Sak-b – 53 kDa) – odlišná fukce. Protein i mRNA v proliferujících buňkách v S-G2-M, důležitá role v embryogenezi, indikátor proliferační aktivity. Nutná pro APC-dependentní ubiquitinaci cyklinu B1. Nadměrná exprese inhibuje buněčný růst, regulace funkce Sak-a je nezbytná pro korektní duplikaci centrozomů a regulaci mitotických struktur během buněčného dělení. Poruchy duplikace centrozomů byly zjištěny i u Plk4-/+ buněk a ukazují na možnou spojitost s p53. V lidských leukocytech je její exprese indukována Tec, která aktivuje c-Fos transkripční faktor. Inaktivace c-fos inhibuje růst buněk, ale mutace způsobuje růst nadměrný. AP-1 vazebný motiv je v promotoru sak.

Cíle Určení parciální sekvence cDNA pro Plk4 exprimovanou v prasečím oocytu a analýza této sekvence Zjištění dynamiky exprese mRNA pro Plk4 během růstu a zrání prasečího oocytu Efekt a-amanitinu na tuto expresi

Metody Izolace a kultivace oocytů, granulózních a kumulárních buněk Izolace totální RNA pomocí RNeasy Mini Kit® (QIAGEN) RT a PCR Molekulární klonování v plazmidických vektorech pomocí TA Cloning Kit® (Invitrogen) Izolace plazmidické DNA pomocí QIAGEN® Plasmid Midi Kit Sekvenace Sak-inzertu (BigDye® Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit a sekvenátor ABI PRISM 310, AB) Kvantifikace množství mRNA pomocí jednokrokové Real-Time RT-PCR

Výsledky - analýza parciální sekvence prasečí Plk4 Po odfiltrování sekvencí vektoru a primerů navržených na myší sekvenci získáváme úsek cDNA, který kóduje tuto sekvenci 343 AA: Organismus Homologie Pes 78% Šimpanz 77% Člověk Kur 65% Myš 62% Drápatka 48% VEIQQNRLSLSSVLDHPFMSRNSSTKNKDLGTVEDSIDSGHATISTAITASSSTSICGSLFDRRKLLIDQPLPNKVTIFPKNKNSSDFTSSGDRSSFYTQWGNQEQETSNSGRGRIIQEAEERPHSRYLRRAHSSDRSGTSNQSRAKTYTMERCHSAEMLSKSKRSGVDENEEGYSPTNSNANIFNVFKEKTSSGSGSFEGPDNNQALSNHLCPGKTPFPFPDQTAQTEMVQQWFGNLQIHDPFSEQSKTRGTEPPLGYQKRTLRSITSPLTAYRLKPIRQKTKKAVVSILDSEEVCVELLKEFASQEYVKEVLQISSDGSMITIYYPNDGRGFPLADRPPSP Na lidské sekvenci se jedná o AA: 247-485 a 564-665 Konec kinázové domény PEST1 Sek. charakteristická pro Sak-a Začátek domény interagující s Tec a Sak kinázovou doménou

Výsledky – dynamika exprese Vzorek Poměr (objem) Poměr (oocyty) 1 1,000 2 1,255 2,452 3 0,469 1,584 4 0,452 1,526 5 0,420 1,416 Vzorky: 1 – rostoucí oocyty s průměrem 80 mm; 2 – rostoucí oocyty s průměrem 100 mm; 3 – FG oocyty (120 mm) v GV; 4 – FG oocyty (120 mm) v M-I; 5 – FG oocyty (120 mm) v M-II

Výsledky – efekt a-amanitinu a-amanitin – inhibitor exprese RNA, váže se na RNA-polymerázu II a III, čímž inhibuje jejich elongační krok. Byla užita koncetrace 10 ng/ml média. 1,000 1,384 0,885 0,000 0,200 0,400 0,600 0,800 1,200 1,400 1,600 1 2 3 Vzorek Poměr Vzorky: rostoucí oocyty s 80 mm v průměru bez kultivace v a-amanitinu rostoucí oocyty s 80 mm v průměru kultivované v a-amanitinu po dobu 8 hodin rostoucí oocyty s 80 mm v průměru kultivováné v a-amanitinu po dobu 20 hodin

Výsledky – efekt a-amanitinu na expresi referenčních genů Efekt stejné koncentrace (10 ng/ml kultivačního média) a-amanitinu byl zkoumán na prasečích kumulárních buňkách (PCC) na expresi b-aktinu a histonu 2A. 1,000 0,363 0,278 0,000 0,200 0,400 0,600 0,800 1,200 1 2 3 Vzorek Poměr b-aktin Histon 2A Vzorky: 1 – prasečí kumulární buňky (PCC ) bez kultivace v a-amanitinu; 2 – PCC kultivované v a-amanitinu po dobu 8 hodin, 3 – PCC kultivované v a-amanitinu po dobu 20 hodin

Diskuse Sak také pravděpodobně sehrává již dříve diskutovanou roli v APC dependentní degradaci cyklinu B. Stabilizovaný Sak transkript tvoří zásobu mRNA pro transkripčně neaktivní embryonální stádia. Efekt a-amanitinu se v oocytu zpožďuje díky jeho velikosti a intenzivní expresi Sak. Je třeba identifikovat Sak protein, jeho aktivitu během růstu a zrání oocytu, vztah k AP-1, c-Fos a APC.