Genetika mikroorganismů

Slides:



Advertisements
Podobné prezentace
6. Nukleové kyseliny Nukleové kyseliny jsou spolu s proteiny základní a nezbytnou složkou živé hmoty. Hlavní jejich funkce je uchování genetické informace.
Advertisements

Molekulární základy dědičnosti
Transkripce (první krok genové exprese: Od DNA k RNA)
BIOLOGIE 1 Rostliny Biologické vědy Metody práce v biologii
GENETIKA NUKLEOVÉ KYSELINY DNA, RNA
PROTEOSYNTÉZA A BIODEGRADACE
Nukleové kyseliny AZ-kvíz
NUKLEOVÉ KYSELINY BIOCHEMIE.
Autorem materiálu a všech jeho částí, není-li uvedeno jinak, je RNDr. Pavlína Koch ová CZ.1.07/1.5.00/ Autor materiálu:RNDr. Pavlína Kochová Datum.
Výukový materiál zpracován v rámci projektu EU peníze školám Registrační číslo projektu: CZ.1.07/1.5.00/ Šablona:III/2č. materiálu: VY_32_INOVACE_CHE_420.
Transkripce (první krok genové exprese)
Transkripce (první krok genové exprese)
Replikace DNA Milada Roštejnská Helena Klímová
Replikace DNA Tato prezentace se zabývá procesem Replikace DNA.
Digitální výukový materiál zpracovaný v rámci projektu „EU peníze školám“ Projekt:CZ.1.07/1.5.00/ „SŠHL Frýdlant.moderní školy“ Škola:Střední škola.
Transkripce a translace
Autorem materiálu a všech jeho částí, není-li uvedeno jinak, je RNDr. Pavlína Koch ová CZ.1.07/1.5.00/ Autor materiálu:RNDr. Pavlína Kochová Datum.
Proteosyntéza RNDr. Naďa Kosová.
Registrační číslo projektu: CZ.1.07/1.5.00/ Číslo DUM:
Nukleové kyseliny Struktura DNA a RNA Milada Roštejnská Helena Klímová
Nukleové kyseliny NA = nucleic acid Reprodukce organismů
Molekulární genetika DNA a RNA.
METABOLISMUS BÍLKOVIN II Anabolismus
NUKLEOVÉ KYSELINY A JEJICH METABOLISMUS
Genetika.
1 Škola:Chomutovské soukromé gymnázium Číslo projektu:CZ.1.07/1.5.00/ Název projektu:Moderní škola Název materiálu:VY_32_INOVACE_BIOLOGIE 2_11 Tematická.
Molekulární základy dědičnosti
Pro charakteristiku plazmidu platí: je kruhová DNA
Molekulární genetika.
Nukleové kyseliny RNDr. Naďa Kosová.
Didaktické testy z biochemie 6
Od DNA k proteinu.
Stavební plány: DNA a její replikace. Posloupnost aminokyselin v bílkovinných řetězcích je zakódována v dezoxyribonukleové kyselině – DNA, která je tvořena.
GENETICKÁ INFORMACE je informace, která je primárně obsažena v nukleotidové sekvenci v nukleotidových sekvencích jsou obsaženy následující informace: o.
Milada Teplá, Helena Klímová
Fyziologie reprodukce a základy dědičnosti FSS 2009 zimní semestr D. Brančíková.
EXPRESE GENETICKÉ INFORMACE Transkripce
I n v e s t i c e d o r o z v o j e v z d ě l á v á n í
Nukleové kyseliny Přírodní látky
Nukleové kyseliny Opakování
Transkripce a translace
Sacharidová složka nukleotidů
NUKLEOVÉ KYSELINY (NK)
Spontánní mutace Četnost: 10-5 – Příčiny:
2014 Výukový materiál GE Tvůrce: Mgr. Šárka Vopěnková Projekt: S anglickým jazykem do dalších předmětů Registrační číslo: CZ.1.07/1.1.36/
Základy molekulární genetiky. Bílkoviny Makromolekuly složené z aminokyselin jedna molekula bílkoviny tvořena obvykle stovkami aminokyselin v živých organismech.
Autor: Ing. Michal Řehulka  Přírodní makromolekulární látky (Biopolymery)  Vytvářejí dlouhé vláknité molekuly  Nesou a uchovávají genetickou informaci.
Ch_060_Nukleové kyseliny Ch_060_Přírodní látky_Nukleové kyseliny Autor: Ing. Mariana Mrázková Škola: Základní škola Slušovice, okres Zlín, příspěvková.
EU peníze středním školám Název vzdělávacího materiálu: Nukleové kyseliny II. - RNA, proteosyntéza Číslo vzdělávacího materiálu: ICT10/16 Šablona: III/2.
1. 1.Molekulární podstata dědičnosti. Čtyři hlavní skupiny organických molekul v buňkách.
DIGITÁLNÍ UČEBNÍ MATERIÁL
Exonové, intronové, promotorové mutace
Název školy: Gymnázium, Chomutov, Mostecká 3000, příspěvková organizace Autor: Datum tvorby: Mgr. Daniela Čapounová Název: VY_32_INOVACE_06C_19_Proteosyntéza.
Metabolismus bílkovin biosyntéza
Genetický kód – replikace
NÁZEV ŠKOLY: ČÍSLO PROJEKTU: NÁZEV MATERIÁLU: TÉMA SADY: ROČNÍK:
GENETIKA dědičnost x proměnlivost.
Metabolické děje II. – proteosyntéza
Nukleové kyseliny Charakteristika: biopolymery
Nukleové kyseliny obecný přehled.
Sacharidy Lipidy Bílkoviny Nukleové kyseliny Buňka
Od DNA k proteinu - v DNA informace – geny – zápis ve formě 4 písmen = nukleotidů = deoxyribóza, fosfátový zbytek, báze (A, T, C, G) - DNA = dvoušroubovice,
Molekulární základ dědičnosti
1. Regulace genové exprese:
Molekulární základy genetiky
Co to je DNA? Advanced Genetics, s.r.o..
NUKLEOVÉ KYSELINY Dusíkaté báze Cukry Fosfát guanin adenin tymin
INVESTICE DO ROZVOJE VZDĚLÁVÁNÍ
Biochemie – základní genetické pochody
Transkript prezentace:

