B130P16: Praktické základy vědecké práce Katedra fyziologie rostlin, PřF UK RNDr. Jan Petrášek, Ph.D. Nezbytnost průběžného.

Slides:



Advertisements
Podobné prezentace
Číslo DUM: VY_32_INOVACE_04_01 Autor: Mgr. Ivana Matyášková
Advertisements

Výhody a nevýhody, software pro grafiku
Typy programů operační systémy programy pro práci se soubory
Software Dělení programů.
Software (programy) Vypracoval: Mgr. R. Jančar ZŠ Na Planině 1393/3, Praha 4 Krč Zdroj obrázků: Alfacomp.cz (pokud není uvedeno jinak)
Systémový software Aplikační software
Softwarový systém DYNAST
Ing. Bohuslava Vitekerová
3.1. Typy vědeckých sdělení a periodik ústní forma - víceméně nezávazná forma sdělení, nezakládá prioritu sdělení formou semináře či přednášky na konferenci.
B130P16: Praktické základy vědecké práce Katedra experimentální biologie rostlin PřF UK SciVerse - plnotextové vyhledávání.
B130P16: Praktické základy vědecké práce Katedra experimentální biologie rostlin PřF UK Jak připojit přenosný počítač do.
Nezbytnost průběžného zpracovávání experimentálních dat 2.1. Základní organizace práce, typy dat - vyvarovat se přístupu „letos experimentuji a příští.
Název školy: Základní škola a Mateřská škola Kladno, Vodárenská 2115 Autor: Mgr. Ilona Sadílková Materiál: VY_32_INOVACE_ICT34.11 Téma: Windows Číslo projektu:
SOFTWARE.
Opakování učiva ZÁKLADY INFORMATIKY
Praktické základy vědecké práce (B130P16) Zajišťuje: Katedra experimentální biologie rostlin Stav předmětu: vyučován Rozsah v ZS: 0/2 Z (hodiny/týden)
Anotace Žák definuje aplikační SW Autor Petr Samec Jazyk Čeština Očekávaný výstup Dokáže definovat aplikační software Speciální vzdělávací potřeby Ne Klíčová.
Střední průmyslová škola strojnická Olomouc, tř.17. listopadu 49 Výukový materiál zpracovaný v rámci projektu „Učíme moderně“ Registrační číslo projektu:
Referát č. 3 Počítač, jeho komponenty a periferní zařízení (principy fungování, digitální záznam informací, propojení počítače s dalšími (digitálními)
Název a adresa školy Střední škola zemědělská a přírodovědná Rožnov pod Radhoštěm nábřeží Dukelských Hrdinů Rožnov pod Radhoštěm Název operačního.
* Slouží pro vytváření a úpravu textových dokumentů. * Dnešní pokročilé textové procesory umožňují do dokumentu vkládat kromě textu i obrázky, videa,
Programy pro zpracování grafiky
Počítačová grafika a prezentace 1 Radek Pinc
T1: Základy práce s počítačem
Lotus NotesJiří Beran Počítačová grafika. Lotus NotesJiří Beran Základní dělení počítačové grafiky: 1) Vektorová grafika – obrázek bereme jako množinu.
Opakování hardware a software.
Praktické základy vědecké práce (B130P16) Zajišťuje: Katedra experimentální biologie rostlin Stav předmětu: vyučován Rozsah v ZS: 0/2 Z (hodiny/týden)
Výukový materiál zpracován v rámci oblasti podpory 1.5 „EU peníze středním školám“ Název školy Obchodní akademie a Hotelová škola Havlíčkův Brod Název.
INFORMATIKA 7 Ukládání dokumentu III2 - I ANOTACE Materiál obsahuje prezentaci ve formátu Microsoft PowerPoint (.ppt) pro učivo v předmětu Informatika,
5.5. Vědecká publikace - hlavní výstup vědecké činnosti - spolu s patenty, nedá se kombinovat obojí - předmět duševního vlastnictví - jednu skutečnost.
Identifikátor materiálu: EU
Tomáš Veselý, Lukáš Ratkovský, Luboš Rauer.
5. Prezentace výsledků experimentální práce
B130P16: Praktické základy vědecké práce Katedra experimentální biologie rostlin PřF UK iHOP - plnotextové vyhledávání Pubmed.
