Clines Klasický přístup Frekvence na lokalitách přes transekt
Vzdálenost měřená od isokliny (středu zóny) isoklina 0.5
frekvence vzdálenost
Sigmoidální model Lokus pod selekcí Dva parametry: w - šířka c - střed w = 1/max. slope w
Jak to vypočítat? Vlastní script Analyse (Baird & Barton, v současné době jen pro starou versi Mac, někdy snad v R) ClineFit (Porter, Mac i Win), dost zjednodušené Geneland (zatím jen prvotní pokusy)
Geneland (B. Guedj and G. Guillot 2011)
Genomic clines regrese na hybridní index podobné Bartonovým konkordancím Gompert & Buerkle 2009, 2010 Fitzpatrick 2013
Hybridní index Proporce diagnostických alel –Ind → h.i. = 0 –Ind → h.i. = 1 –Ind → h.i. = 0,5 Nemám diagnostické lokusy → Q (admixture coefficient), třeba ze Structure, K = 2
Data
Heterozygoti Aa Homozygoti AA Homozygoti aa P(AA) pro sledovaný lokus P(Aa) pro sledovaný lokus Očekávané neutrální hodnoty (z průměru přes lokusy)
Co tedy celkem dobře lze Pozice zóny – Geneland Genotypy přes zónu - Introgress Genomické kliny – Introgress, Hiest Bartonovské konkordance – Hiest geografické kliny – spíše pro výpočetně zdatné