Genetika mikroorganismů Z latinského genaó = tvořím Přenos genetické informace je základní atribut živé hmoty Základní genetické pochody jsou konzervativní = podobné u všech organismů (společný původ?) Genetická informace je uložená v nukleových kyselinách

Nukleové kyseliny Základní nositelky dědičné informace DNA = deoxirubonukleová kyselina (deoxyribonucleic acid) RNA = ribonukleová kyselina (ribonucleic acid) Fosfát – pentózová kostra s postranně navázanými bázemi Pořadí bází nese genetickou informaci

Nukleové kyseliny P P P P P P P P A T G C G A C C A G G G T C C T P P

Nukleové kyseliny DNA Deoxyribóza Báze Adenin, Guanin, Cytozin, Thymin Stabilnější Obvykle dvouvláknová (double-stranded = ds) RNA Ribóza Báze Adenin, Guanin, Cytozin, Uracil Méně stabilní Obvykle jednovláknová (single-stranded ss)

Báze nukleových kyselin Purinové báze Adenin Guanin Pyrimidinové báze Cytosin Thymin Uracil

Dvouřetězcové NK NK bývají obvykle dvouvláknové = dva samostatné řetězce NK jsou spojené vodíkovými vazbami mezi bázemi Báze se tzv. párují Oba řetězce jsou tzv. komplementární = nesou opačnou genetickou informaci („negativ a pozitiv“)

Párování bazí Základ všech genetických pochodů Párování umožňuje předávání a expresi genetické informace Purin (A, G) s pyridinem (T, U, C) 2 nebo 3 vodíkové můstky A = T A = U C ≡ G

Šroubovicová struktura Oba řetězce NK se vzájemně obtáčejí = dvojšroubovice Řetězce leží tzv. antiparalelně = konec jednoho leží u začátku druhého („hlava-pata“) podle popisu struktury pentózy jsou konce vlákna označovány jako 3’- a 5’-

Párování bazí DNA - DNA DNA – RNA RNA – RNA 5’- A T T C G G C T T A G G C G - 3’ 3’- T A A G C C G A A T C C G C - 5’ DNA – RNA 3’- U A A G C C G A A U C C G C - 5’ RNA – RNA 5’- A U U C G G C U U A G G C G - 3’