B130P16: Praktické základy vědecké práce Katedra fyziologie rostlin, PřF UK RNDr. Jan Petrášek, Ph.D. Základní dělení 3.1.
B130P16: Praktické základy vědecké práce Katedra fyziologie rostlin, PřF UK RNDr. Jan Petrášek, Ph.D. Nezbytnost průběžného.
ZÁKLADNÍ ROZDĚLENÍ SOFTWARE
Vzdálené počítačové sítě a programování v prostředí Windows Okruhy ke zkoušce z předmětu: Ing. Zdeněk Votruba LVALVA.
Počítačové komponenty Jiří Vohradský. Co je počítač? Počítač je zařízení pro zpracování informací. Informace jsou v počítači ve formě různých druhů dat.
VY_32_INOVACE_51_Microsoft_Office_2010. Autor : Trýzna Stanislav Školní rok : 2011/2012 Určeno pro : šestý ročník Předmět: informatika Téma : základní.
3. Odborná literatura, její zdroje na Internetu a PřFUK B130P16: Praktické základy vědecké práce Katedra experimentální biologie rostlin PřF UK
Něco pro gurmány aneb statistiky á la Verde Michaela Beitlová.
Možnosti využití programu HYDATA. Co je HYDATA? program pro tvorbu databáze dat a jejich dalšího zpracování –(srážky, průtok, výpar a další meteorologická.
3. Odborná literatura, její zdroje na Internetu a PřFUK
Kartografie v ArcGIS.
Základní pojmy v informatice Bohumil Bareš. Základní pojmy Data – soubory, jiný výraz pro „informace“, jsou to údaje, které vypovídají o světě, mohou.
Maturitní okruh 16: TABULKOVÝ PROCESOR
Digitální výukový materiál zpracovaný v rámci projektu „EU peníze školám“ Projekt:CZ.1.07/1.5.00/ „SŠHL Frýdlant.moderní školy“ Škola:Střední škola.
Microsoft Office Excel – práce s tabulkami a analýzy
Nezbytnost průběžného zpracovávání experimentálních dat 2.1. Základní organizace práce, typy dat 2. Praktické postupy zpracování experimentálních dat -
Rozdělení softwaru Obecná informatika. Projekt: CZ.1.07/1.5.00/ OAJL - inovace výuky Příjemce: Obchodní akademie, odborná škola a praktická škola.
Název školy: Základní škola Městec Králové Autor: Mgr. Petr Novák Název: VY_32_INOVACE_45_Inf8_9 Číslo projektu: CZ.1.07/1.4.00/ Téma: Programové.
ÚVOD DO PŘEDMĚTU INFORMAČNÍ TECHNOLOGIE. OPERAČNÍ SYSTÉM Je v informatice základní programové vybavení počítače (tj. software), které je zavedeno do paměti.
ŠKOLA: Gymnázium, Chomutov, Mostecká 3000, příspěvková organizace AUTOR:Mgr. Jiří Kolář NÁZEV:VY_32_INOVACE_08B_18_Aplikační_programy TEMA:HARDWARE A SOFTWARE.
Mgr. Barbora Pilárová Příjemce: ZŠ Břidličná, okr. Bruntál Komenského BŘIDLIČNÁ Doporučeno pro: 6. ročník Předmět: Informatika VY_32_INOVACE_05_SOFTWARE.
Číslo a název klíčové aktivity: III/2 Inovace a zkvalitnění výuky prostřednictvím ICT Číslo DUM: VY_32_INOVACE_INF_612 Jméno autora: Mgr. Marie Kardová.
Software Programové vybavení počítače. Operační systém Je nejdůležitějším software prvkem v počítači Zajišťuje komunikaci mezi uživatelem a hardware „program“
Druhy aplikačních programů – rozdělení podle účelu 1
Software Počítače - rozdělení podle účelu
Vypracoval / Roman Málek
2. Praktické postupy zpracování experimentálních dat
Praktické základy vědecké práce (B130P16)
Operační Systém Operační systém je v informatice základní programové vybavení počítače (tj. software), které je zavedeno do paměti počítače při jeho.
Vlastnosti souborů Jaroslava Černá.
Číslo projektu školy CZ.1.07/1.5.00/
Číslo projektu CZ.1.07/1.4.00/ Název sady materiálů
2. Praktické postupy zpracování experimentálních dat
2. Praktické postupy zpracování experimentálních dat
Software (programy) Vypracoval: Mgr. R. Jančar
Informační a komunikační technologie 5. ročník
Transkript prezentace:

