Konvergenční testy Bc. Jakub Malohlava
Simulace Monte Carlo výpočet souborových středních hodnot za pomocí Markovových řetězců parallel tempering simulace M replik současně při různých teplotách
Inicializační soubory GLOBAL.INI NN – Počet molekul vody v klastru INTERACT.INI WW_DIATOM_POTENTIAL_TYPE – 0 default, 1 TIP3P, 2 TIP4P, 3 TIP5P, 4 TIP5PA, 5 KJ ADMIX_TYPE – Index příměsi v interakčním modelu KJ, 0 čistý klastr, 1 s příměsí CALC_POLARIZABILITY – Výpočet polarizační energie u modelu KJ, 1 - ano MAIN.INI EQUILIB – Počet ekvilibrizačních kroků. NOSS – Počet simulačních kroků. OMIT – Počet Monte Carlo cyklů mezi vzorkováním. RESULTS_SAVE – Četnost ukládání výsledků. RND_SEED_VAL – 0 Začátek sekvence z náhodného čísla. TYPE_OF_PROGRAM – 1 Během simulace je použit pouze jeden potenciál. 2 – Počátek ze souboru z přerušeného výpočtu. 3 – Výpočet multiple histogram.
MC.INI SWITCH_ON_MOVE - Zapnout posun molekul při simulaci, TRUE – bude docházet k posunu. SWITCH_ON_ROT – Zapnout rotaci molekul při simulaci, TRUE – bude docházet k rotaci. Pokud tam bude cokoli jineho, rotace se vypne. SET_RATIO – Poměr počtu přijatých konfigurací k počtu navržených konfigurací. SET_RATIO_ROT – Poměr přijatých rotací k navrženým. MULTI_HIST.INI VARIANTA – 1 – Aritmetický průměr, 2 – Tsai-Jordan metoda průměrování hustoty stavu. MULTIPLE_HISTOGRAM – 1 – Bude použita metoda multiple histogram. ENERGY_LOW – Nejnižší hodnota energie histogramu[eV]. ENERGY_UP – Nejvyšší hodnota energie histogramu[eV]. NUM_ENERG_DEAL – Počet dílků v histogramu. MH_DOWN_TEMPER - Dolní mez teploty, pro kterou budou počítány termodynamické veličiny. MH_UP_TEMPER – Horní mez teploty, pro kterou budou počítány termodynamické veličiny. NUM_MH_TEMPER – Počet teplot, pro které budou počítány Multiple Histogram veličiny.
POL_ENERG.INI STOP_IT – 1 – pevný počet iterací el. pole, 2 – iterování do dosažení určité přesnosti. NMB_IT – Počet iterací pokud STOP_IT = 1. ACCUR_IT – Požadovaná přesnost výpočtu při STOP_IT = 2. WATER_PT.INI NUMBER_OF_SYSTEMS – Počet systémů (tzn. počet teplot nebo energií, při kterých poběží dané simulace). NUMBER_OF_CALC_SYSTEMS – Počet systémů, na kterých dochází k měření, musí být ≤ NUMBER_OF_SYSTEMS, vynechány jsou nejvyšší teploty. DOWN_T_E – Spodní mez, tzn. nejnižší teplota nebo energie, při které poběží daná simulace. UP_T_E – Horní mez, tzn. nejvyšší teplota nebo energie, při které poběží daná simulace. NASOBEK – Míra exponenciálního rozvržení teplot systému, je rovna podílu z rozdílu dvou nejvyšších teplot a dvou nejnižších teplot. ZEBRICEK – 0 – načte teploty ze souboru, jinak bude rozložení teplot exponenciální. SIMUL_EXCHANGE_RAT – Pravděpodobnost navrhnuti výměny systému (výměna systému / (výměna systému + simulace systému))
Polarizační energie
Počet replik
Pravděpodobnost výměny
Děkuji za pozornost