Genetická informace Pořadí bází určuje genetickou informaci Gen = úsek NK kódující nějakou funkci Strukturní gen – kóduje strukturu bílkoviny Gen pro RNA – kóduje strukturu RNA Soubor všech genů = genom Kromě genů jsou v NK i další úseky Regulační (řídící) Nekódující – bez funkce nebo s neznámou funkcí – evolučně pokročilejší organismy mají více nekódujících sekvencí

Genetické pojmy Intron = sekvence DNA nekódující bílkovinu vmezeřená do strukturního genu Sestřih = proces odstraňování intronů ze strukturního genu Promotor = sekvence DNA uvozující gen nebo operon Operon = sekvence několika genů se společnou regulací Kodon = trojice bází kódující jednu aminokyselinu v peptidovém řetězci Antikodon = sekvence tří bazí komplementární ke kodonu

Typy RNA mRNA (messanger, mediátorová) = přenos exprimovaných genů z jádra na ribozómy rRNA (ribozomální) = stavební funkce v ribozómech, uplatňují se při translaci tRNA (transferová) = čtení genetického kódu, přenos aminokyselin při syntéze proteinů

Základní genetické pochody Replikace (zdvojení) = kopírování genetické informace do nové molekuly NK Transkripce (přepis) = kopírování malé části genetické informace z DNA do RNA Translace (překlad) = syntéza primární struktury bílkoviny podle informace v RNA

Základní genetické pochody DNA replikace transkripce reverzní transkripce replikace RNA translace „Základní dogma molekulární biologie“ Bílkovina

Replikace Nutná pro předání genetické informace další generaci Enzym DNA polymeráza Rozpletení dsDNA Ke každému vláknu je dosyntetizováno druhé komplementární Semikonzervativní (polovina nové molekuly DNA pochází od rodiče, polovina je nová)

Semikonzervativní replikace

P G C T A P P P A A T G A T T C P P P P P G C T A

Exprese genů Funkční protein Soubor pochodů vedoucích od genu po funkční bílkovinu Možná regulace na všech úrovních transkripce translace gen mRNA polypeptid posttranslační modifikace transport Funkční protein

Transkripce Přepis jednoho nebo několika genů z DNA do mRNA Enzym RNA polymeráza

Reverzní transkripce Pouze u tzv. retrovirů (např. HIV) Přepis z RNA do DNA Enzym reverzní transkriptáza – nekontroluje chyby  mutace Vzniklá DNA je integrována (začleněna) do genomu  může vzniknout rakovina

Translace Syntéza bílkovin podle genetické informace Probíhá na ribozómech Ribozóm se posouvá po mRNA a syntetizuje peptid Čtení genetické informace podle genetického kódu mRNA

Genetický kód Soubor kódů pro všechny aminokyseliny 20 kódovaných aminokyselin Jedna aminokyselina je kódována třemi bázemi (tzv. triplet nebo kodon) Triplet = 64 kombinací  genetický kód je degenerovaný (více kódů pro jednu aminokyselinu) Genetický kód je univerzální (= až na výjimky stejný ve všech organismech)

Genetický kód

Čtení genetického kódu 5’- A U U C G G C U U A G G - 3’ N- Ile Arg Leu Arg -C Nukleové kyseliny jsou čteny i syntetizovány od 5’ konce Bílkoviny jsou čteny i syntetizovány od N konce

Čtecí rámec 1 aminokyselina je kódována 3 bázemi = záleží na tom, kde se začne číst Čtecí rámec, jsou 3 možné začátky čtení, ale jen jeden je správný 5’- A U U C G G C U U A G G - 3’ N- Ile Arg Leu Arg -C

Čtecí rámec 5’- A U U C G G C U U A G G - 3’ N- Ile Arg Leu Arg -C

Čtecí rámec 5’- A U U C G G C U U A G G - 3’ N- Ile Arg Leu Arg -C N- Phe Gly Leu -C

Čtecí rámec 5’- A U U C G G C U U A G G - 3’ N- Ile Arg Leu Arg -C N- Phe Gly Leu -C N- Ser Ala STOP -C