B130P16: Praktické základy vědecké práce Katedra fyziologie rostlin, PřF UK RNDr. Jan Petrášek, Ph.D. Nezbytnost průběžného zpracovávání experimentálních dat 2.1. Základní organizace práce, typy dat 2. Praktické postupy zpracování experimentálních dat - vyvarovat se přístupu „letos experimentuji a příští rok vyhodnocuji“ - nutnost zvládnutí určitého spektra software Typy dat: - číselná data - surová či do číselné podoby převedená, získat je lze s využitím určité pomůcky (pravítko) či přístroje (spektrofotometr) - obrazová data - dnes tvoří velmi významnou část výsledků, nutnost jejich kvantifikace - strukturní - analytický typ dat, typické jsou např. výstupy ze sekvenačních přístrojů či hmotnostních spektrometrů

B130P16: Praktické základy vědecké práce Katedra fyziologie rostlin, PřF UK RNDr. Jan Petrášek, Ph.D Základní organizace práce, typy dat 2. Praktické postupy zpracování experimentálních dat Programové vybavení v dnešní experimentální laboratoři: - programy řídící přístroje - často jsou velmi komplexní a nabízejí více než je potřeba (PCR cycler), důležitá je forma výstupu (nejčastěji v podobě tabulkové či textové) - specializované programy - zejména v oblasti zpracovávání strukturních a sekvenčních dat a v oblasti analýzy obrazu - obecné programy - textové a tabulkové editory, grafické programy, prezentační programy, zejména produkty Microsoft - programy s otevřeným zdrojem - tzv. Open source, dobrý nástroj v oblasti specializovaných programů, někdy problematická kompatibilita - online programy - hlavně v oblasti bioinformatiky

B130P16: Praktické základy vědecké práce Katedra fyziologie rostlin, PřF UK RNDr. Jan Petrášek, Ph.D. 2. Praktické postupy zpracování experimentálních dat 2.2. Průzkumníci souborů, správné ukládání dat Správa souborů pomocí průzkumníka souborů operačního systému Windows (Windows Explorer) či dalších programů (Windows Commander) Protokolování podle data - složku vytvořit nejlépe ve formátu YYMMDD, tj. např Musí korespondovat s datem v laboratorním deníku. Neměnit složku základních dat - pro účely zpracování dat je kopírovat do další složky obsahující protokol k experimentu Zálohování dat nutností - nejlépe jak na externí HDD či DVD či CD tak na diskové prostory, které jsou k dispozici v rámci pracoviště Zálohování neodkládat! Snažit se dokončit experiment s perfektní dokumentací - pokud není, nepouštět se do dalších

B130P16: Praktické základy vědecké práce Katedra fyziologie rostlin, PřF UK RNDr. Jan Petrášek, Ph.D. 2. Praktické postupy zpracování experimentálních dat 2.2. Průzkumníci souborů, správné ukládání dat Windows Explorer

B130P16: Praktické základy vědecké práce Katedra fyziologie rostlin, PřF UK RNDr. Jan Petrášek, Ph.D. 2. Praktické postupy zpracování experimentálních dat 2.2. Průzkumníci souborů, správné ukládání dat

B130P16: Praktické základy vědecké práce Katedra fyziologie rostlin, PřF UK RNDr. Jan Petrášek, Ph.D. 2. Praktické postupy zpracování experimentálních dat 2.2. Průzkumníci souborů, správné ukládání dat Windows Commander

B130P16: Praktické základy vědecké práce Katedra fyziologie rostlin, PřF UK RNDr. Jan Petrášek, Ph.D. 2. Praktické postupy zpracování experimentálních dat 2.3. Tabulkové procesory, statistické programy, editory grafů Hromadné zpracování dat, jejich přepočty a vynášení do grafů Microsoft Excel - vyhovuje pro všechny základní úlohy zpracování dat, obsahuje jak základní statistiku tak možnost tvorby grafu Specializované statistické programy - v případě potřeby hodnocení více statistických parametrů, např. Statgraphics, NCSS

B130P16: Praktické základy vědecké práce Katedra fyziologie rostlin, PřF UK RNDr. Jan Petrášek, Ph.D. 2. Praktické postupy zpracování experimentálních dat Microsoft Excel - vedení kompletního protokolu, automatizace operací 2.3. Tabulkové procesory, statistické programy, editory grafů

B130P16: Praktické základy vědecké práce Katedra fyziologie rostlin, PřF UK RNDr. Jan Petrášek, Ph.D. 2. Praktické postupy zpracování experimentálních dat 2.3. Tabulkové procesory, statistické programy, editory grafů Sigma Plot - vytváření grafů, nejčastěji sloupcové, spojnicové a histogramy

B130P16: Praktické základy vědecké práce Katedra fyziologie rostlin, PřF UK RNDr. Jan Petrášek, Ph.D. 2. Praktické postupy zpracování experimentálních dat 2.3. Zpracování strukturních a sekvenčních dat Notepad

B130P16: Praktické základy vědecké práce Katedra fyziologie rostlin, PřF UK RNDr. Jan Petrášek, Ph.D. 2. Praktické postupy zpracování experimentálních dat 2.3. Zpracování strukturních a sekvenčních dat Vector NTI (Invitrogen)

