Medicínské klasifikační systémy a nomenklatury Jana Zvárová Petra Přečková.

Prezentace na téma: "Medicínské klasifikační systémy a nomenklatury Jana Zvárová Petra Přečková."— Transkript prezentace:

1 Medicínské klasifikační systémy a nomenklatury Jana Zvárová Petra Přečková

2 Vymezení, pojmenování a třídění lékařských pojmů není optimální. Pro jeden pojem existuje často více než deset synonym. Se zaváděním výpočetní techniky v lékařství se tento problém prohloubil – potřeba jednoznačnosti zadání dat, vymezení pojmů, jejich přesné pojmenování atd. Klasifikace

3 Kódovací systémy omezují variabilitu vyjadřování. –Lze používat pouze schválené termíny a jejich spojení podle přesně stanovených pravidel. –Obvykle jsou namísto schválených termínů používány formální kódy. Schválené termíny nejsou řazeny, ale seřazeny jsou pojmy, které reprezentují. –Například chirurgické zákroky jsou rozděleny na zákroky na nervovém systému, na střevě, na hrudi a dále podrobněji specifikovány pro operace srdce, plic apod. Kódovací systémy

4 Vhodný kódovací systém rychle poskytne kód pro libovolný medicínský poznatek v případě, že je u daného pacienta známý. Kódovací systémy (2)

5 V mnoha případech je užitečné,když kódovací systém rovněž ukazuje neschválené termíny, které jsou užívány jako synonyma pro schválené termíny. Například neschválený termín Connův syndrom může odkázat na schválený termín primární hyperaldesteronismus a jeho kód 255.1 Kódovací systém, který je vybaven ještě takovou terminologickou informací se nazývá thesaurus. Tesaurus

6 Klasifikační systémy jsou takové kódovací systémy, které jsou založeny na principu vytváření tříd; třídy tvoří agregované pojmy, které se shodují v alespoň jednom klasifikačním atributu. Třídy klasifikace musí pokrývat úplně vymezenou oblast a nesmí se překrývat. Tvorba klasifikačních systémů a nomenklatur byla motivována především jejich praktickým využitím v evidenci, třídění a statistickém zpracování lékařské informace. Prvotním zájmem bylo evidovat výskyt nemocí a příčiny smrti. Klasifikační systémy

7 Každý objekt musí být řazen do právě jedné třídy. Každé třídě je přiřazen kód (nezávisle na použitém jazyku). Klasifikace jsou užitečné pro –analýzu skupin pacientů, –pro vyhledání všech pacientů, kteří jsou jsi v jistém ohledu podobní. Klasifikace předpokládají hodnoty atributů měřené na nominální stupnici. Klasifikační systémy (2)

8 Struktura klasifikačního systému může být rozdílná. Hierarchická klasifikace vyjadřuje, že podřízený pojem nebo třída je buď specifikací nebo součástí nadřízeného pojmu. Monohiearchická klasifikace má právě jednu nadřízenou třídu pro každou třídu (kromě kořene hierarchie). Polyhierarchická klasifikace umožňuje, že daná třída může být podřízená více než jedné třídě. Multidimensionální klasifikace sestávají ze dvou či více dílčích klasifikací. Zde je zapotřebí klasifikační atribut pro každou dílčí klasifikaci, která popisují objekt v různých sémantických dimenzích. Objekt je potom klasifikován v každé dílčí klasifikaci odděleně. Typické dimenze v multidimenzionální klasifikaci jsou etiologie, topografie a patologie. Klasifikační systémy (3)

9 Příklad Monohierarchická a jednodimenzionální klasifikace je například D1 Disorders of fat metabolism D11 Hyperlipidemia D12 Lipoproteinemia D121 Tanier Disease D122 A-Beta-lipoptoteinemia D123 Other lipoproteinemi D13 Other disorders of fat metabolism D2 Disorders of carbohydrate metabolism Další dimenze pro etiologii může obsahovat třídy A1 nutritional A2 congenital A3 mixed or other etiology Společně s první dimenzí vytváří dvoudimenzionální klasifikaci. Tedy Hyperlipidemie způsobená stravovacími návyky je kódována jako A1-D11. Klasifikační systémy (4)

