Určení rodičů (analýza paternity)

Slides:



Advertisements
Podobné prezentace
Genetické polymorfismy v kriminalistické historii
Advertisements

Single Nucleotide Polymorphism
Studium lidského genomu
Polymorfismy DNA a jejich využití ve forenzní genetice
Poznámky identifikaci SNP
Identifikace bakterií metodou broad-range PCR-HRMA
Užití fragmentové analýzy a multiplex PCR s vícebarevným fluorescenčním značením k detekci nejčastějších mutací u dědičných neuropatií (HMSN). P. Seeman,
Praktikum základů genomiky, zima 2007 Základy genomiky I. Úvod do bioinformatiky Jan Hejátko Masarykova univerzita, Laboratoř funkční genomiky a proteomiky.
Transkripce (první krok genové exprese)
Real-time PCR - princip
Transkripce a translace
Metody identifikace DNA –RFLP, PCR a RAPD
Imunologické, mikrosatelity, SSCP, SINE
Metody identifikace DNA RFLP, PCR a RAPD
Seminář pro maturanty z biologie 2007
PCR. Polymerase chain reaction PCR Je technika, která umožňuje v krátkém času namnožit daný kus DNA bez pomoci buněk užívá se, pokud je DNA velmi malé.
Počítačová část 1. Databáze na internetu: (Databáze, navržení primerů) 2. Fylogenetická analýza.
Projekt HUGO – milníky - I
Genetické metody v zoologii
Stránky praktika (
Molekulární biologie v oboru šlechtitelské praxe vojtech pivnicka.
STRATEGIE MOLEKULÁRNÍ GENETIKY
Struktura lidského genu
(genové mutace, otcovství, příbuznost orgánů při transplantacích) RNA
Počítačová část 1. Databáze na internetu: (Databáze, navržení primerů) 2. Fylogenetická analýza.
Sekvenování.
BLAST (basic local alignment search tool) Vyhledává podobné sekvence v databázích. Stal se nástrojem pro všechno. Určitou dobu kolektiv autorů držel krok.
rozdělení metod využitelnost jednotlivých metod náročnost metod používání metod perspektivy.
GENETICKÁ A FENOTYPOVÁ
Milada Teplá, Helena Klímová
Informační zdroje pro molekulární biologii M. Jurajda.
Polymorfismus lidské DNA.
Molekulárně biologické databáze
Molekulárně biologické databáze Pro zajímavost, nebude součástí zkoušky… Důležité, pravděpodobně bude u zkoušky…
SEKVENCE A:MASAQSFYLL SEKVENCE B:MASGQWLLAS Které oblasti A a B jsou si nejvíce podobné ? Jsou si A a B víc podobné než A a C ? Která ze sekvencí X1,...,Xn.
Vývoj mikrosatelitních markerů (SSR) KBO/125 Jiří Košnar, katedra botaniky PřF JU, 2012 Kurz byl financován z projektu FRVŠ 1904/2012.
Analýza mutace C282Y v genu pro hemochromatózu
Určení paternity prostým vyloučením (simple exclusion)
PCR Polymerase Chain Reaction
Kvantifikace nukleových kyselin
DNA diagnostika II..
„AFLP, amplified fragment length polymorphism“
Praktikum z genetiky rostlin JS Genetické mapování mutace lycopodioformis Arabidopsis thaliana Genetické mapování genu odolnosti k padlí.
Farmakogenetika Cíl Na základě interdisciplinárního integrace znalostí farmakologie a genetiky popsat vliv dědičnosti na odpověď organismu.
Sekvencování DNA stanovení pořadí nukleotidů v molekule DNA (primární struktury)
Molekulární biotechnologie č.10a Využití poznatků molekulární biotechnologie. Molekulární diagnostika.
SMAMII-8 Detekce polymorfismů v genomech. Metody molekulární diagnostiky Se zaměřují na vyhledávání rozdílů v sekvencích DNA a Identifikaci polymorfismů.
Ligázová řetězová reakce
QPCR PCR Sekvenování.
SEKVENOVÁNÍ DNA. Jedna z metod studia genů Využití v aplikovaných oblastech molekulární biologie – např. medicíně při diagnostice genetických chorob.
Environmentální aplikace molekulární biologie
Bi5130 Základy práce s lidskou aDNA
Molekulárně-biologické databáze
Struktura lidského genu
NÁZEV ŠKOLY: ČÍSLO PROJEKTU: NÁZEV MATERIÁLU: TÉMA SADY: ROČNÍK:
VY_32_INOVACE_19_28_Genetika
RT – PCR: návrh primerů.
GENETICKÁ A FENOTYPOVÁ
Užití fragmentové analýzy a multiplex PCR s vícebarevným fluorescenčním značením k detekci nejčastějších mutací u dědičných neuropatií (HMSN). P. Seeman,
Molekulární identifikace
Polymerase chain reaction Polymerázová řetězová rekce
Ivana Eštočinová, Pavla Fabulová, Markéta Formánková
Literatura Př.: chromozóm 1
Studium lidského genomu
Dominika verešová Kateřina Sapáková
1. Regulace genové exprese:
genetická informace jako „vstupenka“ do 21. století
genetická informace jako „vstupenka“ do 21. století
URČENÍ BAKTÉRIE RODU BORRELIA POMOCÍ DNA SEKVENACE
Typy genetických markerů
Transkript prezentace:

