ÚPT AVČR – oddělení Medicínské signály

SignalPlant workshop 2016 Program workshopu :50-9:00 – Úvodní slovo 9:00-10:20 - Blok 1 (základy) Přestávka (stravenky k vyzvednutí v předsálí) 10:40-12:20 – Blok 2 (zajímavější věci) Oběd (12:45-13:15) 13:30-14:25 – Blok 3 (ještě zajímavější věci) Přestávka 14:45-15:45 – Blok 4 (nejzajímavější věci) 16:00-16:50 – Vystoupení ÚDiF

SignalPlant workshop 2016 Historie vývoje programu SignalPlant Vývoj od roku 2013 na oddělení medicínských signálů ÚPT AVČR z důvodů inspekce a značkování rozsáhlých EKG a EEG záznamů Koncem roku 2013 přidána možnost rozšiřování funkcionality pomocí plug-in modulů (v současnosti přes 30 – filtry, detekce, frekvenční analýza…) V roce 2014 rozšíření mimo ÚPT Zpřístupněno pro veřejnost v roce Pluginy vyvíjeny novými vývojáři. Submitováno pro časopis Physiological Measurement (prosinec 2015). Červenec článek v časopise Physiological Measurement Říjen 2016 – první SignalPlant workshop A to jste i vy!

SignalPlant workshop 2016 Hlavní devizou SP je rychlost zobrazení + přátelské GUI, značkování, interaktivita při nastavování filtrů, nedestruktivní editace, rozšiřitelnost…

SignalPlant workshop 2016 Jak se instaloval SignalPlant ve světě? Registrované instalace od – celkem 483

Tak pojďme na to. A s jakými signály pracujete vy? SignalPlant workshop 2016

Blok 1- přednáška 1 – Základy SP (Instalace SP: - po stažení rozbalte archiv) Data „P1_zaklad. H5“ ke stažení na Výběr kanálů k zobrazení – myší či s pomocí masky Navigace v datech – myš/klávesnice/navigační panel/(SpaceMouse® později) Hladiny (datacache) – umožňují nedestruktivní editaci Vstupně – výstupní formáty (.h5,.edf,.mat,.csv,.txt,.d,.ecg,.wav,.bin,.svg,.eps,.png). Lze dále rozšířit pomocí pluginů. Pluginy – kde jsou v SP? A kde jsou na disku? Nápověda Zpětná vazba – kde hlásit chyby a kde žádat o novou funkcionalitu SignalPlant workshop 2016

Blok 1- přednáška 2 – Značky v SP Data „P2_znacky.h5“ na Značky slouží pro označení specifických oblastí v čase: artefakty, QRS komplexy v ECG, podněty v EEG… Mají tyto vlastnosti (a lze podle nich značky filtrovat): A) povinné - pozice vlevo, vpravo B) nepovinné - popis (info), skupina, validita, kanál Manuální vytvoření značky– Shift + klik/tažení Editace všech vlastností značky – dvojklik Snadná editace polohy je implicitně zamčená – (viz spodní okraj obrazovky) Seznam značek (CTRL+M) a jejich Export / Import SignalPlant workshop 2016

Blok 1- přednáška 3 – Filtry Data „P3_filtry.h5“ ke stažení na webu workshopu K čemu jsou filtry K odstranění závad v signálu (např. 50 Hz brum z rozvodné sítě) Ke zlepšení čitelnosti (např. odstranění izolinie v EKG) Ke zviditelnění určitých rysů, které v původním signálu nejsou patrné SignalPlant implementuje tyto filtry Smoothing(averaging, vyhlazení), IIR, FIR a FFT … Kde je najdeme? Plugins/filters Jak připojíme kanál do filtru? Kanálů může být libovolný počet. Mají (zpravidla) interaktivní nastavení – ukazují živý náhled Vytvářejí novou hladinu (datacache) => jsou nedestruktivní => pozor na RAM SignalPlant workshop 2016

Děkuji za pozornost Filip Plešinger SignalPlant workshop 2016

Blok 1- přednáška 4 – Python - Matlab HDF View GitHub Multiscale Electrophysiology Format - mef SignalPlant workshop 2016