B130P16: Praktické základy vědecké práce Katedra fyziologie rostlin, PřF UK RNDr. Jan Petrášek, Ph.D. 2. Praktické postupy zpracování experimentálních dat 2.3. Analyzátory obrazu, grafické programy, prezentační programy ImageJ (NIH)

NIS elements (Lucia) B130P16: Praktické základy vědecké práce Katedra fyziologie rostlin, PřF UK RNDr. Jan Petrášek, Ph.D. 2. Praktické postupy zpracování experimentálních dat 2.3. Analyzátory obrazu, grafické programy, prezentační programy

NIS elements (Lucia) B130P16: Praktické základy vědecké práce Katedra fyziologie rostlin, PřF UK RNDr. Jan Petrášek, Ph.D. 2. Praktické postupy zpracování experimentálních dat 2.3. Analyzátory obrazu, grafické programy, prezentační programy

Leica LSM B130P16: Praktické základy vědecké práce Katedra fyziologie rostlin, PřF UK RNDr. Jan Petrášek, Ph.D. 2. Praktické postupy zpracování experimentálních dat 2.3. Analyzátory obrazu, grafické programy, prezentační programy

Zeiss LSM browser B130P16: Praktické základy vědecké práce Katedra fyziologie rostlin, PřF UK RNDr. Jan Petrášek, Ph.D. 2. Praktické postupy zpracování experimentálních dat 2.3. Analyzátory obrazu, grafické programy, prezentační programy

Kleine-Vehn, unpublished 8 bit – 256 stupňů šedi 12 bit – 4096 stupňů šedi 16 bit – stupňů šedi 2. Praktické postupy zpracování experimentálních dat

From the gallery of optical slices to the maximal projection PIN3::PIN3:YFP Maximální projekce 2. Praktické postupy zpracování experimentálních dat

Jelínková et al., prov. accepted, Plant Journal, 2009 Colocalization analysis 2. Praktické postupy zpracování experimentálních dat

Jelínková et al., prov. accepted, Plant Journal, Helpful hints in the processing of experimental data Colocalization analysis

FRAP v buňkách BY-2 exprimujících AtPIN1-GFP PrebleachPostbleachFRAP 30 min Distribuce proteinu PIN1 je v oblasti kortikální cytoplazmy značně dynamická. B130P16: Praktické základy vědecké práce Katedra fyziologie rostlin, PřF UK RNDr. Jan Petrášek, Ph.D. 2. Praktické postupy zpracování experimentálních dat 2.3. Analyzátory obrazu, grafické programy, prezentační programy

Vandenbussche et al., 2009, Development, accepted 2. Praktické postupy zpracování experimentálních dat

MD 2009, Malenovice, Beskydy Vandenbussche et al., 2009, Development, accepted

Spektrální detekce pomocí ZEISS META 510 detektoru, laser 477 nm GFP peak RFP peak Průkaz interakce pomocí FRET mezi dvěma proteiny in vivo (PIN1-ADL1)

Average fluorescence intensity measured over the emission spectrum in the following region of interests: ROI1 - middle cell plate ROI2, ROI3 - growing ends of the cell plate ROI4, ROI5 - transversal and longitudinal plasma membranes nm unmixed nm unmixed ROI1 - low FRET ROI2, ROI3 - high FRET ROI4, ROI5 - no FRET Průkaz interakce pomocí FRET mezi dvěma proteiny in vivo (PIN1, ADL1)

Irfan View / ideální nástroj na běžné prohlížení obrázků B130P16: Praktické základy vědecké práce Katedra fyziologie rostlin, PřF UK RNDr. Jan Petrášek, Ph.D. 2. Praktické postupy zpracování experimentálních dat 2.3. Analyzátory obrazu, grafické programy, prezentační programy

Corel Photo Paint Adobe Photoshop B130P16: Praktické základy vědecké práce Katedra fyziologie rostlin, PřF UK RNDr. Jan Petrášek, Ph.D. 2. Praktické postupy zpracování experimentálních dat 2.3. Analyzátory obrazu, grafické programy, prezentační programy

Corel Photo Paint či Corel Photoshop - pozor na nadbytečné úpravy!!!! B130P16: Praktické základy vědecké práce Katedra fyziologie rostlin, PřF UK RNDr. Jan Petrášek, Ph.D. 2. Praktické postupy zpracování experimentálních dat 2.3. Analyzátory obrazu, grafické programy, prezentační programy

B130P16: Praktické základy vědecké práce Katedra fyziologie rostlin, PřF UK RNDr. Jan Petrášek, Ph.D. 2. Praktické postupy zpracování experimentálních dat 2.3. Analyzátory obrazu, grafické programy, prezentační programy Corel Draw Adobe Illustrator