Microarrays and chips M .Jurajda.

Prezentace na téma: "Microarrays and chips M .Jurajda."— Transkript prezentace:

1 Microarrays and chips M .Jurajda

2 High throughput techniques
Snaha zvýšit množství zpracovaného materiálu a získaných dat za kratší čas. Větší nároky na přístrojové vybavení. Větší nároky na bioinformatickou podporu při zpracování dat.

3 High throughput techniques
Arrays SAGE High-throughput sequencing

4 Co je microarray Skleněná nebo plastová destička/membrána s maticí mikroskopických bodů, které obsahují DNA sondy

5 K čemu je microarray dobrá?
Technologie microarrays umožňuje analyzovat během jednoho experimentu až desetitisíce genů. Přináší ohromnou časovou úsporu a úsporu analyzovaného vzorku. Umožňuje automatizovat proces analýzy DNA

6 Nevýhody DNA microarrays
Vyžadují obvykle nákladné přístrojové vybavení. Samotné arrays jsou poměrně nákladné, ale při přepočtu na analýzu jednoho genu je tato zpravidla levnější než při použití klasických postupů. Výsledky získané paralelním studiem několika tisíc genů vyžadují speciální postupy při statistickém zpracování.

7 Pracovní postup „spotování“ arraye – specializovaná firma
Izolace analyzované DNA/RNA/cDNA Označení studované NA pomocí např. chemiluminiscenční značky. Hybridizace s array. Analýza v readeru Statistické zpracování (clusterová analýza)

8

9 Praktické použití DNA arrays
Expression profiling Genotyping, SNP detection Comparative genomic hybridization

10 Podobné technologie Agilent Technology, Lab-on-a-Chip

11 Tissue microarrays

12

13