Proteomika Bruno Sopko.

Prezentace na téma: "Proteomika Bruno Sopko."— Transkript prezentace:

1 Proteomika Bruno Sopko

2 Obsah Proteomika a Proteom
Metody separace a identifikace proteinů a jejich interakcí Proteomika modifikací proteinů Aplikovaná Proteomika: proteomika, lidské choroby a medicína

3 Proteomika a Proteom

4 Proteomika a Proteom

5 Metody separace a identifikace proteinů a jejich interakcí
Separace bílkovin za použití vícerozměrných technik Zjištění primární struktury bílkovin Hledání 3D struktury bílkovin Kvantitativní analýza bílkovin

6 Separace bílkovin za použití vícerozměrných technik
2D gelová Elektroforesa Kapilární Elektroforesa. Kapalinová chromatografie Hmotnostní spektrometrie – Identifikace Proteinů na základě aminokyselinové sekvence

7 2D gelová elektroforesa

8 2D gelová Elektroforesa - SDS

9 Kapilární Elektroforesa
Stejný princip jako u ostatních elektrofores Může být propojena s hmotnostním spektrometrem

10 Kapalinová chromatografie
Gelová filtrace Afinitní chromatografie Chromatografie na reverzní fázi Může být propojena s hmotnostním spektrometrem

11 Hmotnostní spektrometrie

12 Hmotnostní spektrometrie / MALDI-TOF

13 Hmotnostní spektrometrie /ESI-MS-MS

14 Hmotnostní spektrometrie / Interpretace výsledků (bovine apomyoglobin)

15 Hmotnostní spektrometrie / Interpretace výsledků

16 Hmotnostní spektrometrie / Interpretace výsledků

17 Kvantitativní analýza bílkovin

18 Hledání 3D struktury bílkovin
Krystalografie bílkovin Homologní modelování Porovnání sekvencí a jejich „alignment“ Hledání homologních bílkovin se známou strukturou Modelování Filtrace výsledků

19 Hledání 3D struktury bílkovin

20 Hledání 3D struktury bílkovin

21 Proteomika modifikací proteinů
Posttranslační modifikace (glykosilace, hydroxylace, atd.) Interakce bílkovin

22 Interakce bílkovin

23 Aplikovaná Proteomika: proteomika, lidské choroby a medicína

24 Literatura Nawin Mishra, INTRODUCTION TO PROTEOMICS, Principles and Applications, 2010, A JOHN WILEY & SONS, INC., PUBLICATION DANIEL C. LIEBLER, Introduction to Proteomics, Tools for the New Biology, 2002, Humana Press