„Next-Gen“ Sequencing

Slides:



Advertisements
Podobné prezentace
Transkripce (první krok genové exprese: Od DNA k RNA)
Advertisements

Studium lidského genomu
Poznámky identifikaci SNP
Užití fragmentové analýzy a multiplex PCR s vícebarevným fluorescenčním značením k detekci nejčastějších mutací u dědičných neuropatií (HMSN). P. Seeman,
Vyšetření parametrů buněčné imunity
Metody molekulární biologie
Transkripce (první krok genové exprese)
Transkripce (první krok genové exprese)
Modernizace a obnova přístrojového vybavení komplexního onkologického centra FN Brno Projekt „Modernizace a obnova přístrojového vybavení komplexního.
Real-time PCR - princip
Transkripce a translace
PCR - polymerase chain reaction -polymerázová řetězová reakce
Imunologické, mikrosatelity, SSCP, SINE
PCR. Polymerase chain reaction PCR Je technika, která umožňuje v krátkém času namnožit daný kus DNA bez pomoci buněk užívá se, pokud je DNA velmi malé.
Praktické cvičení č. 3 ZÁKLADY GENOVÉHO INŽENÝRSTVÍ Klonování PCR produktu do vektoru PCR®2.1-TOPO® a transformace do E. coli AMOLc Úvod do molekulární.
Transkriptom.
(genové mutace, otcovství, příbuznost orgánů při transplantacích) RNA
RNA diagnostika neurofibromatózy typu 1 Kratochvílová A. , Kadlecová J
Sekvenování.
Od DNA k proteinu.
F.I.S.H. hotovo.
Milada Teplá, Helena Klímová
Fyziologie reprodukce a základy dědičnosti FSS 2009 zimní semestr D. Brančíková.
EXPRESE GENETICKÉ INFORMACE Transkripce
MLPA MULTIPLEX LIGATION-DEPENDENT PROBE AMPLIFICATION
Vývoj mikrosatelitních markerů (SSR) KBO/125 Jiří Košnar, katedra botaniky PřF JU, 2012 Kurz byl financován z projektu FRVŠ 1904/2012.
PCR Polymerase Chain Reaction
DNA diagnostika II..
„AFLP, amplified fragment length polymorphism“
Transkripce a translace
2014 Výukový materiál GE Tvůrce: Mgr. Šárka Vopěnková Projekt: S anglickým jazykem do dalších předmětů Registrační číslo: CZ.1.07/1.1.36/
Expresní DNA microarray
Historie a metody genomiky
Technologické aspekty čipových technologií Boris Tichý LÉKAŘSKÁ FAKULTA MASARYKOVY UNIVERSITY Interní hematoonkologická klinika LF MU a FN Brno.
Farmakogenetika Cíl Na základě interdisciplinárního integrace znalostí farmakologie a genetiky popsat vliv dědičnosti na odpověď organismu.
Vítězslav Kříž, Biologický ústav LF MU
Diagnostické amplifikační metody nevyužívající PCR
Sekvencování DNA stanovení pořadí nukleotidů v molekule DNA (primární struktury)
DNA diagnostika a principy základních metod molekulární biologie
Párováni bazí, hybridizace a denaturace DNA/RNA hraje důležitou roli v přírodě i aplikacích: - struktura DNA a duplikace genetické informace - transkripce.
Mikročipy ..
Molekulární biotechnologie č.10a Využití poznatků molekulární biotechnologie. Molekulární diagnostika.
Ligázová řetězová reakce
Biotechnologie, technologie budoucnosti Aleš Eichmeier.
SEKVENOVÁNÍ DNA. Jedna z metod studia genů Využití v aplikovaných oblastech molekulární biologie – např. medicíně při diagnostice genetických chorob.
Genetika člověka – cytogenetické a molekulární metody Autor: Mgr. Jitka MaškováDatum: Gymnázium, Třeboň, Na Sadech 308.
PRŮKAZ NUKLEOVÉ KYSELINY Lékařská mikrobiologie – cvičení, jarní semestr 2016 Mikrobiologický ústav LF MU
Neurofibromatóza I von Recklinghausenova nemoc Zpracovali: Zuzana Melišová Peter Minárik Kateřina Matoušková Martin Šefčík.
Environmentální aplikace molekulární biologie
Sekvencování DNA stanovení pořadí nukleotidů v molekule DNA (primární struktury)
Masivně paralelní sekvenování
Manipulace s DNA Manipulace s proteiny Analýza genové exprese
Moderní metody analýzy genomu NGS aplikace
Bi5130 Základy práce s lidskou aDNA
Klonování DNA a fyzikální mapování genomu
NÁZEV ŠKOLY: ČÍSLO PROJEKTU: NÁZEV MATERIÁLU: TÉMA SADY: ROČNÍK:
Bi5130 Základy práce s lidskou aDNA
Moderní metody analýzy genomu Čipové technologie I
SMAMII Amplifikační metody.
Zpracování dat Lenka Radová
Užití fragmentové analýzy a multiplex PCR s vícebarevným fluorescenčním značením k detekci nejčastějších mutací u dědičných neuropatií (HMSN). P. Seeman,
Metagenomika Úvod Petra Vídeňská, Ph.D..
Sekvenování třetí generace
Ivana Eštočinová, Pavla Fabulová, Markéta Formánková
Zkoumáme přírodu pomocí DNA
Studium lidského genomu
1. Regulace genové exprese:
18b-Metody studia nukleových kyselin
URČENÍ BAKTÉRIE RODU BORRELIA POMOCÍ DNA SEKVENACE
MiRNA
Transkript prezentace:

