Nástroje pro zpracování a grafickou úpravu sekvenčních dat

Prezentace na téma: "Nástroje pro zpracování a grafickou úpravu sekvenčních dat"— Transkript prezentace:

1 Nástroje pro zpracování a grafickou úpravu sekvenčních dat
Aplikovaná bioinformatika, Jaro 2014

2 Vyznačte v sekvenci všechny tryptofany, tyrosiny a cysteiny.
ColorSeq Vyznačte v sekvenci všechny tryptofany, tyrosiny a cysteiny.

3 Protein Colourer LENKAPEPAMARTINWALTERGITAADAMAGATAAGNESALANCECILCEDRIKDALIDADANAEMILIEERIKEVAFILIPGERHARDHERMINAKARELKATERINAMARLENAMARKETAVALDEMARAVLASTIMILA Obarvěte si sekvenci...

4 Filter Protein/DNA

5 Three to One

6 One to Three

7 Three- / one-letter code

8 Reverse Transcription and Translation Tool
GGGGACCGCCGCACCGUUAUCAGCCGUCAUAUCGACUACCGGAGGGCGAGACAGACGAUCGGUGUUAGCUACUUACAUGGCGUUCGAGAGUUGCUACGCGGUAGGCUUGACUCCAACUACAACGGAACGUGAAUCUCAUUUUGGGUUUUAGAUAUUGGGGUCGAAUCCAGCGAAAGCAUUAUUAAGGGGCUCCGUAACCUGGAUGGAACAUUGAGGUCUUUCAGUUCAACGAAUCCUGGAUAGGGCGCAACUCCCACUACACCAACUUUAACCUCACAUUACCCUGUUCUUAUUGCGCAA Pohrajte si s RNA...

9 Reverse Translate http://www.bioinformatics.org/sms2/rev_trans.html
LENKAPEPAMARTINWALTERGITAADAMAGATAAGNESALANCECILCEDRIKDALIDADANAEMILIEERIKEVAFILIPGERHARDHERMINAKARELKATERINAMARLENAMARKETAVALDEMARAVLASTIMILA Přeložte si protein...

10 PepDraw Kolik aminokyselin program zvládne?
Kolik aminokyselin program zvládne?

11 POLYVIEW

12 POLYVIEW

13 TOPO2

14 MyDomains

15 PLLSASIVSAPVVTSETYVDIPGLYLDVAKAGIRDGKLQVILNVPTPYATGNNFPGIYFAIATNQGVVADGCFTYSSKVPESTGRMPFTLVATIDVGSGVTFVKGQWKSVRGSAMHIDSYASLSAIWGTAAPSSQGSGNQGAETGGTGAGNIGGGGERDGTFNLPPHIKFGVTALTHAANDQTIDIYIDDDPKPAATFKGAGAQDQNLGTKVLDSGNGRVRVIVMANGRPSRLGSRQVDIFKKSYFGIIGSEDGADDDYNDGIVFLNWPLG 271 aa, TNF like domain, Lectin domain, vazebné místo, vazebné místo

16

17 Vytvořte „doménové schéma“ proteinu.

18

19 BoxShade

20 ESPript 3

21 ESPript 3

22 ESPript 3