Genomika Genetická informace uložena v DNA U některých virů i v RNA Genomika = věda zabývající se genomy a genetickou informací Velikost genetické informace se udává v párech bazí (base pairs = bp)

Velikost genomů Organismus Bp Bakterioág MS2 3569 Escherichia coli 4.106 Mycoplasma genitalium 580 000 Nanoarchaeum equitans 490 885 Saccharomyces cerevisiae 2.107 Populus trichocarpa (topol) 4,8.108 Homo sapiens sapiens (člověk) 3,2.109 Fritillaria assyriaca 1,3.1011 Amoeba dubia (měňavka) 6,7.1011

Genetická informace Jaderná Mimojaderná Chromózómy = hlavní „velké“ DNA Mimojaderná Plasmidy = malé kruhové DNA u bakterií DNA v organelách (mitochondrie, plastidy)

Bakteriální genóm Obvykle kruhová DNA Obvykle jeden chromozóm Volně v cytoplazmě DNA obalena alkalickými aminy (spermin a spermidin) Časté plasmidy, i několik desítek Bez intronů Geny uspořádány do operonů

Eukaryotický genom Lineární DNA Obvykle více chromozómů (člověk 46) DNA je uložena v jádře obaleném dvojitou membránou Zahuštěna do kompaktní struktury pomocí alkalických bílkovin (histonů) Plasmidy výjimečné Geny mají introny Operony nenacházíme

Archeální genóm Mezistupeň mezi bakteriemi a eukaryoty Obvykle lineární Volně v cytoplasmě DNA obalena bílkovinami podobnými eukaryotickým histonům Primitivní introny Plasmidy (méně než bakterie) Geny organizované do operonů

Plasmidy Krátké cyklické úseky DNA Výskyt zejména u bakterií V buňce může být i několik stovek plasmidů, stejných i různých Některé plasmidy vzájemně nekompatibilní (nemohou být v jedné buňce) Nezávisle se replikují Občas vymizení

Plasmidy Postaru nazývané faktory Kódují vlastnosti, které bakterie k životu nutně nepotřebuje rezistenci vůči antibiotikům (tzv. RTF – Resistence Transfer Factor) nové metabolické dráhy (např. odbourávání uhlovodíků apod.) produkce toxinů

Plasmidy Význam v genetickém inženýrství umělé plasmidy s požadovanými vlastnostmi

Replikace u bakterií Dvojsměrná 3 fáze Iniciace (zahájení) v tzv. místě ori (origin = počátek) Elongace (prodlužování) Terminace (zakončení)

Replikační enzymy u bakterií DNA polymerázy 3 druhy (DNA-pol I. II. a III.) dNTP + DNAn  PP + DNAn+1 dNTP = dATP, dGTP, dCTP, dTTP napojování nukleotidů na 3’-konec neumí začátek řetězce, jen napojovat, potřebuje tzv. primer (očko) = krátká sekvence DNA nebo RNA DNA primáza syntetizuje krátký fragment RNA - primer

N H 2 O P -

Replikační enzymy u bakterií DNA ligáza spojuje delší řetězce DNA DNA helikázy rozplétají dvojšroubovici na jednotlivá vlákna

Iniciace replikace 1. Rozpoznání ori místa 2. Navázání helikáz DnaA proteiny – najdou ori místo a oddělí v něm oba řetězce DNA ori místo je bohaté na AT páry = snadno se oddělí vznik tzv. replikační vidlice 2. Navázání helikáz na oba konce vidlice se naváže helikáza a začne rozplétat DNA 3. Navázání DNA polymeráz a dalších replikačních enzymů

Iniciace replikace A A A A

Iniciace replikace A A A A

Iniciace replikace A A A A H H

Iniciace replikace A H H A A A

Iniciace replikace A H H A A A

Iniciace replikace Pol A H Pol H A A A

Iniciace replikace Pol A H Pol H A A A

Elongace DNA Syntézu obou řetězců katalyzuje enzymový komplex DNA-polymerázy III. Semidiskontinuální = jeden řetězec se syntetizuje nepřetržitě (vedoucí řetězec) a jeden po kratších úsecích (opožďující se řetězec) Okazakiho fragmenty = krátké úseky DNA (1000-2000 nukleotidů) DNA polymeráza syntetizuje řetězec ve směru 5’-3’, ale řetězce mají opačnou orientaci cca 500 nukletidů / s