Určení rodičů (analýza paternity)

Techniky Dříve minisatelitový DNA fingerprinting alozymy, mtDNA Dnes převážně mikrosatelity Další možnosti: AFLP, SNPs, proteinový fingerprinting

mikrosatelity Tandemová opakování krátkých motivů Např. (CTTT)n Někdy i složitější (CTTT)n (CA)n Vysoce polymorfní Jednoduchá dědičnost Využití: analýza paternity, identity, populační struktury… CTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTT CTTTCTTTCTTTCTTTC CTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTT CTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTT CTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTT

PCR Polymerase chain reaction (jak z málo DNA udělat hodně)

PCR Z celkové DNA si namnožíme jen úsek, který nás zajímá. Co se bude množit? To určí primery. Primery – krátké oligonukleotidy komplementární k úsekům ohraničujícím místo našeho zájmu. primer AGGGGACGTACACTCAGCTTT templát TCCCCTGCATGTGAGTCGAAA primer DNA templátu tento úsek se bude množit

Při ochlazení dojde k reasociaci Denaturace (obvykle 95°C) při zvýšení teploty se oddělí komplementární vlákna DNA Při ochlazení dojde k reasociaci

Primery přidané v nadbytku kmitají díky Brownově pohybu Některé se dostanou do blízkosti komplementárních míst

V úseku mezi primery zůstanou vlákna DNA oddělena Při ochlazení primery přisednou rychleji než dojde k vzájemné reasociaci dlouhých vláken DNA (obvykle 50 - 65°C) V úseku mezi primery zůstanou vlákna DNA oddělena

Primery jsou prodlužovány přidáváním nukleotidů podle sekvence templátu (obvykle 72°C – optimum pro Taq polymerázu)

Při dalším zahřátí dojde k oddělení templátu a nově vzniklých vláken

Po ochlazení primery přisednou na templát i nově vzniklé fragmenty

Při 72°C dojde opět k prodlužování primerů a vzniku nových kopií

Při dalším zahřátí…

Ochlazení – nasednutí primerů 72°C vznik nových fragmentů 95°C denaturace

Alely se liší délkou CTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTT CTTTCTTTCTTTCTTTC + CTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTT CTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTT

Fragmentační analýza Probíhá v sekvenátoru

Elektroforéza kapilára gel

Elektroforéza kapilára gel laserový paprsek detektor

primer primer primer primer Fluorescenční značení CTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTT primer primer GAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAA Fluorescenční značení CTTTCTTTCTTTCTTT primer primer GAAAGAAAGAAAGAAA

Multiplex Více dvojic primerů v jedné reakci Různé značení Analýza se standardem standard

Určení paternity Matka Otec Mládě 1 Mládě 2

Určení paternity prostým vyloučením (simple exclusion)

genotypy Kód lokus 1 lokus 2 lokus 3 lokus 4 55 Soc. partner 90 98 130 188 216 220 275 439 56 Matka 195 254 196 232 233 297 57 230 212 267 58 59 184 204 273 60 Možní otci    73 94 200 243 305 379 1004 256 264 224 228 1005 274 180 245 289 1006 176 234 347 410 1007 146 214 25 168 301 1003 217

Identifikace mateřských alel u mláďat (na prvním lokusu málo alel – nebudeme se jím zabývat) Kód lokus 1 lokus 2 lokus 3 lokus 4 55 Soc. partner 90 98 130 188 216 220 275 439 56 Matka 195 254 196 232 233 297 57 230 212 267 58 59 184 204 273 60   73 94 200 243 305 379 1004 256 264 224 228 1005 274 180 245 289 1006 176 234 347 410 1007 146 214 25 168 301 1003 217

Zjištěni shody otcovských alel s alelami sociálního partnera → nalezení mimopárových mláďat Kód lokus 1 lokus 2 lokus 3 lokus 4 55 Soc. partner 90 98 130 188 216 220 275 439 56 Matka 195 254 196 232 233 297 57 230 212 267 58 59 184 204 273 60   73 94 200 243 305 379 1004 256 264 224 228 1005 274 180 245 289 1006 176 234 347 410 1007 146 214 25 168 301 1003 217

Dohledání genetických otců mimopárových mláďat mládě 57 Kód lokus 1 lokus 2 lokus 3 lokus 4 55 Soc. partner 90 98 130 188 216 220 275 439 56 Matka 195 254 196 232 233 297 57 230 212 267 58 59 184 204 273 60   73 94 200 243 305 379 1004 256 264 224 228 1005 274 180 245 289 1006 176 234 347 410 1007 146 214 25 168 301 1003 217