10 Nomenklatura je systematicky vytvářená množina autorizovaných termínů (deskriptorů) pro danou oblast. Na rozdíl od klasifikace, cílem nomenklatury není zařadit objekt do kategorie, ale popsat jej jednoznačně a přesně, aby se dal dále zpracovávat (například vybrat pacienty s danou kombinací atributů, zpracovat informaci o pacientovi s upozorněním na kontraindikace). Nomenklatura

11 Měření kvality vyhledávacího procesu znamená zjistit, zda všechny relevantní případy (pacienti) byly vyhledány, zda vyhledané případy (pacienti) jsou relevantní. Indikátory kvality jsou potom Míra přesnosti (Precision): Udává podíl vybraných případů, které jsou relevantní položenému dotazu. Míra úplnosti (Recall): Udává podíl vyhledaných relevantních případů ze všech relevantních případů. Indikátory kvality vyhledávání

12 StavVyhledané S Nevyhledané non S CELKEM Relevantní R R, SR, non S ztráta R Nerelevantní non R non R, S šum non R, non S(D-R) CelkemS(D-S)D Míra přesnosti=(R,S)/SMíra úplnosti =(R,S)/R Indikátory kvality vyhledávání

13 Základy položil v roce 1855 William Farr. V roce 1948 přejata Světovou zdravotnickou organizací WHO (v této době již šlo o 6. revizi). Vyhovuje pro účely statistiky diagnóz, vyplácení výloh, nikoli však pro další kódování komplexní lékařské informace – chybí zde např. pojmy pro příznaky a terapii. Snaha posledních revizí – co nejpodrobnější klasifikace (místo první číslice je písmeno latinské abecedy, další místa jsou číslice). V současné době – ICD-10 Česká verze - MKN – Mezinárodní klasifikace nemocí (http://www.who.int/classifications/icd/en/)http://www.who.int/classifications/icd/en/) ICD – International Classification of Diseases

14

15 http://www.snomed.org/ Systematized Nomenclature of Medicine Prvně publikován v roce 1965. Detailní klinická referenční terminologie. Založená na kódování. Obsahuje více než 300 000 pojmů vztahujících se ke zdravotnictví Umožňuje využívat zdravotnické informace kdykoli a kdekoli je to potřeba. SNOMED

16 Poskytuje „společný jazyk“, který umožňuje konzistentní způsob získávání, sdílení a shromažďování zdravotnických dat od různých klinických skupin, mezi které patří ošetřovatelství, medicína, laboratoře, lékárny i veterinární medicína Používán ve více než 40 státech. SNOMED (2)

17 Umožňuje popis jakékoli situace v medicíně pomocí 11 úrovní – dimenzí: topografie (T); morfologie (M); funkce (F); živé organismy (L); fyzičtí činitelé, aktivity a síly (A); chemikálie, léky a biologické produkty (C); procedury (P); zaměstnání (J); sociální kontext (S); nemoci/diagnózy (D); obecné (G). Jednotlivé pojmy jsou označovány zkratkou dimenze a 5-místným zvláštním kódem, kde je využíváno čísel 0-9. Jednotlivá místa kódu směrem doprava stále zpřesňují obsah popisovaného pojmu. SNOMED (3)

18 SNOMED (4)

19 SNOMED (5)

20 SNOMED (6)

21 SNOMED (7)

22 ICD – systém kódů pouze pro diagnózy, nikoli však pro příznaky, léčebné a diagnostické zákroky apod. SNOMED – značně rozpracovaná hierarchie – zjednodušuje práci počítače s lékařskými pojmy. Obsahuje úplný seznam synonym, který umožňuje zakódování slova i v případě volného vyjádření v lékařském jazyce. Srovnání SNOMED a ICD

23 Medical Subject Headings Slovník kontrolovaný NLM v USA. Tvoří ho skupina pojmů, které hierarchicky pojmenovávají klíčová slova a tato hierarchie napomáhá při vyhledávání na různých úrovních specifičnosti Klíčová slova jsou uspořádána jak abecedně tak i hierarchicky. Na nejobecnější úrovni hierarchické struktury jsou široké pojmy jako např. „anatomie“ nebo „mentální onemocnění“ Hierarchie je jedenáctistupňová. MeSH http://www.nlm.nih.gov/mesh/