Semidiskontinuální elongace 3’ 5’ vedoucí řetězec Pol 5’ 3’ Okazakiho fragmenty opožďující se řetězec 3’ 5’

Elongace DNA Syntéza opožďujícího se řetězce: Syntéza RNA primeru (primáza) Elongace fragmentu (DNA polymeráza I.) Odstranění primeru (DNA polymeráza I.) Zaplnění mezery (DNA polymeráza I.) Spojení řetězců (DNA ligáza)

Semidiskontinuální elongace 3’ 5’ vedoucí řetězec Pol 5’ 3’ primery opožďující se řetězec 3’ 5’

Terminace replikace Na tzv. ter místě Tus protein – inhibice helikázy

Replikace plasmidů Analogická repliklaci chromozómů Časově oddělená replikace vedoucího a opožďující se řetězce – tzv. replikace valivou kružnicí nejprve je syntetizován vedoucí řetězec, který vytlačí původní – 1. kopie plasmidu k vytlačenému původnímu řetězci se pomocí Okazakiho fragmentů dosyntetizuje nový řetězec – 2. kopie plasmidu

Replikace plasmidů

Replikace u eukaryot V principu stejná jako u bakterií Odlišnosti jiné DNA polymerázy (ale s podobnou funkcí) replikace probíhá na mnoha místech naráz eukaryotické chromozómy jsou lineární  na 5’ konci nových řetězců chybí úsek, který není na co navázat – speciální enzym telomeráza 3’ 5’ 3’ 5’ 5’ 3’ 5’ 3’

Replikace u archeí Velice podobná bakteriální replikaci DNA polymerázy strukturně podobné eukaryotickým, ale s podobnou funkcí jako u bakterií

Transkripce u bakterií 3 fáze Iniciace (zahájení) Elongace (prodlužování) Terminace (zakončení) Enzym RNA-polymeráza 5 podjednotek – a2bb’s Transkripce je zahajována na tzv. promotoru – uvozující úsek DNA různé promotory u různých genů Rychlost cca 40 nukleotidů / s

Sigma faktor Podjednotka s (sigma faktor) má za úkol rozpoznat promotor bakterie mají více sigma faktorů pro geny různého typu Síla promotoru = pravděpodobnost zahájení transkripce geny se silnějším promotorem jsou více exprimovány závisí na sekvenci promotoru i sigma faktoru

Pozitivní a negativní řetězec Transkripcí dsDNA vzniká ssRNA Přepisuje se jen jedno vlákno ze dvou = negativní vlákno Nepřepisované vlákno = pozitivní vlákno Analogie s fotografií – negativ a pozitiv

Iniciace transkripce 1. Spojení sigma-faktoru s RNA polymerázou s a2bb’ promotor přepisované geny

Iniciace transkripce 2. Sigma podjednotka rozpozná promotor a naváže RNA polymerázu na DNA s a2bb’ promotor přepisované geny

Iniciace transkripce 3. Rozpletení DNA

Iniciace transkripce 4. Zahájení syntézy RNA

Elongace RNA 5. Syntéza RNA – sigma-faktor se oddělí

Terminace transkripce Pomocí vlásenky terminátor = koncový úsek přepisované RNA palindromatická sekvence (symetrická) = páruje se sama se sebou a vzniká vlásenka vlásenka „vykolejí“ RNA polymerázu Pomocí r-faktoru bílkovina, rozpoznávající terminátor interakce s RNA polymerázou a ukončení transkripce

Transkripce u eukaryot V principu stejná jako u bakterií Odlišnosti více RNA polymeráz odlišných od bakteriální odlišné promotory k zahájení transkripce jsou potřeba iniciační faktory (bílkoviny); obvykle několik složitější iniciace složitější terminace, nejčastěji pomocí tzv. polyadenylačního signálu = sekvence AATAAA Posttranskripční úpravy mRNA

Posttranskripční úpravy mRNA U eukaryot je přepsaná mRNA ještě podrobena tzv. posttranskripčním úpravám vytvoření tzv. čepičky na 5’-konci komplex se specifickými proteiny sestřih = odstranění intronů polyadenylace 3’-konce