„Next-Gen“ Sequencing LÉKAŘSKÁ FAKULTA MASARYKOVY UNIVERSITY Interní hematoonkologická klinika LF MU a FN Brno Centrum molekulární biologie a genové terapie „Next-Gen“ Sequencing Boris Tichý 27.11.2012

Nové technologie (od r. 2005) Massive parallel sequencing Statisíce až miliardy paralelních sekvenací Klonální amplifikace/sekvenování Jednotlivé sekvence odpovídají jednotlivým molekulám DNA/RNA Single molecule sequencing Techniky pro přímé sekvenování jednotlivých molekul DNA/RNA 2010 → řada dostupných technologií 454, Illumina, SOLiD, PacBio, Helicos, IonTorrent, Complete Genomics

Klonální amplifikace Emulzní PCR (emPCR) 454, SOLiD, Polonator PCR reakce uzavřeny v mikroreaktorech Kulička, enzym, nukleotidy Voda v oleji

Klonální amplifikace Bridge amplifikace Illumina Templát i PCR produkty fixovány k povrchu flow-cell Vznik “clusters”

Sekvenování Sekvenování syntézou Illumina, Helicos, Pacific Biosciences, IonTorrent, 454 Reverzibilně terminační, fluorescenčně značené nukleotidy Illumina, Helicos Fluorescenčně značené nukleotidy PacBio (SMRTTM) Neznačené nukleotidy IonTorrent (změny pH), 454 (pyrosekvenace)

Sekvenování Sekvenování ligací/hybridizací SOLiD, Polonator, Complete Genomics Hybridizace a ligace fluorescenčně značených sond Ligáza připojí sondu k primeru Sonda – degenerovaná, známý je pouze nukleotid na sekvenované pozici Single nebo two base kódování Většinou jen krátké úseky

Sekvenování Dlouhé vs. krátké SOLiD – max. 75b Illumina - max. 250b (500b paired-end) Roche (454) – max. 800b PacBio – až 10.000b Další generace? Single molecule Nanopores Electron microscopy

Využití Stejné nebo širší jako microarrays Celogenomové sekvenování (resekvenování i de-novo) Lze objednat, od ~ $10.000 (výzkum od $4.000) Deep sequencing (sekvenování s vysokým pokrytím) (pokrytí = počet přečtení konkrétní pozice) Sekvenování mikrobiomu, metagenomika Epigenomika Genová exprese BGI – největší sekvenační centrum (Čína) > 130 přístrojů poslední generace Kapacita > 1 900 000 000 000 000 bazí ročně (~ 300.000 lidských genomů)