24 NLM využívá MeSH k indexování článků ze 4600 světových předních biomedicínských časopisů pro databázi MEDLINE/PubMED ®. Využívá se také pro databázi katalogizující knihy, dokumenty a audiovizuální materiály. Každý bibliografický odkaz je spojován se skupinou termínů v MeSH. Vyhledávací dotazy používají také slovní zásobu z MeSH, aby našly články na požadované téma. MeSH (2)

25 Specialisté vytvářející MeSH slovník průběžně aktualizují a kontrolují – sbírají nové pojmy, které se začínají objevovat ve vědecké literatuře nebo ve vznikajících oblastech výzkumu, definují tyto pojmy v rámci obsahu existujícího slovníku a doporučují jejich přidání do slovníku MeSH. Existuje český překlad MeSH. MeSH (3)

26

27 Logical Observations Identifiers, Names, Codes Klinická terminologie důležitá pro laboratorní testy a laboratorní výsledky. V roce 1999 přijato organizací HL7 jako preferované kódování pro názvy laboratorních testů a klinických pozorování. Více než 30 000 různých termínů. Mapovací program Regenstrief LOINC Mapping Assistant (RELMA TM ) – pomáhá při mapování lokálních kódů různých testů na kódy LOINC. http://www.regenstrief.org/medinformatics/loinc/ LOINC ®

28 SNOMED RT + Clinical Terms Version 3 (Read Codes CTV3) SNOMED RT = Systematized Nomenclature of Medicine Reference Terminology – College of American Pathologists slouží jako společná referenční terminologie pro shromažďování a získávání zdravotnických dat zaznamenaných organizacemi nebo jednotlivci. Clinical Terms Version 3 (Read Codes CTV3) – United Kingdom‘s National Health Service 1980 – mechanismus pro ukládání strukturovaných informací o primární péči ve Velké Británii. http://www.snomed.org/snomedct/index.html SNOMED Clinical Terms

29 1999 – CAP a NHS spojily dvě terminologie. SNOMED CT – vysoce komplexní terminologie. Na vytváření se podílí kolem 50 lékařů, sester, asistentů, lékárníků, informatiků a dalších zdravotnických odborníků z USA a Velké Británie. Speciální terminologické skupiny pro specifické terminologické oblasti – ošetřovatelství, farmacie, … Více něž 770 000 klinických konceptů. Více než 900 000 sémantických vztahů. SNOMED Clinical Terms (2)

30 http://www.who.int/classifications/icd/adaptations/oncology/en/ Rozšíření ICD pro kódování onkologie. Poprvé publikována WHO v roce 1976. 4-dimenzionální: topografie, morfologie, průběh, diferenciace. Dimenze jsou určeny pro třídění morfologických typů nádorů. V současné době se používá její třetí verze: (ICD-O-3) ICD-O

31 Klinická klasifikace maligních nádorů. Primary tumour (T) Regional lymph nodes (N) Distant metastasis (M) Pro účely srovnávání terapeutických studií. Vychází z poznatku, že pro prognózu onemocnění je zvláště důležitá lokalizace a šíření tumoru. V současné době – 6. verze. http://www.uicc.org TNM Classification of Malignant Tumours

32 Psychiatrická nomenklatura. Obsahuje i definice jednotlivých pojmů. Velice propracovaná. Uzavřený systém bez návaznosti na další obory lékařství. V současné době 4. verze – DSM-IV –317 Mild Mental Retardation (mírná mentální retardace)317Mental Retardation –318.0 Moderate Mental Retardation (průměrná mentální retardace)318.0Mental Retardation –318.1 Severe Mental Retardation (vážná mentální retardace)318.1Mental Retardation –318.2 Profound Mental Retardation (hluboká mentální retardace)318.2Mental Retardation –319 Mental Retardation, Severity Unspecified (mentální retardace, vážnost nespecifikována)319Mental Retardation DSM - Diagnostic and Statistical Manual of Mental Disorders http://dsmivtr.org/