Transkripce u archeí Podobnosti i odlišnosti proti bakteriím a eukaryím Podobnosti s eukaryotickou transkripcí podobné RNA-polymerázy podobné iniciační faktory Podobnosti s bakteriální transkripcí žádné posttranskripční úpravy mRNA podobné promotory přepis operonů do jedné mRNA

Bakteriální translace

tRNA Prostředník při překladu z genetického kódu do „řeči“ aminokyselin Jednu aminokyselinu může přenášet více tRNA = izoakceptorové Ve struktuře tRNA jsou zařazeny i nestandardní nukleotidy (pseudouridin, 1-methylguanozin…) – vznik modifikací standardních nukleotidů 74-95 nukleotidů sekundární struktura připomíná jetelový lístek

tRNA Vazebné místo pro aminokyselinu Smyčky Antikodon

Antikodon Sekvence 3 nukleotidů komplementární s kodonem pro danou aminokyselinu Nestandardní nukleotidy umožňují rozšířené párování

Aktivace aminokyselin Proces napojování aminokyselin na tRNA Pro každý pár aminokyselina-tRNA existuje jeden enzym aminoacyl-tRNA-syntetáza Rozpoznává správné aminokyseliny i tRNA Syntetizuje jejich vazbu (energie ze štěpení ATP) aa + ATP  aa-AMP + PP aa-AMP + tRNA  aa-tRNA + AMP

Bakteriální ribozómy Kuličky složné z bílkovin a rRNA Označení komponent podle sedimentačního koeficientu celý bakteriální ribozóm má sedimentační koeficient 70S 16S-rRNA, 23S-rRNA, 5S-rRNA Dvě podjednotky malá 30S velká 50S

Vazebná místa na ribozómu Vazebné místo pro mRNA Aminoacylové místo (A-místo) – vazba nepřipojené aa-tRNA Peptidylové místo (P-místo) – vazba už hotového peptidového řetězce Výstupní místo pro tRNA (E-místo) – odchod deacylované tRNA

Průběh translace Iniciace Elongace – prodlužování řetězce Terminace rozpoznání čtecího rámce zařazení první aminokyseliny (formylmethionin) iniciační faktory (IF) - bílkoviny Elongace – prodlužování řetězce elongační faktory (EF) Terminace terminační (nesmyslný) kodon = nekóduje žádnou aminokyselinu, ale konec řetězce účast terminačních faktorů (RF)

Iniciace translace 1.Rozpad ribozómu na podjednotky E P A

Iniciace translace 2.Navázání fMet-tRNA fMet E P A

Iniciace translace 3.Navázání mRNA správné umístění pomocí tzv. Shine-Dalgarnovy sekvence E P A fMet

Shine-Dalgarnova sekvence Sekvence AGGA na mRNA, která se páruje s UCCU na 16S-rRNA Zajišťuje správné umístění mRNA na ribozóm ribozóm 3’ 5’ 16S-rRNA UCCU AGGA AUG iniciační kodon 5’ 3’ mRNA

Iniciace translace 4.Znovuspojení ribozomálních podjednotek E P A fMet

Elongace polypeptidového řetězce 6. Navázání další aminokyseliny do A místa Trp E P A fMet

Elongace polypeptidového řetězce 7. Vznik peptidové vazby fMet E P A Trp

Elongace polypeptidového řetězce 8. Posun ribozómu E A fMet P Trp

Elongace polypeptidového řetězce 9. Navázání další aminokyseliny E A fMet P Trp Lys

Elongace polypeptidového řetězce 10. Vznik peptidové vaby fMet Trp E A P Lys

Elongace polypeptidového řetězce 11. Posun ribozómu fMet Trp E A P Lys

Elongace peptidového řetězce mRNA

Terminace translace Terminační faktory RF1 a RF2 rozpoznají terminační kodón a za spolupráce s RF3 způsobí uvolnění tRNA, peptidu a rozpad ribozómu na podjednotky

Rychlost proteosyntézy 10-20 aminokyselin / s chybovost cca 1 nesprávná aminokyselina na 2000 správných

Translace polygenních RNA U bakteriích je mnoho mRNA polygenních = nesou více genů (např. operony) U každého genu nová iniciace translace