Dohledání genetických otců mimopárových mláďat mládě 59 Kód lokus 1 lokus 2 lokus 3 lokus 4 55 Soc. partner 90 98 130 188 216 220 275 439 56 Matka 195 254 196 232 233 297 57 230 212 267 58 59 184 204 273 60   73 94 200 243 305 379 1004 256 264 224 228 1005 274 180 245 289 1006 176 234 347 410 1007 146 214 25 168 301 1003 217

Databáze na internetu

DATABÁZE PROGRAMY Primární databáze DNA sekvencí GenBank (Amerika) EMBL (Evropa) DDBJ (Japonsko) BLAST Na stránkách NCBI, Ensembl BLAT Na stránkách USCS Primer3 – navrhování primerů In Silico PCR RepeatMasker Databáze genů Entrez Gene RefSeq Databáze genových expresních dat UniGene GEO Důležité odkazy NCBI - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ tam najdu skoro vše: GenBank, Entrez Gene, UniGene, MapViewer, BLAST… ENSEMBL - http://www.ensembl.org/ Genome Browser, BLAST USCS – http://genome.ucsc.edu/ Genome Browser, BLAT, In Silico PCR Databáze genomů NCBI Ensembl UCSC Genome Browser

FASTA >gi|gi-number|gb|accession|locus – description GATCCTCCATATACAACGGTATCTCCACCTCAGGTTTAGATCTCAACAACGGAACCATTGCCGACATGAGACAGTTAGGTATCGTCGAGAGTTACAAGCTAAAACGAGCAGTAGTCAGCTCTGCATCTGAAGCCGCTGAAGTTCTACTAAGGGTGGATAACATCATCCGTGCAAGACCAAGAACCGCCAATAGACAACATATGTAACATATTTAGGATATACCTCGAAAATAATAAACCGCCACACTGTCATTATTATAATTAGAAACAGAACGCAAAAATTATCCACTATATAATTCAAAGACGCGAAAAAAAAAGAACAACGCGTCATAGAACTTTTGGCAATTCGCGTCACAAATAAATTTTGGCAACTTATGTTTCCTCTTCGAGCAGTACTCGAGCCCTGTCTCAAGAATGTAATAATACCCATCGTAGGTATGGTTAAAGATAGCATCTCCACAACCTCAAAGCTCCTTGCCGAGAGTCGCCCTCCTTTGTCGAGTAATTTTCACTTTTCATATGAGAACTTATTTTCTTATTCTTTACTCTCACATCCTGTAG

GenBank Obsahuje velmi podrobnou informaci o sekvenci: Locus Základní vlastnosti sekvence (název, délka, typ) Definition Výpis genů v sekvenci Accession Databázové přístupové číslo Version Verze dané sekvence Keywords Pod kterými klíčovými slovy ji lze najít Source organism Zařazení v systému Reference Článek, kde byla daná sekvence publikována Features Podrobný popis jednotlivých genů včetně jejich pozic Origin Sekvence

Sekvence v genetické bance Jsou známy nějaké sekvence mamuta? Z jakého druhu mamuta jsou známé sekvence? (nejlépe cytochrom b) NCBI National Centre for Biotechnology Information http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Čemu je tato sekvence podobná? Chceme-li vyhledat sekvenci nejpodobnější k námi osekvenovanému neznámému vzorku, využijeme BLAST, opět na stránkách NCBI http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

BLAST Hledá lokální (částečné) podobnosti Basic Local Alignment SearchTool =========================================== Hledá lokální (částečné) podobnosti Na rozdíl od klasického alignmentu umožňuje velmi rychle a efektivně prohledávat velké databáze

Úloha Ze zbytků potravy medvěda v Pyrenejích jsem získal dvě sekvence. Čemu jsou tyto sekvence podobné? >sekvence1 atgaccaatattcgaaaaactcacccactaataaaaattgtaaacaacgcattcattgacctcccagctccgtcaaacatctcatcatgatgaaactttggctccctcctaggcatctgc >sekvence2 ctagccatgcactactcaccagacgcctcaaccgccttttcatcaatcgcccacatcactcgagacgtaaattatggctgaatcatccgctaccttcacgccaatggcgcctcaatattctttatctgcctcttcctacacatcgggcgaggcctatattacggatcatttctctactcagaaacctgaaacatcggcattatcctcctgcttgcaactatagcaacagcctt cataggctatgtcctcccgtgaggacaaatatcattctga Postup: Na stránce NCBI zadám, že chci použít BLAST. Pod možnostmi Basic BLAST vyhledám nucleotide BLAST a zadám tuto možnost. Do okénka vložím sekvenci například ve FASTA formátu. V možnosti Database zadám Others. Spustím BLAST.