33 AI/RHEUM Alternative Billing Concepts Alcohol and Other Drug Thesaurus Beth Israel Vocabulary Canonical Clinical Problem Statement System Clinical Classifications Software Current Dental Terminology 2005 (CDT-5), 5 COSTAR Medical Entities Dictionary Physicians' Current Procedural Terminology International Classification of Primary Care McMaster University Epidemiology Terms CRISP Thesaurus COSTART Diseases Database DSM-III-R DSM-IV DXplain Gene Ontology HCPCS Version of Current Dental Terminology 2005 (CDT-5), 5 Healthcare Common Procedure Coding System Home Health Care Classification Health Level Seven Vocabulary Master Drug Data Base Medical Dictionary for Regulatory Activities Terminology (MedDRA) MEDLINE Multum MediSource Lexicon NANDA nursing diagnoses: definitions & classification NCBI Taxonomy Další

34 Rostoucí počet klasifikačních systémů a nomenklatur (>100) si vyžádal vytváření různých konverzních nástrojů pro převod mezi hlavními klasifikačními systémy a pro přenos informací mezi různými datovými bázemi Jsou vytvářeny tzv. metatezaury – zachycují a propojují informace z různých heterogenních zdrojů Nejrozsáhlejší projekt – UMLS. Konverzní nástroje

35 http://www.nlm.nih.gov/pubs/factsheets/umls.html Unified Medical Language System Vývoj začal v roce 1986 v Národní lékařské knihovně v USA jako „Long-term R&D project“. UMLS znalostní zdroje jsou univerzální – nejsou optimalizované pro jednotlivé aplikace. Obsahuje více než 730 000 biomedicínských termínů z více než 50 biomedicínských slovníků. UMLS

36 Inteligentní automatizovaný systém, který „rozumí“ biomedicínským termínům a jejich vztahům a využívá tohoto porozumění ke čtení a organizování informací ze strojově zpracovatelných zdrojů. Cíl: kompenzace terminologických a kódových rozdílů těchto nesourodých systémů a současně i jazykových variací uživatelů. Vícejazyčný slovník číselníků (MeSH, ICD, CPT, DSM, SNOMED, …) na velkokapacitním médiu – to umožňuje převod kódovaných termínů mezi různými klasifikačními systémy. UMLS (2)

37 Metathesaurus ® Semantic Network – obsahuje informace o sémantických druzích a jejich vztazích. SPECIALIST lexicon – každé slovo nebo termín zaznamenává syntaktické, morfologické a ortografické informace. Znalostní zdroje UMLS

38 http://www.nlm.nih.gov/pubs/factsheets/umlsmeta.html Rozsáhlá, víceúčelová a vícejazyčná lexikonová databáze. Zahrnuje informace o biomedicínských, zdravotnických a jim příbuzným pojmech. Obsahuje jejich různé názvy a vztahy mezi nimi. UMLS Metathesaurus

39 Vznikl z elektronických verzí mnoha různých thesaurů, klasifikací, souborů kódů: SNOMED International (Systematized Nomenclature of Medicine) MeSH (Medical Suggested Headings) AOD (Alcohol and Other Drugs thesaurus) Read Codes ICD-10 (International Classification of Diseases) … UMLS Metathesaurus (2)

40 Hlavní cíl: spojení alternativních názvů stejných pojmů a identifikování užitečných vztahů mezi různými pojmy. Pokud různé slovníky používají stejný název pro různé termíny, v Metatezauru se objeví oba významy a ukáže se v něm, který význam je použit v kterém slovníku. Pokud se stejný termín objevuje v různých slovnících v různých hierarchických kontextech, v Metatezauru jsou zachyceny všechny tyto hierarchie. Metatezaurus nepodává jeden konzistentní pohled, ale zachovává mnoho pohledů, které jsou obsaženy ve zdrojových slovnících. UMLS Metathesaurus (3)

41 Počítačová aplikace, která poskytuje internetový přístup ke znalostním a příbuzným zdrojům. Cíl: zpřístupnění UMLS dat uživatelům. Systémová architektura umožňuje vzdáleným uživatelům poslat dotaz do NLM. http://umlsks.nlm.nih.gov/ UMLS Knowledge Source Server

42 UMLS Knowledge Source Server (UMLSKS)

43 verze vložit termín

44 zadaný termín Concept Unique Identifier sémantický druh definice synonyma

45