Návaznost transkripce a translace U bakterií dochází k rychlému navazování transkripce a translace na nehotovou mRNA už nasedají ribozómy a překládají polypeptid na jedné RNA může být současně 10-30 ribozómů posunujících se „za sebou“

RNA pol DNA RNA

peptid ribozóm ribozóm ribozóm ribozóm ribozóm ribozóm RNA pol DNA RNA

Eukaryotická transalce V principu podobná bakteriální ale s odlišnostmi ribozómy jsou větší a odlišné (80S) volné vázané na endoplasmatické retikulum – syntéza membránových bílkovin první aminokyselinou je methionin a ne formylmethionin eukarya nepoužívají Shine-Dalgarnovu sekvenci, správný začátek transalce je rozpoznáván pomocí čepičky více translačních faktorů

Eukaryotická transalce Prostorové oddělení eukaryální transkripce a translace transkripce probíhá v jádře translace probíhá mimo jádro – nutný transport Časové oddělení translace probíhá teprve po dokončení všech posttranskripčních úprav

Archeální transalce Podobnosti s bakteriální transalcí podobné ribozómy používání Shine-Dalgarnovy sekvence Podobnosti s eukaryální translací podobné translační faktory

Mutace Změna dědičné (genetické) informace Obvykle předávaná dalším generacím

Mutace Dělení podle příčiny samovolné (spontánní) – chyby při replikaci DNA vyvolané (indukované) – způsobené faktory vnějšího prostředí (mutageny)

Mutace Dělení podle rozsahu bodové – změna jednoho páru bazí chromozómové – změna delšího úseku DNA genomové – změna počtu chromozómů (jen u eukaryot)

Mutace Dělení podle následků neutrální – žádný vliv na vlastnosti a životaschopnost téměř neutrální – přibližně nulový vliv na vlastnosti a životaschopnost negativní – zhoršení vlastností či životaschopnosti pozitivní – zlepšení vlastností či životaschopnosti

Mutace Dělení podle následků pokles pravděpodobnosti neutrální – žádný vliv na vlastnosti a životaschopnost téměř neutrální – přibližně nulový vliv na vlastnosti a životaschopnost negativní – zhoršení vlastností či životaschopnosti pozitivní – zlepšení vlastností či životaschopnosti pokles pravděpodobnosti

Bodové mutace Obvykle změna jedné báze, ke které se při další replikaci připáruje správná ATTCTTGCGGTCGAATGCCGCTCAATCGG TAAGAACGCCAGCCTACGGCGAGTTAGCC

Bodové mutace Obvykle změna jedné báze, ke které se při další replikaci připáruje správná ATTCTTGCGGTCGAATGCCGCTCAATCGG TAAGAACGCCAGCCTACGGCGAGTTAGCC

Bodové mutace Obvykle změna jedné báze, ke které se při další replikaci připáruje správná ATTCTTGCGGTCGAATGCCGCTCAATCGG TAAGAACGCCAGCTTACGGCGAGTTAGCC ATTCTTGCGGTCGGATGCCGCTCAATCGG TAAGAACGCCAGCCTACGGCGAGTTAGCC

Bodové mutace Typy bodových mutací Inzerce a delece mění čtecí rámec tranzice – výměna purinu za purin resp. pyrimidinu za pyrimidin (A↔G C↔T) transverze – výmna purinu za pyrimidin a opačně (A,G↔C,T) inzerce – vložení nového páru bazí delece – odstranění jednoho páru bazí Inzerce a delece mění čtecí rámec

Bodové mutace Mutace s chybným smyslem (missense) = mutací vznikne kodon pro jinou aminokyselinu kódovaná bílkovina si obvykle uchová aktivitu Nesmyslné mutace (nonsense) = mutací vznikne stop-kodon vzniká neúplná bílkovina obvykle bez funkce

Chromozómové mutace Vznikají zlomem DNA a chybným znovuspojením koncová deficience – chybí koncová část DNA interkalární delece – chybí vnitřní část DNA inverze – část DNA je vložena obráceně translokace – přeskupení DNA duplikace – zdvojení DNA

Chromozómové mutace Původní DNA A B C D E F G Koncová deficience Interkalární delece A B C F G Inverze A D C B E F G Translokace A B D E F G C Duplikace A B C D C D C D E F G

Genomové mutace Změna počtu chromozómů Zvýšení a snížení Polyploidie = znásobení genetické informace obvykle max. hexaploidie, víceplodiní jádra se při mitóze rozpadají na dvě Aneuploidie = neúplná genetická informace

Spontání mutace Způsobené bez viditelného vlivu mutagenu Nesprávné párování bazí Deaminace bazí C  U (páruje se s A) A  hypoxantin (páruje se s C) G  xantin (nepáruje se, zastavení translace) Oxidativní poškození kyslíkové radikály, hlavně OH·, vznik z H2O2 (vedlejší produkt dýchacího řetězce) různé produkty se změněným párováním nebo bez párování

Mutageny mutagen = fyzikální faktor nebo chemická látka způsobující mutace Analoga bazí – strukturní podobnost, bazím, ale odlišné párování bodové mutace př. 5-bromuracil (AT↔GC) Kyselina dusitá – deaminace Alkylační látky – křížové vazby mezi řetězci Interkalární látky – planární molekuly, vmezeřují se mezi báze DNA a narušují operace s DNA polyaromatické uhlovodíky

Mutageny Ionizující záření (rentgen, radioaktivní…) excitace elektronů a vznik náhodných vazeb vliv přímo na DNA nebo nepřímo přes jiné molekuly, zejména vodu zlomy v DNA změny bazí UV záření – NK absorbují mezi 260-280 nm vznik thyminových dimerů

Reparační procesy Buňky mají schopnost opravy (reparace) poškozené DNA menší poškození je možno odstranit bez ztráty genetické informace Úplná oprava – chemická reakce odstraňující poškození odstranění thyminových dimerů Excizní oprava – vyštěpení jednoho řetězce v chybném místě a jeho správné dotvoření Tolerantní oprava – úprava poškozené DNA neodstraňující mutaci, ale umožňující funkci DNA (replikace, transkripce)

Konjugace u bakterií Proces výměny genetického materiálu mezi některými rody G- bakterií Je možný i mezi různými rody Zdroj variability a odolnosti bakterií Výměna probíhá pomocí kanálků tvořených fimbriemi Geny pro fimbrie jsou kódovány na F plazmidu (F+ / F-) F plazmid je epizóm = může se integrovat do genomu a vyštěpovat zpět jako plazmid

F+  F- konjugace Proces je jednosměrný z F+ buňky do F- buňky F+ - mají F plazmid, jsou schopné tvorby fimbrií a přenosu genetické informace F- - nemají F plazmid, mohou být akceptory Konjugace neprobíhá ve směru F+  F+ F- buňka se po přijetí stává F+ buňkou F+ buňka zůstává F+ buňkou

F+  F- konjugace 1. Spojení buněk kanálkem F+ F-

F+  F- konjugace 1. Spojení buněk kanálkem F+ F-

F+  F- konjugace 1. Spojení buněk kanálkem F+ F-

F+  F- konjugace 2. replikace F-plazmidu valivou kružnicí F+ F-

F+  F- konjugace 3. Dokončení druhého vlákna plazmidu F+ F-

F+  F- konjugace 4. Oddělení buněk F+ F-

Hfr konjugace Hfr = High frequency of recombination (vysoká frekvence rekombinace) Nastává, pokud se F-plazmid integruje do chromozómu S F-plazmidem se přenáší i kus chromozómu přenos mnoha genů začátek v místě integrace F-plazmidu Velmi pomalý proces (u E.coli cca 100 minut) – často předčasné přerušení Obvykle se nepřenese celý F-plazmid – recipientní buňka zůstane F-

Hfr konjugace 1. Spojení buněk kanálkem Hfr F-

Hfr konjugace 1. Spojení buněk kanálkem Hfr F-

Hfr konjugace 1. Spojení buněk kanálkem Hfr F-

Hfr konjugace 2. přenos části DNA do druhé buňky Hfr F-

Hfr konjugace 3. rozpad spojení Hfr F-

Hfr konjugace 4. Integrace části přenesené DNA do chromozómu příjemce

Další konjugace Existuje ještě řada dalších procesů výměny genetické informace mezi bakteriemi s různým mechanismem